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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10325 | ||||||||||||
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タイトル | cryo-EM map of ASFV MCP p72 homotrimers purified from virion | ||||||||||||
![]() | P72 postprocess map | ||||||||||||
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生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | ||||||||||||
![]() | Abrescia NG / Andres G / Charro D | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The cryo-EM structure of African swine fever virus unravels a unique architecture comprising two icosahedral protein capsids and two lipoprotein membranes. 著者: German Andrés / Diego Charro / Tania Matamoros / Rebecca S Dillard / Nicola G A Abrescia / ![]() ![]() 要旨: African swine fever virus (ASFV) is a complex nucleocytoplasmic large DNA virus (NCLDV) that causes a devastating swine disease currently present in many countries of Africa, Europe, and Asia. ...African swine fever virus (ASFV) is a complex nucleocytoplasmic large DNA virus (NCLDV) that causes a devastating swine disease currently present in many countries of Africa, Europe, and Asia. Despite intense research efforts, relevant gaps in the architecture of the infectious virus particle remain. Here, we used single-particle cryo-EM to analyze the three-dimensional structure of the mature ASFV particle. Our results show that the ASFV virion, with a radial diameter of ∼2,080 Å, encloses a genome-containing nucleoid surrounded by two distinct icosahedral protein capsids and two lipoprotein membranes. The outer capsid forms a hexagonal lattice (triangulation number = 277) composed of 8,280 copies of the double jelly-roll major capsid protein (MCP) p72, arranged in trimers displaying a pseudo-hexameric morphology, and of 60 copies of a penton protein at the vertices. The inner protein layer, organized as a = 19 capsid, confines the core shell, and it is composed of the mature products derived from the ASFV polyproteins pp220 and pp62. Also, an icosahedral membrane lies between the two protein layers, whereas a pleomorphic envelope wraps the outer capsid. This high-level organization confers to ASFV a unique architecture among the NCLDVs that likely reflects the complexity of its infection process and may help explain current challenges in controlling it. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 25.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.7 KB 20.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 6.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 104 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 27 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 18 MB 14.3 MB 20.5 MB 20.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 377.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 376.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | P72 postprocess map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.13 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: local resolution filtered map
ファイル | emd_10325_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | local resolution filtered map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: for coloring locres
ファイル | emd_10325_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | for coloring locres | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: P72 Half1
ファイル | emd_10325_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | P72 Half1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: P72 Half2
ファイル | emd_10325_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | P72 Half2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : homotrimer of Major Capsid Protein p72 of African Swine Fever virus
全体 | 名称: homotrimer of Major Capsid Protein p72 of African Swine Fever virus |
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要素 |
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-超分子 #1: homotrimer of Major Capsid Protein p72 of African Swine Fever virus
超分子 | 名称: homotrimer of Major Capsid Protein p72 of African Swine Fever virus タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: purified from virion |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: Ba71V |
-分子 #1: viral major capsid protein p72
分子 | 名称: viral major capsid protein p72 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: strain Badajoz 1971 |
配列 | 文字列: MASGGAFCLI ANDGKADKII LAQDLLNSRI SNIKNVNKSY GKPDPEPTLS QIEETHLVHF NAHFKPYVP VGFEYNKVRP HTGTPTLGNK LTFGIPQYGD FFHDMVGHHI LGACHSSWQD A PIQGTAQM GAHGQLQTFP RNGYDWDNQT PLEGAVYTLV DPFGRPIVPG ...文字列: MASGGAFCLI ANDGKADKII LAQDLLNSRI SNIKNVNKSY GKPDPEPTLS QIEETHLVHF NAHFKPYVP VGFEYNKVRP HTGTPTLGNK LTFGIPQYGD FFHDMVGHHI LGACHSSWQD A PIQGTAQM GAHGQLQTFP RNGYDWDNQT PLEGAVYTLV DPFGRPIVPG TKNAYRNLVY YC EYPGERL YENVRFDVNG NSLDEYSSDV TTLVRKFCIP GDKMTGYKHL VGQEVSVEGT SGP LLCNIH DLHKPHQSKP ILTDENDTQR TCSHTNPKFL SQHFPENSHN IQTAGKQDIT PITD ATYLD IRRNVHYSCN GPQTPKYYQP PLALWIKLRF WFNENVNLAI PSVSIPFGER FITIK LASQ KDLVNEFPGL FIRQSRFIPG RPSRRNIRFK PWFIPGVINE ISLTNNELYI NNLFVT PEI HNLFVKRVRF SLIRVHKTQV THTNNNHHDE KLMSALKWPI EYMFIGLKPT WNISDQN PH QHRDWHKFGH VVNAIMQPTH HAEISFQDRD TALPDACSSI SDISPVTYPI TLPIIKNI S VTAHGINLID KFPSKFCSSY IPFHYGGNAI KTPDDPGAMM ITFALKPREE YQPSGHINV SRAREFYISW DTDYVGSITT ADLVVSASAI NFLLLQNGSA VLRYST |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 名称: PBS |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1541 / 平均電子線量: 46.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 0.01 mm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |