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- EMDB-10720: Cryo-tomography of ESCRT III CHMP4B/CHMP2B filaments bound to lip... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10720
タイトルCryo-tomography of ESCRT III CHMP4B/CHMP2B filaments bound to liposomes
マップデータexample cryo-tomogram of ESCRT III bound to liposomes
試料
  • 複合体: CHMP4B, CHMP2B, lipids
    • タンパク質・ペプチド: CHMP4B
    • タンパク質・ペプチド: CHMP2B
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Bertin A / de Franceschi N / de la Mora E / Maity S / Miguet N / di Cicco A / Roos W / Mangenot S / Weissenhorn W / Bassereau P
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
French National Research AgencyANR-14CE09-0003-01 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Human ESCRT-III polymers assemble on positively curved membranes and induce helical membrane tube formation.
著者: Aurélie Bertin / Nicola de Franceschi / Eugenio de la Mora / Sourav Maity / Maryam Alqabandi / Nolwen Miguet / Aurélie di Cicco / Wouter H Roos / Stéphanie Mangenot / Winfried Weissenhorn ...著者: Aurélie Bertin / Nicola de Franceschi / Eugenio de la Mora / Sourav Maity / Maryam Alqabandi / Nolwen Miguet / Aurélie di Cicco / Wouter H Roos / Stéphanie Mangenot / Winfried Weissenhorn / Patricia Bassereau /
要旨: Endosomal sorting complexes for transport-III (ESCRT-III) assemble in vivo onto membranes with negative Gaussian curvature. How membrane shape influences ESCRT-III polymerization and how ESCRT-III ...Endosomal sorting complexes for transport-III (ESCRT-III) assemble in vivo onto membranes with negative Gaussian curvature. How membrane shape influences ESCRT-III polymerization and how ESCRT-III shapes membranes is yet unclear. Human core ESCRT-III proteins, CHMP4B, CHMP2A, CHMP2B and CHMP3 are used to address this issue in vitro by combining membrane nanotube pulling experiments, cryo-electron tomography and AFM. We show that CHMP4B filaments preferentially bind to flat membranes or to tubes with positive mean curvature. Both CHMP2B and CHMP2A/CHMP3 assemble on positively curved membrane tubes. Combinations of CHMP4B/CHMP2B and CHMP4B/CHMP2A/CHMP3 are recruited to the neck of pulled membrane tubes and reshape vesicles into helical "corkscrew-like" membrane tubes. Sub-tomogram averaging reveals that the ESCRT-III filaments assemble parallel and locally perpendicular to the tube axis, highlighting the mechanical stresses imposed by ESCRT-III. Our results underline the versatile membrane remodeling activity of ESCRT-III that may be a general feature required for cellular membrane remodeling processes.
履歴
登録2020年3月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年6月10日-
マップ公開2020年6月10日-
更新2020年6月10日-
現状2020年6月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_10720.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10720.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 613.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈example cryo-tomogram of ESCRT III bound to liposomes
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.3 Å/pix.
x 361 pix.
= 1913.3 Å		5.3 Å/pix.
x 928 pix.
= 4918.4 Å		5.3 Å/pix.
x 960 pix.
= 5088. Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-94 - 86
平均 (標準偏差)0.55204535 (±6.837252)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin18017-16
サイズ928960361
Spacing960928361
セルA: 5088.0 Å / B: 4918.4004 Å / C: 1913.3 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z5.35.35.3
M x/y/z960928361
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z5088.0004918.4001913.300
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS17180-16
NC/NR/NS960928361
D min/max/mean-94.00086.0000.552

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添付データ

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追加マップ: sub-tomogram averaging: doublets of CHMP4/CHMP2B filaments bound to...

ファイルemd_10720_additional_1.map
注釈sub-tomogram averaging: doublets of CHMP4/CHMP2B filaments bound to tubes
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: sub-tomogram averaging: network of CHMP4/CHMP2B filaments bound to...

ファイルemd_10720_additional_2.map
注釈sub-tomogram averaging: network of CHMP4/CHMP2B filaments bound to tubes
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: sub-tomogram averaging: single CHMP4/CHMP2B filaments bound to tubes

ファイルemd_10720_additional_3.map
注釈sub-tomogram averaging: single CHMP4/CHMP2B filaments bound to tubes
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CHMP4B, CHMP2B, lipids

全体名称: CHMP4B, CHMP2B, lipids
要素
  • 複合体: CHMP4B, CHMP2B, lipids
    • タンパク質・ペプチド: CHMP4B
    • タンパク質・ペプチド: CHMP2B

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超分子 #1: CHMP4B, CHMP2B, lipids

超分子名称: CHMP4B, CHMP2B, lipids / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: CHMP4B

分子名称: CHMP4B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO
配列文字列: MSVFGKLFGA GGGKAGKGG P TPQEAIQR LR DTEEMLS KKQ EFLEKK IEQE LTAAK KHGTK NKRA ALQALK RKK RYEKQLA QI DGTLSTIE F QREALENAN TNTEVLKNMG YAAKAMKAA H DNMDIDKV DE LMQDIAD QQE LAEEIS TAIS KPVGF ...文字列:
MSVFGKLFGA GGGKAGKGG P TPQEAIQR LR DTEEMLS KKQ EFLEKK IEQE LTAAK KHGTK NKRA ALQALK RKK RYEKQLA QI DGTLSTIE F QREALENAN TNTEVLKNMG YAAKAMKAA H DNMDIDKV DE LMQDIAD QQE LAEEIS TAIS KPVGF GEEFD EDEL MAELEE LEQ EELDKNL LE ISGPETVP L PNVPSIALP SKPAKKKEEE DDDMKELEN W AGSM

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分子 #2: CHMP2B

分子名称: CHMP2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: DEXTRO
配列文字列: MASLFKKKTV DDVIKEQNR E LRGTQRAI IR DRAALEK QEK QLELEI KKMA KIGNK EACKV LAKQ LVHLRK QKT RTFAVSS KV TSMSTQTK V MNSQMKMAG AMSTTAKTMQ AVNKKMDPQ K TLQTMQNF QK ENMKMEM TEE MINDTL DDIF DGSDD ...文字列:
MASLFKKKTV DDVIKEQNR E LRGTQRAI IR DRAALEK QEK QLELEI KKMA KIGNK EACKV LAKQ LVHLRK QKT RTFAVSS KV TSMSTQTK V MNSQMKMAG AMSTTAKTMQ AVNKKMDPQ K TLQTMQNF QK ENMKMEM TEE MINDTL DDIF DGSDD EEESQ DIVN QVLDEI GIE ISGKMAK AP SAARSLPS A STSKATISD EEIERQLKAL GVD

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態2D array

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE
詳細protein filaments bound to liposomes
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Sigma Aldrich / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 5.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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