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- EMDB-10625: Cin8 motor domain (short loop 8) bound to microtubules -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10625
タイトルCin8 motor domain (short loop 8) bound to microtubules
マップデータCin8 motor domain (short loop 8) bound to microtubules
試料
  • 複合体: ALPHA and Beta TUBULIN WITH CIN8 MOTOR DOMAIN
    • タンパク質・ペプチド: Cin8, microtubules
キーワードKinesin / Cin8 / Motor domain / Microtubules / MOTOR PROTEIN
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.1 Å
データ登録者Siegler N / Singh SK / Zalk R / Debs GE / Sindelar CV / Gheber L / Zarivach R
資金援助 イスラエル, 1件
OrganizationGrant number国
Israel Science Foundation386/18 イスラエル
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Noncanonical interaction with microtubules via the N-terminal nonmotor domain is critical for the functions of a bidirectional kinesin.
著者: Sudhir K Singh / Nurit Siegler / Himanshu Pandey / Neta Yanir / Mary Popov / Alina Goldstein-Levitin / Mayan Sadan / Garrett Debs / Raz Zarivach / Gabriel A Frank / Itamar Kass / Charles V ...著者: Sudhir K Singh / Nurit Siegler / Himanshu Pandey / Neta Yanir / Mary Popov / Alina Goldstein-Levitin / Mayan Sadan / Garrett Debs / Raz Zarivach / Gabriel A Frank / Itamar Kass / Charles V Sindelar / Ran Zalk / Larisa Gheber /
要旨: Several kinesin-5 motors (kinesin-5s) exhibit bidirectional motility. The mechanism of such motility remains unknown. Bidirectional kinesin-5s share a long N-terminal nonmotor domain (NTnmd), absent ...Several kinesin-5 motors (kinesin-5s) exhibit bidirectional motility. The mechanism of such motility remains unknown. Bidirectional kinesin-5s share a long N-terminal nonmotor domain (NTnmd), absent in exclusively plus-end-directed kinesins. Here, we combined in vivo, in vitro, and cryo-electron microscopy (cryo-EM) studies to examine the impact of NTnmd mutations on the motor functions of the bidirectional kinesin-5, Cin8. We found that NTnmd deletion mutants exhibited cell viability and spindle localization defects. Using cryo-EM, we examined the structure of a microtubule (MT)-bound motor domain of Cin8, containing part of its NTnmd. Modeling and molecular dynamic simulations based on the cryo-EM map suggested that the NTnmd of Cin8 interacts with the C-terminal tail of β-tubulin. In vitro experiments on subtilisin-treated MTs confirmed this notion. Last, we showed that NTnmd mutants are defective in plus-end-directed motility in single-molecule and antiparallel MT sliding assays. These findings demonstrate that the NTnmd, common to bidirectional kinesin-5s, is critical for their bidirectional motility and intracellular functions.
履歴
登録2020年1月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月27日-
マップ公開2021年1月27日-
更新2024年12月4日-
現状2024年12月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10625.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10625.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 58.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cin8 motor domain (short loop 8) bound to microtubules
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 248 pix.
= 272.8 Å		1.1 Å/pix.
x 248 pix.
= 272.8 Å		1.1 Å/pix.
x 248 pix.
= 272.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08 / ムービー #1: 0.08
最小 - 最大-0.081666864 - 0.29207584
平均 (標準偏差)-0.008126179 (±0.013407394)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ248248248
Spacing248248248
セルA=B=C: 272.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z248248248
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z272.800272.800272.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS248248248
D min/max/mean-0.0820.292-0.008

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ALPHA and Beta TUBULIN WITH CIN8 MOTOR DOMAIN

全体名称: ALPHA and Beta TUBULIN WITH CIN8 MOTOR DOMAIN
要素
  • 複合体: ALPHA and Beta TUBULIN WITH CIN8 MOTOR DOMAIN
    • タンパク質・ペプチド: Cin8, microtubules

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超分子 #1: ALPHA and Beta TUBULIN WITH CIN8 MOTOR DOMAIN

超分子名称: ALPHA and Beta TUBULIN WITH CIN8 MOTOR DOMAIN / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: ADDED 0.1 mM AMP-PNP, 10 micromolar Taxol
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Cin8, microtubules

分子名称: Cin8, microtubules / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPAENQNTGQ DRSSNSISKN GNSQVGCHTV PNEELNITVA VRCRGRNERE ISMKSSVVVN VPDITGSKEI SINTTGDTGI TAQMNAKRYT VDKVFGPGAS QDLIFDEVAG PLFQDFIKGY NCTVLVYGMT STGKTYTMTG DEKLYNGELS DAAGIIPRVL LKLFDTLELQ ...文字列:
MPAENQNTGQ DRSSNSISKN GNSQVGCHTV PNEELNITVA VRCRGRNERE ISMKSSVVVN VPDITGSKEI SINTTGDTGI TAQMNAKRYT VDKVFGPGAS QDLIFDEVAG PLFQDFIKGY NCTVLVYGMT STGKTYTMTG DEKLYNGELS DAAGIIPRVL LKLFDTLELQ QNDYVVKCSF IELYNEELKD LLDSNSNGSS NTGFDGQFMK KLRIFDNNNN NSSIYIQNLQ EFHITNAMEG LNLLQKGLKH RQVASTKMND FSSRSHTIFT ITLYKKHQDE LFRISKMNLV DLAGSENINR SGALNQRAKE AGSINQSLLT LGRVINALVD KSGHIPFRES KLTRLLQDSL GGNTKTALIA TISPAKVTSE ETCSTLEYAS KAKNIKNKPQ LGSFIMKDIL LEHHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.9
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 82.18 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -0.53 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C14 (14回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 47551
Segment selection選択した数: 47551 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 詳細: Number of particles seleced for reconstruction
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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