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- EMDB-1073: Three-dimensional structures of translating ribosomes by Cryo-EM. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1073
タイトルThree-dimensional structures of translating ribosomes by Cryo-EM.
マップデータAverage difference map calculated between individual difference maps for Ig2 and GFP ribosome-nascent chain complexes (see entries 1068, 1070, 1071, 1072).
試料
  • 試料: E. coli ribosome translating GFP and tandem Ig domains - difference map
  • RNA: P site tRNA
  • RNA: E site tRNA
  • タンパク質・ペプチド: nascent protein
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Gilbert RJC / Fucini P / Connell S / Fuller SD / Nierhaus KH / Robinson CV / Dobson CM / Stuart DI
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2004
タイトル: Three-dimensional structures of translating ribosomes by Cryo-EM.
著者: Robert J C Gilbert / Paola Fucini / Sean Connell / Stephen D Fuller / Knud H Nierhaus / Carol V Robinson / Christopher M Dobson / David I Stuart /
要旨: Cryo-electron microscopy and image reconstruction techniques have been used to obtain three-dimensional maps for E. coli ribosomes stalled following translation of three representative proteins. ...Cryo-electron microscopy and image reconstruction techniques have been used to obtain three-dimensional maps for E. coli ribosomes stalled following translation of three representative proteins. Comparisons of these electron density maps, at resolutions of between 13 and 16 A, with that of a nontranslating ribosome pinpoint specific structural differences in stalled ribosomes and identify additional material, including tRNAs and mRNA. In addition, the tunnel through the large subunit, the anticipated exit route of newly synthesized proteins, is partially occluded in all the stalled ribosome structures. This observation suggests that significant segments of the nascent polypeptide chains examined here could be located within an expanded tunnel, perhaps in a rudimentary globular conformation. Such behavior could be an important aspect of the folding of at least some proteins in the cellular environment.
履歴
登録2004年3月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2004年3月15日-
マップ公開2004年4月28日-
更新2012年10月31日-
現状2012年10月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 162.883841256
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 162.883841256
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1073.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1073.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Average difference map calculated between individual difference maps for Ig2 and GFP ribosome-nascent chain complexes (see entries 1068, 1070, 1071, 1072).
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Y (Sec.)X (Row.)Z (Col.)
3.33 Å/pix.
x 128 pix.
= 426.24 Å		3.33 Å/pix.
x 128 pix.
= 426.24 Å		3.33 Å/pix.
x 128 pix.
= 426.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.33 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 65.200000000000003 / ムービー #1: 162.8838413
最小 - 最大-319.889999999999986 - 325.819999999999993
平均 (標準偏差)-0.000938282 (±26.123799999999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 426.24 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.333.333.33
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z426.240426.240426.240
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-319.890325.820-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : E. coli ribosome translating GFP and tandem Ig domains - differen...

全体名称: E. coli ribosome translating GFP and tandem Ig domains - difference map
要素
  • 試料: E. coli ribosome translating GFP and tandem Ig domains - difference map
  • RNA: P site tRNA
  • RNA: E site tRNA
  • タンパク質・ペプチド: nascent protein

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超分子 #1000: E. coli ribosome translating GFP and tandem Ig domains - differen...

超分子名称: E. coli ribosome translating GFP and tandem Ig domains - difference map
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse.
集合状態: 2 tRNA molecules and the average of two nascent proteins
Number unique components: 3

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分子 #1: P site tRNA

分子名称: P site tRNA / タイプ: rna / ID: 1 / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #2: E site tRNA

分子名称: E site tRNA / タイプ: rna / ID: 2 / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #3: nascent protein

分子名称: nascent protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: GFP-Ig2
詳細: Density for nascent protein is average of that for tandem Ig domains and GFP
コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pT7-7

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5.0 mg/mL
緩衝液詳細: 20 mM HEPES, 150 mM ammonium acetate, 6 mM magnesium acetate, 2 mM spermidine, 0.05 mM spermine and 4 mM 2-mercaptoethanol. Concentration of ribosomes expressed to A260 units.
グリッド詳細: 300 mesh copper grid with holey carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 100 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: Standard unmodified guillotine plunger

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
温度平均: 100 K
日付2000年5月2日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 8.322 µm / 詳細: Scanner model: UMAX PowerLook 3000 / Od range: 5 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2 mm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each negative dataset
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF
ソフトウェア - 名称: SPIDER, IMAGIC, GAP, CNS, XPLOR
詳細: See entries 1068, 1070, 1071 and 1072. Vector difference maps were calculated between reconstructions of each nascent protein-ribosome complex and the control inactive map. The difference ...詳細: See entries 1068, 1070, 1071 and 1072. Vector difference maps were calculated between reconstructions of each nascent protein-ribosome complex and the control inactive map. The difference densities for the tandem Ig domains and GFP nascent proteins were more similar to each other than either was to the single Ig domain nascent protein. Therefore these two difference maps were averaged together to produce a set of consensus difference densities representing the main differences between inactive ribosomes and ribosomes stalled during translation that contain a nascent polypeptide chain.
最終 角度割当詳細: SPIDER euler

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原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: GAP
詳細Protocol: Rigid body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: R-factor and correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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