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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0882 | |||||||||
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タイトル | cryo-EM structure of TRPV3 in lipid nanodisc | |||||||||
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![]() | TRP channel / TRPV family / TRPV3 / nanodisc / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of hair cycle / TRP channels / osmosensory signaling pathway / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / monoatomic cation channel activity / actin filament organization / calcium channel activity / cilium ...negative regulation of hair cycle / TRP channels / osmosensory signaling pathway / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / monoatomic cation channel activity / actin filament organization / calcium channel activity / cilium / monoatomic ion channel activity / receptor complex / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
![]() | Shimada H / Kusakizako T | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of lipid nanodisc-reconstituted TRPV3 reveals the gating mechanism. 著者: Hiroto Shimada / Tsukasa Kusakizako / T H Dung Nguyen / Tomohiro Nishizawa / Tomoya Hino / Makoto Tominaga / Osamu Nureki / ![]() 要旨: Transient receptor potential vanilloid subfamily member 3 (TRPV3) is a temperature-sensitive cation channel. Previous cryo-EM analyses of TRPV3 in detergent micelles or amphipol proposed that the ...Transient receptor potential vanilloid subfamily member 3 (TRPV3) is a temperature-sensitive cation channel. Previous cryo-EM analyses of TRPV3 in detergent micelles or amphipol proposed that the lower gate opens by α-to-π helical transitions of the nearby S6 helix. However, it remains unclear how physiological lipids are involved in the TRPV3 activation. Here we determined the apo state structure of mouse (Mus musculus) TRPV3 in a lipid nanodisc at 3.3 Å resolution. The structure revealed that lipids bound to the pore domain stabilize the selectivity filter in the narrow state, suggesting that the selectivity filter of TRPV3 affects cation permeation. When the lower gate is closed in nanodisc-reconstituted TRPV3, the S6 helix adopts the π-helical conformation without agonist- or heat-sensitization, potentially stabilized by putative intra-subunit hydrogen bonds and lipid binding. Our findings provide insights into the lipid-associated gating mechanism of TRPV3. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 2.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.4 KB 15.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 5.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 116.5 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 15.6 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 9.6 MB 9.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 780 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 779.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6lgpMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 2.1 TB Data #1: Unaligned movies for mouse TRPV3 in a nanodisc [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.45 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_0882_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_0882_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : TRPV3
全体 | 名称: TRPV3 |
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要素 |
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-超分子 #1: TRPV3
超分子 | 名称: TRPV3 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 73.949867 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: RLKKRIFAAV SEGCVEELRE LLQDLQDLCR RRRGLDVPDF LMHKLTASDT GKTCLMKALL NINPNTKEIV RILLAFAEEN DILDRFINA EYTEEAYEGQ TALNIAIERR QGDITAVLIA AGADVNAHAK GVFFNPKYQH EGFYFGETPL ALAACTNQPE I VQLLMENE ...文字列: RLKKRIFAAV SEGCVEELRE LLQDLQDLCR RRRGLDVPDF LMHKLTASDT GKTCLMKALL NINPNTKEIV RILLAFAEEN DILDRFINA EYTEEAYEGQ TALNIAIERR QGDITAVLIA AGADVNAHAK GVFFNPKYQH EGFYFGETPL ALAACTNQPE I VQLLMENE QTDITSQDSR GNNILHALVT VAEDFKTQND FVKRMYDMIL LRSGNWELET MRNNDGLTPL QLAAKMGKAE IL KYILSRE IKEKPLRSLS RKFTDWAYGP VSSSLYDLTN VDTTTDNSVL EIIVYNTNID NRHEMLTLEP LHTLLHTKWK KFA KYMFFL SFCFYFFYNI TLTLVSYYRP REDEDLPHPL ALTHKMSWLQ LLGRMFVLIW ATCISVKEGI AIFLLRPSDL QSIL SDAWF HFVFFVQAVL VILSVFLYLF AYKEYLACLV LAMALGWANM LYYTRGFQSM GMYSVMIQKV ILHDVLKFLF VYILF LLGF GVALASLIEK CSKDKKDCSS YGSFSDAVLE LFKLTIGLGD LNIQQNSTYP ILFLFLLITY VILTFVLLLN MLIALM GET VENVSKESER IWRLQRARTI LEFEKMLPEW LRSRFRMGEL CKVADEDFRL CLRINEVKWT EWKTHVSFLN EDPGPI UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3 |
-分子 #2: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 16 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-POV: |
-分子 #3: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
分子 | 名称: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 12 / 式: PLC |
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分子量 | 理論値: 622.834 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PLC: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | #0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) #0 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) #1 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / #2 - Image recording ID: 3 #2 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) #2 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |