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- EMDB-1026: Microscopic evidence for a minus-end-directed power stroke in the... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1026
タイトルMicroscopic evidence for a minus-end-directed power stroke in the kinesin motor ncd.
マップデータhelical reconstruction of microtubule motor complex AMPPNP state
試料
  • 試料: Ncd296 motor fragment from Drosophila Melanogaster AMPPNP state
  • タンパク質・ペプチド: Ncd296 dimer
  • タンパク質・ペプチド: tubulin dimer
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法
データ登録者Wendt TG
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2002
タイトル: Microscopic evidence for a minus-end-directed power stroke in the kinesin motor ncd.
著者: Thomas G Wendt / Niels Volkmann / Georgios Skiniotis / Kenneth N Goldie / Jens Müller / Eckhard Mandelkow / Andreas Hoenger /
要旨: We used cryo-electron microscopy and image reconstruction to investigate the structure and microtubule-binding configurations of dimeric non-claret disjunctional (ncd) motor domains under various ...We used cryo-electron microscopy and image reconstruction to investigate the structure and microtubule-binding configurations of dimeric non-claret disjunctional (ncd) motor domains under various nucleotide conditions, and applied molecular docking using ncd's dimeric X-ray structure to generate a mechanistic model for force transduction. To visualize the alpha-helical coiled-coil neck better, we engineered an SH3 domain to the N-terminal end of our ncd construct (296-700). Ncd exhibits strikingly different nucleotide-dependent three-dimensional conformations and microtubule-binding patterns from those of conventional kinesin. In the absence of nucleotide, the neck adapts a configuration close to that found in the X-ray structure with stable interactions between the neck and motor core domain. Minus-end-directed movement is based mainly on two key events: (i) the stable neck-core interactions in ncd generate a binding geometry between motor and microtubule which places the motor ahead of its cargo in the minus-end direction; and (ii) after the uptake of ATP, the two heads rearrange their position relative to each other in a way that promotes a swing of the neck in the minus-end direction.
履歴
登録2003年2月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2003年2月27日-
マップ公開2003年2月27日-
更新2016年4月13日-
現状2016年4月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 17
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 17
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1026.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1026.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈helical reconstruction of microtubule motor complex AMPPNP state
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.53 Å
密度
表面レベル1: 17.0 / ムービー #1: 17
最小 - 最大-61.0 - 52.0
平均 (標準偏差)1.88634 (±12.206899999999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-50-50-36
サイズ10110173
Spacing10110173
セルA: 558.53 Å / B: 558.53 Å / C: 403.69 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.535.535.53
M x/y/z10110173
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z558.530558.530403.690
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-50-50-36
NC/NR/NS10110173
D min/max/mean-61.00052.0001.886

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ncd296 motor fragment from Drosophila Melanogaster AMPPNP state

全体名称: Ncd296 motor fragment from Drosophila Melanogaster AMPPNP state
要素
  • 試料: Ncd296 motor fragment from Drosophila Melanogaster AMPPNP state
  • タンパク質・ペプチド: Ncd296 dimer
  • タンパク質・ペプチド: tubulin dimer

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超分子 #1000: Ncd296 motor fragment from Drosophila Melanogaster AMPPNP state

超分子名称: Ncd296 motor fragment from Drosophila Melanogaster AMPPNP state
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: dimer / Number unique components: 2

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分子 #1: Ncd296 dimer

分子名称: Ncd296 dimer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 集合状態: dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: fly
分子量実験値: 92 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #2: tubulin dimer

分子名称: tubulin dimer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: alpha beta tubulin
詳細: bovine tubulin was purchased from Cytoskeleton Inc. (Denver,CO)
集合状態: polymer of alpha beta dimers / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
別称: fly
分子量実験値: 100 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度1.9 mg/mL
緩衝液pH: 6.8 / 詳細: 80mM PIPES, 2mM MgCl2, 2mM AMPPNP
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: plunge-frozen in liquid ethane
グリッド詳細: quantifoil holey grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 93 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: standard guillotine. vitrification carried out at room temperature

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG/ST
温度平均: 93 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 150K mag
詳細low dose imaging
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 21 µm / 実像数: 14 / Od range: 0.9 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 160 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 38000
試料ステージ試料ホルダー: side entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細257 subunits per 137 helical turns
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: PHOELIX
詳細: final map was calculated from 25 datasets of near and far sides

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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