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万見
- EMDB-10726: Electron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging o... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10726
タイトルElectron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging of the A-C linker from the end of the proximal region of Paramecium tetraurelia basal body
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Electron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging of the microtubule triplet from the start of the proximal region of Paramecium tetraurelia basal body
生物種Paramecium tetraurelia (ヨツヒメゾウリムシ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 31.2 Å
データ登録者Guichard P / Hamel V / Le Guennec M
資金援助 スイス, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationPPOOP3_157517 スイス
European Research Council (ERC)715289 スイス
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2020
タイトル: Architecture of the centriole cartwheel-containing region revealed by cryo-electron tomography.
著者: Nikolai Klena / Maeva Le Guennec / Anne-Marie Tassin / Hugo van den Hoek / Philipp S Erdmann / Miroslava Schaffer / Stefan Geimer / Gabriel Aeschlimann / Lubomir Kovacik / Yashar Sadian / ...著者: Nikolai Klena / Maeva Le Guennec / Anne-Marie Tassin / Hugo van den Hoek / Philipp S Erdmann / Miroslava Schaffer / Stefan Geimer / Gabriel Aeschlimann / Lubomir Kovacik / Yashar Sadian / Kenneth N Goldie / Henning Stahlberg / Benjamin D Engel / Virginie Hamel / Paul Guichard /
要旨: Centrioles are evolutionarily conserved barrels of microtubule triplets that form the core of the centrosome and the base of the cilium. While the crucial role of the proximal region in centriole ...Centrioles are evolutionarily conserved barrels of microtubule triplets that form the core of the centrosome and the base of the cilium. While the crucial role of the proximal region in centriole biogenesis has been well documented, its native architecture and evolutionary conservation remain relatively unexplored. Here, using cryo-electron tomography of centrioles from four evolutionarily distant species, we report on the architectural diversity of the centriole's proximal cartwheel-bearing region. Our work reveals that the cartwheel central hub is constructed from a stack of paired rings with cartwheel inner densities inside. In both Paramecium and Chlamydomonas, the repeating structural unit of the cartwheel has a periodicity of 25 nm and consists of three ring pairs, with 6 radial spokes emanating and merging into a single bundle that connects to the microtubule triplet via the D2-rod and the pinhead. Finally, we identified that the cartwheel is indirectly connected to the A-C linker through the triplet base structure extending from the pinhead. Together, our work provides unprecedented evolutionary insights into the architecture of the centriole proximal region, which underlies centriole biogenesis.
履歴
登録2020年3月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月14日-
マップ公開2020年10月14日-
更新2021年4月14日-
現状2021年4月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10726.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10726.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 20.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.45 Å/pix.
x 73 pix.
= 251.85 Å		3.45 Å/pix.
x 230 pix.
= 793.5 Å		3.45 Å/pix.
x 320 pix.
= 1104. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.45 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.07 / ムービー #1: 1.07
最小 - 最大0.41080713 - 1.5893039
平均 (標準偏差)0.8766873 (±0.16682352)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ23032073
Spacing32023073
セルA: 1104.0 Å / B: 793.5 Å / C: 251.85 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.453.453.45
M x/y/z32023073
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1104.000793.500251.850
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS32023073
D min/max/mean0.4111.5890.877

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Electron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging o...

全体名称: Electron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging of the microtubule triplet from the start of the proximal region of Paramecium tetraurelia basal body
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Electron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging of the microtubule triplet from the start of the proximal region of Paramecium tetraurelia basal body

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超分子 #1: Electron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging o...

超分子名称: Electron cryo-tomography reconstruction and subvolume averaging of the microtubule triplet from the start of the proximal region of Paramecium tetraurelia basal body
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Paramecium tetraurelia (ヨツヒメゾウリムシ)
Organelle: Basal Body

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 31.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 899
抽出トモグラム数: 899 / 使用した粒子像数: 14
最終 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Back Projection

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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