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万見
- EMDB-10725: OP protein cage, complex 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10725
タイトルOP protein cage, complex 2
マップデータOP protein cage, complex 2
試料
  • 複合体: OP protein cage
    • タンパク質・ペプチド: OP protein cage, complex 2
生物種Salmonella enterica (サルモネラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.2 Å
データ登録者Edwardson TGW / Tetter S / Hilvert D
資金援助 スイス, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)ERC-AdG-2012-321295 スイス
Human Frontier Science Program (HFSP)LT000971/2016 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Two-tier supramolecular encapsulation of small molecules in a protein cage.
著者: Thomas G W Edwardson / Stephan Tetter / Donald Hilvert /
要旨: Expanding protein design to include other molecular building blocks has the potential to increase structural complexity and practical utility. Nature often employs hybrid systems, such as clathrin- ...Expanding protein design to include other molecular building blocks has the potential to increase structural complexity and practical utility. Nature often employs hybrid systems, such as clathrin-coated vesicles, lipid droplets, and lipoproteins, which combine biopolymers and lipids to transport a broader range of cargo molecules. To recapitulate the structure and function of such composite compartments, we devised a supramolecular strategy that enables porous protein cages to encapsulate poorly water-soluble small molecule cargo through templated formation of a hydrophobic surfactant-based core. These lipoprotein-like complexes protect their cargo from sequestration by serum proteins and enhance the cellular uptake of fluorescent probes and cytotoxic drugs. This design concept could be applied to other protein cages, surfactant mixtures, and cargo molecules to generate unique hybrid architectures and functional capabilities.
履歴
登録2020年3月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月16日-
マップ公開2020年9月16日-
更新2020年11月18日-
現状2020年11月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0736
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0736
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10725.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10725.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈OP protein cage, complex 2
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.8 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0736 / ムービー #1: 0.0736
最小 - 最大-0.041934736 - 0.12776837
平均 (標準偏差)0.0009391138 (±0.011009874)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 360.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.81.81.8
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z360.000360.000360.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0420.1280.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10725_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_10725_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_10725_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : OP protein cage

全体名称: OP protein cage
要素
  • 複合体: OP protein cage
    • タンパク質・ペプチド: OP protein cage, complex 2

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超分子 #1: OP protein cage

超分子名称: OP protein cage / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Positively supercharged variant of the computationally designed cage protein O3-33
由来(天然)生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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分子 #1: OP protein cage, complex 2

分子名称: OP protein cage, complex 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSQAIGILEL RSIAAGMELG DAMLKSANVD LLVSKTISRG KFLLMLGGDI GAIQQAIETG TSQAGRLLVD SLVLANIHPS VLPAISGLNS VDKRQAVGIV ETRSVAACIS AADRAVKGSN VTLVRVHMAR GIGGKCYMVV AGDVSDVALA VTVASSSAGA YGRLVYASLI ...文字列:
MSQAIGILEL RSIAAGMELG DAMLKSANVD LLVSKTISRG KFLLMLGGDI GAIQQAIETG TSQAGRLLVD SLVLANIHPS VLPAISGLNS VDKRQAVGIV ETRSVAACIS AADRAVKGSN VTLVRVHMAR GIGGKCYMVV AGDVSDVALA VTVASSSAGA YGRLVYASLI PRPHEAMWRQ MVEGLEHHHH HH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 25 mM Tris-HCl, 200 mM NaCl, 5 mM EDTA, pH 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 22 K / 詳細: blot for 12 s, 25 blot strength, before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-7 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 127 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -3.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.8 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 12174
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: NONE
詳細: The initial model was generated from the data themselves, with octahedral symmetry imposed.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 2499
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 1461 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6fdb

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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