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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10136 | |||||||||||||||
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タイトル | Double-stranded helical ESCRT-III filament formed from Snf7/Vps24/Vps2 on a helical membrane bicelle | |||||||||||||||
マップデータ | Masked double-stranded helical ESCRT-III filament formed from Snf7/Vps24/Vps2 on a helical bicelle | |||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.1 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Frost A / Johnson I / Talledge N | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Anisotropic ESCRT-III architecture governs helical membrane tube formation. 著者: Joachim Moser von Filseck / Luca Barberi / Nathaniel Talledge / Isabel E Johnson / Adam Frost / Martin Lenz / Aurélien Roux / 要旨: ESCRT-III proteins assemble into ubiquitous membrane-remodeling polymers during many cellular processes. Here we describe the structure of helical membrane tubes that are scaffolded by bundled ESCRT- ...ESCRT-III proteins assemble into ubiquitous membrane-remodeling polymers during many cellular processes. Here we describe the structure of helical membrane tubes that are scaffolded by bundled ESCRT-III filaments. Cryo-ET reveals how the shape of the helical membrane tube arises from the assembly of two distinct bundles of helical filaments that have the same helical path but bind the membrane with different interfaces. Higher-resolution cryo-EM of filaments bound to helical bicelles confirms that ESCRT-III filaments can interact with the membrane through a previously undescribed interface. Mathematical modeling demonstrates that the interface described above is key to the mechanical stability of helical membrane tubes and helps infer the rigidity of the described protein filaments. Altogether, our results suggest that the interactions between ESCRT-III filaments and the membrane could proceed through multiple interfaces, to provide assembly on membranes with various shapes, or adapt the orientation of the filaments towards the membrane during membrane remodeling. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10136.map.gz | 3.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10136-v30.xml emd-10136.xml | 15.9 KB 15.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10136_fsc.xml | 8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10136.png | 40.8 KB | ||
その他 | emd_10136_additional.map.gz emd_10136_additional_1.map.gz emd_10136_half_map_1.map.gz emd_10136_half_map_2.map.gz | 36.1 MB 36.1 MB 31.1 MB 31.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10136 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10136 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10136_validation.pdf.gz | 359.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10136_full_validation.pdf.gz | 358.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10136_validation.xml.gz | 13.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10136 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10136 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10136.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Masked double-stranded helical ESCRT-III filament formed from Snf7/Vps24/Vps2 on a helical bicelle | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.76 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Unmasked double-stranded helical ESCRT-III filament formed from Snf7/Vps24/Vps2...
ファイル | emd_10136_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Unmasked double-stranded helical ESCRT-III filament formed from Snf7/Vps24/Vps2 on a helical bicelle | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unmasked double-stranded helical ESCRT-III filament formed from Snf7/Vps24/Vps2...
ファイル | emd_10136_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unmasked double-stranded helical ESCRT-III filament formed from Snf7/Vps24/Vps2 on a helical bicelle | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_10136_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_10136_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Double-stranded helical ESCRT-III filament formed from Snf7/Vps24...
全体 | 名称: Double-stranded helical ESCRT-III filament formed from Snf7/Vps24/Vps2 on a helical bicelle |
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要素 |
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-超分子 #1: Double-stranded helical ESCRT-III filament formed from Snf7/Vps24...
超分子 | 名称: Double-stranded helical ESCRT-III filament formed from Snf7/Vps24/Vps2 on a helical bicelle タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 実験値: 30 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 67.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |