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- EMDB-0990: Structure of Dimethylformamidase, tetramer, Y440A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0990
タイトルStructure of Dimethylformamidase, tetramer, Y440A mutant
マップデータOne of the primary map from the refinement in Relion
試料
  • 複合体: Dimethylformamidase
    • タンパク質・ペプチド: N,N-dimethylformamidase large subunit
    • タンパク質・ペプチド: N,N-dimethylformamidase small subunit
キーワードab polypeptide / mononuclear iron / amidohydrolase / tetramer / HYDROLASE
機能・相同性N,N-dimethylformamidase / N,N-dimethylformamidase activity / N,N-dimethylformamidase beta subunit-like, C-terminal / N,N-dimethylformamidase beta subunit-like, C-terminal / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / metal ion binding / N,N-dimethylformamidase large subunit / N,N-dimethylformamidase small subunit
機能・相同性情報
生物種Paracoccus sp. SSG05 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Arya CA / Yadav S
資金援助 インド, 3件
OrganizationGrant number国
Department of Biotechnology (DBT, India)DBT/PR12422/MED/31/287/2014 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR5081/INF/22/156/2012 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)SB/S2/RJN-094/2017 インド
引用ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2020
タイトル: A 2-Tyr-1-carboxylate Mononuclear Iron Center Forms the Active Site of a Paracoccus Dimethylformamidase.
著者: Chetan Kumar Arya / Swati Yadav / Jonathan Fine / Ana Casanal / Gaurav Chopra / Gurunath Ramanathan / Kutti R Vinothkumar / Ramaswamy Subramanian /
要旨: N,N-dimethyl formamide (DMF) is an extensively used organic solvent but is also a potent pollutant. Certain bacterial species from genera such as Paracoccus, Pseudomonas, and Alcaligenes have evolved ...N,N-dimethyl formamide (DMF) is an extensively used organic solvent but is also a potent pollutant. Certain bacterial species from genera such as Paracoccus, Pseudomonas, and Alcaligenes have evolved to use DMF as a sole carbon and nitrogen source for growth via degradation by a dimethylformamidase (DMFase). We show that DMFase from Paracoccus sp. strain DMF is a halophilic and thermostable enzyme comprising a multimeric complex of the α β or (α β ) type. One of the three domains of the large subunit and the small subunit are hitherto undescribed protein folds of unknown evolutionary origin. The active site consists of a mononuclear iron coordinated by two Tyr side-chain phenolates and one carboxylate from Glu. The Fe ion in the active site catalyzes the hydrolytic cleavage of the amide bond in DMF. Kinetic characterization reveals that the enzyme shows cooperativity between subunits, and mutagenesis and structural data provide clues to the catalytic mechanism.
履歴
登録2020年2月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年6月3日-
マップ公開2020年6月3日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0638
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0638
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6lvd
  • 表面レベル: 0.0638
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0990.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0990.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈One of the primary map from the refinement in Relion
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 342.4 Å		1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 342.4 Å		1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 342.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0638 / ムービー #1: 0.0638
最小 - 最大-0.16599259 - 0.28779134
平均 (標準偏差)-0.00003941276 (±0.011116762)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 342.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z342.400342.400342.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-31-35-52
NX/NY/NZ11798209
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1660.288-0.000

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添付データ

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ハーフマップ: One of the half map from the refinement in Relion

ファイルemd_0990_half_map_1.map
注釈One of the half map from the refinement in Relion
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: One of the half map from the refinement in Relion

ファイルemd_0990_half_map_2.map
注釈One of the half map from the refinement in Relion
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dimethylformamidase

全体名称: Dimethylformamidase
要素
  • 複合体: Dimethylformamidase
    • タンパク質・ペプチド: N,N-dimethylformamidase large subunit
    • タンパク質・ペプチド: N,N-dimethylformamidase small subunit

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超分子 #1: Dimethylformamidase

超分子名称: Dimethylformamidase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Tetramer, 2x(a2b2)
由来(天然)生物種: Paracoccus sp. SSG05 (バクテリア)
分子量理論値: 400 KDa

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分子 #1: N,N-dimethylformamidase large subunit

分子名称: N,N-dimethylformamidase large subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: N,N-dimethylformamidase
由来(天然)生物種: Paracoccus sp. SSG05 (バクテリア)
分子量理論値: 86.249664 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKDIAIRGYC DRPSVATGET IRFYVSANET RGTFDAELVR LIHGDSNPAG PGYKEEAIKS DLEGQYPARF QRTQFGSYVE VADPDAGLQ PDGAFSVHLF LWSTTPSRGR QGIASRWNDE RQSGWNLAIE DGRVVFTIGD GSGATSSVVS DRPLFQQIWY S ITGVYDPE ...文字列:
MKDIAIRGYC DRPSVATGET IRFYVSANET RGTFDAELVR LIHGDSNPAG PGYKEEAIKS DLEGQYPARF QRTQFGSYVE VADPDAGLQ PDGAFSVHLF LWSTTPSRGR QGIASRWNDE RQSGWNLAIE DGRVVFTIGD GSGATSSVVS DRPLFQQIWY S ITGVYDPE KKQLRLYQKS VVNRTNSRFG LVVPLDSDCA VSADATVKAA DSETSLLIAG LGEAAAQDGR TWCIAHYNGK VD APKIYGC ALGQDDAEKL SRGEIVRPIS RLAHWDFSAG IGLNGIPTDH VVDASGYGHH GRCMNQPSRG STGWNWDGHE ENF IHCPEQ YGALWFHEDC LDDCRWEKDF EFTVPEGLKS DFYAVKIRYE DTEDYIPFFV LPPRGTATAP ILVIASTLSY LAYA NEQIM HKADIGQAVA GHTPVLNEND VELHKNLSYY GLSTADGHID GRGVQYTSWR RPIMNLRPKH RQGFGSIWEL PADLH LIDW LNHNGFEYDV ATEHDLNDQG AELLRRYKVV LTGSHPEYQT WANADAWEDY LADGGRGMYL AANGMYWIVE VHPEKP WVM EVRKELGVTA WEAPPGEYHY STNGRRGGRF RGRARATQKI WGTGMSSFGF DHSGYFVQMP DSQDERVAWI MEGIDPE ER IGDGGLVGGG AGGYELDRYD LALGTPPNTL LLASSVEHSV VYTVIPDDKA FPHPGMNGGE HPFVRADITY FSTANGGG M FATSSISWLG SLSWNDYDNN VSKMTKNVLN QFIKDEPAPR VKLAAALEHH HHHH

UniProtKB: N,N-dimethylformamidase large subunit

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分子 #2: N,N-dimethylformamidase small subunit

分子名称: N,N-dimethylformamidase small subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: N,N-dimethylformamidase
由来(天然)生物種: Paracoccus sp. SSG05 (バクテリア)
分子量理論値: 16.083823 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MTEASESCVR DPSNYRDRSA DWYAFYDERR RKEIIDIIDE HPEIVEEHAA NPFGYRKHPS PYLQRVHNYF RMQPTFGRYY IYSEREWDA YRIATIREFG ELPELGDERF KTEEEAMHAV FLRRIEDVRA ELA

UniProtKB: N,N-dimethylformamidase small subunit

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.2 / 構成要素:
濃度名称
50.0 mMTris-Cl
200.0 mMNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: Glow discharge was performed with Quorum glocube at 25mA, for 90 s.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blot force was 0 and blotting was done for 3.5 seconds.
詳細Sample at higher salt exists mostly as tetramer

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 77.7 K / 最高: 77.7 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 443 / 平均露光時間: 60.0 sec. / 平均電子線量: 27.5 e/Å2
詳細: A total of 25 frames were saved from the 60 second exposure, resulting in ~1.1 electron/frame
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4.5314 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.2165 µm / 倍率（補正後）: 130841 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5314 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2165 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 51556
詳細: Two rounds of 2D classification was performed prior to angular assignment and reconstruction
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: The tetramer (WT, no mutation) was low pass filtered and used as initial model
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 18645
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE / 温度因子: 52.5
得られたモデル

PDB-6lvd:
Structure of Dimethylformamidase, tetramer, Y440A mutant

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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