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- EMDB-10378: Cryo-electron tomogram of cER-PM MCS in a heat-shocked WT S. cere... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10378
タイトルCryo-electron tomogram of cER-PM MCS in a heat-shocked WT S. cerevisiae cell
マップデータ
試料
  • 細胞: ER-PM membrane contact site
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Collado J / Fernandez-Busnadiego R
資金援助 英国, スイス, ドイツ, スペイン, 11件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UU_00012/6 英国
Swiss National Science Foundation31003A_179517 スイス
European Research CouncilERC-2012-SyG_318987-ToPAG ドイツ
German Research FoundationEXC 2067/1- 390729940 ドイツ
European Research CouncilERC AdG TENDO - 834394 スイス
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessSEV-2015-0522 スペイン
German Research FoundationSFB1190/P22 ドイツ
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessFIS2017-89560-R スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessFIS2015-63550-R スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessRYC-2017-22227 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2015-73288-JIN スペイン
引用ジャーナル: Dev Cell / 年: 2019
タイトル: Tricalbin-Mediated Contact Sites Control ER Curvature to Maintain Plasma Membrane Integrity.
著者: Javier Collado / Maria Kalemanov / Felix Campelo / Clélia Bourgoint / Ffion Thomas / Robbie Loewith / Antonio Martínez-Sánchez / Wolfgang Baumeister / Christopher J Stefan / Rubén Fernández-Busnadiego /
要旨: Membrane contact sites (MCS) between the endoplasmic reticulum (ER) and the plasma membrane (PM) play fundamental roles in all eukaryotic cells. ER-PM MCS are particularly abundant in Saccharomyces ...Membrane contact sites (MCS) between the endoplasmic reticulum (ER) and the plasma membrane (PM) play fundamental roles in all eukaryotic cells. ER-PM MCS are particularly abundant in Saccharomyces cerevisiae, where approximately half of the PM surface is covered by cortical ER (cER). Several proteins, including Ist2, Scs2/22, and Tcb1/2/3 are implicated in cER formation, but the specific roles of these molecules are poorly understood. Here, we use cryo-electron tomography to show that ER-PM tethers are key determinants of cER morphology. Notably, Tcb proteins (tricalbins) form peaks of extreme curvature on the cER membrane facing the PM. Combined modeling and functional assays suggest that Tcb-mediated cER peaks facilitate the transport of lipids between the cER and the PM, which is necessary to maintain PM integrity under heat stress. ER peaks were also present at other MCS, implying that membrane curvature enforcement may be a widespread mechanism to regulate MCS function.
履歴
登録2019年10月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月13日-
マップ公開2019年11月13日-
更新2020年6月3日-
現状2020年6月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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ムービー
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ムービービューア
添付画像

emd_10378.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10378.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 310.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
13.68 Å/pix.
x 189 pix.
= 2585.52 Å		13.68 Å/pix.
x 928 pix.
= 12695.04 Å		13.68 Å/pix.
x 928 pix.
= 12695.04 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.68 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-154 - 83
平均 (標準偏差)2.817814 (±11.099517)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin9400
サイズ928928189
Spacing928928189
セルA: 12695.04 Å / B: 12695.04 Å / C: 2585.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z13.6813.6813.68
M x/y/z928928189
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z12695.04012695.0402585.520
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS0940
NC/NR/NS928928189
D min/max/mean-154.00083.0002.818

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ER-PM membrane contact site

全体名称: ER-PM membrane contact site
要素
  • 細胞: ER-PM membrane contact site

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超分子 #1: ER-PM membrane contact site

超分子名称: ER-PM membrane contact site / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Yeast cells vitrified after heat shock
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: SEY6210.1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 5.5 / 詳細: YPD medium
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 21 % / チャンバー内温度: 300 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.03 nA / 集束イオンビーム - 時間: 7200 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 90 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 4000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200 nm
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FEI Quanta FIB. This is not in a list of allowed values set(['DB235', 'OTHER']) so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80.0 K / 最高: 100.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.8 sec. / 平均電子線量: 1.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.9) / 詳細: Tomogram was binned twice. / 使用した粒子像数: 55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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