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万見
- EMDB-0862: Esx-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0862
タイトルEsx-3
マップデータ
試料
  • 複合体: esx-3
    • タンパク質・ペプチド: ESX-3 secretion system ATPase EccB3
    • タンパク質・ペプチド: ESX-3 secretion system protein EccD3
    • タンパク質・ペプチド: ESX-3 secretion system protein EccC3
    • タンパク質・ペプチド: ESX-3 secretion system protein EccE3
キーワードMembrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用 / hydrolase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Type VII secretion system protein EccE / Putative type VII ESX secretion system translocon, EccE / Type VII secretion system membrane protein EccD / YukD-like / WXG100 protein secretion system (Wss), protein YukD / EccCa-like, Actinobacteria / EccCb-like, Actinobacteria / Type VII secretion system EccB / Type VII secretion system EccB, repeat 3 domain ...: / Type VII secretion system protein EccE / Putative type VII ESX secretion system translocon, EccE / Type VII secretion system membrane protein EccD / YukD-like / WXG100 protein secretion system (Wss), protein YukD / EccCa-like, Actinobacteria / EccCb-like, Actinobacteria / Type VII secretion system EccB / Type VII secretion system EccB, repeat 3 domain / Type VII secretion system EccB, repeat 1 domain / Type VII secretion system ESX-1, transport TM domain B / : / FtsK domain / FtsK/SpoIIIE family / FtsK domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ESX-3 secretion system ATPase EccB3 / ESX-3 secretion system protein EccC3 / ESX-3 secretion system protein EccD3 / ESX-3 secretion system protein EccE3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Wang SH / Zhou KX
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: cryo-em structure of esx-3
著者: Wang SH / Zhou KX / Li J / Rao ZH
履歴
登録2019年11月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月18日-
マップ公開2020年11月18日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6lar
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0862.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0862.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 440 pix.
= 360.8 Å		0.82 Å/pix.
x 440 pix.
= 360.8 Å		0.82 Å/pix.
x 440 pix.
= 360.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.113354094 - 0.17274204
平均 (標準偏差)0.00049343787 (±0.00405674)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 360.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.820.820.82
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z360.800360.800360.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-0.1130.1730.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : esx-3

全体名称: esx-3
要素
  • 複合体: esx-3
    • タンパク質・ペプチド: ESX-3 secretion system ATPase EccB3
    • タンパク質・ペプチド: ESX-3 secretion system protein EccD3
    • タンパク質・ペプチド: ESX-3 secretion system protein EccC3
    • タンパク質・ペプチド: ESX-3 secretion system protein EccE3

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超分子 #1: esx-3

超分子名称: esx-3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

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分子 #1: ESX-3 secretion system ATPase EccB3

分子名称: ESX-3 secretion system ATPase EccB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2 155
分子量理論値: 53.684262 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTGPVNPDDR RSFSSRTPVN ENPDGVQYRR GFVTRHQVSG WRFVMRRIAS GVALHDTRML VDPLRTQSRA VLTGALILVT GLVGCFIFS LFRPGGVPGN NAILADRSTS ALYVRVGEQL HPVLNLTSAR LISGSPDNPT MVKTSEIDKF PRGNLLGIPG A PERMVQNA ...文字列:
MTGPVNPDDR RSFSSRTPVN ENPDGVQYRR GFVTRHQVSG WRFVMRRIAS GVALHDTRML VDPLRTQSRA VLTGALILVT GLVGCFIFS LFRPGGVPGN NAILADRSTS ALYVRVGEQL HPVLNLTSAR LISGSPDNPT MVKTSEIDKF PRGNLLGIPG A PERMVQNA ATDAEWTVCD AVGGANPGVT VIAGPLGADG ERAAPLPPDH AVLVHSDAEP NPGDWLLWDG KRSPIDLADR AV TDALGLG GQALAPRPIA AGLFNAVPAA PALTAPVIPD AGAAPQFELS LPVPVGAVVV AYDADNTARY YAVLSDGLQP ISP VLAAIL RNTDSHGFAQ PPRLGPDEVA RTPMSRGLDT SAYPDNPVTL VEASAHPVTC AHWTKPSDAA ESSLSVLSGA VLPL AEGLH TVDLVGAGAG GAANRVALTP GTGYFVQTVG AEPGSPTAGS MFWVSDTGVR YGIDTAEDDK VVAALGLSTS PLPVP WSVL SQFAAGPALS RGDALVAHDA VSTNPNSARM EASR

UniProtKB: ESX-3 secretion system ATPase EccB3

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分子 #2: ESX-3 secretion system protein EccD3

分子名称: ESX-3 secretion system protein EccD3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2 155
分子量理論値: 48.29248 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSENTVMPIV RVAVLAAGDD GGRLTEMALP SELPLREILP AVQRIVQPAR ENDGAADPAA APNPVRLSLA PIGGAPFSLD ATLDTVGVV DGDLLALQAV PSGPPAPRIV EDIADAAVIF SEARRRQWGP THIARGAALA LIGLILVGTG LSVAHRVITG D LLGQFIVS ...文字列:
MSENTVMPIV RVAVLAAGDD GGRLTEMALP SELPLREILP AVQRIVQPAR ENDGAADPAA APNPVRLSLA PIGGAPFSLD ATLDTVGVV DGDLLALQAV PSGPPAPRIV EDIADAAVIF SEARRRQWGP THIARGAALA LIGLILVGTG LSVAHRVITG D LLGQFIVS GIALATVIAA LAVRNRSAVL ATSLAVTALV PVAAAFALGV PGDFGAPNVL LAAAGVAAWS LISMAGSPDD RG IAVFTAT AVTGVGVLLV AGAASLWVIS SDVIGCALVL LGLIVTVQAA QLSAMWARFP LPVIPAPGDP TPAARPLSVL ADL PRRVRV SQAHQTGVIA AGVLLGVAGS VALVSSANAS PWAWYIVVAA AAGAALRARV WDSAACKAWL LGHSYLLAVA LLVA FVIGD RYQAALWALA ALAVLVLVWI VAALNPKIAS PDTYSLPMRR MVGFLATGLD ASLIPVMALL VGLFSLVLDR

UniProtKB: ESX-3 secretion system protein EccD3

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分子 #3: ESX-3 secretion system protein EccC3

分子名称: ESX-3 secretion system protein EccC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2 155
分子量理論値: 49.900879 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSRLIFEHQR RLTPPTTRKG TITIEPPPQL PRVVPPSLLR RVLPFLIVIL IVGMIVALFA TGMRLISPTM LFFPFVLLLA ATALYRGGD NKMRTEEVDA ERADYLRYLS VVRDNVRAHA AEQRAALEWS HPEPEVLATI PGTRRQWERD PRDRDFLVLR A GRHDVPLD ...文字列:
MSRLIFEHQR RLTPPTTRKG TITIEPPPQL PRVVPPSLLR RVLPFLIVIL IVGMIVALFA TGMRLISPTM LFFPFVLLLA ATALYRGGD NKMRTEEVDA ERADYLRYLS VVRDNVRAHA AEQRAALEWS HPEPEVLATI PGTRRQWERD PRDRDFLVLR A GRHDVPLD AALKVKDTAD EIDLEPVAHS ALRGLLDVQR TVRDAPTGLD VAKLARITVI GEADEARAAI RAWIAQAVTW HD PTMLGVA LAAPDLESGD WSWLKWLPHV DVPNEADGVG PARYLTTSTA ELRERLAPAL ADRPLFPAES GAALKHLLVV LDD PDADPD DIARKPGLTG VTVIHRTTEL PNREQYPDPE RPILRVADGR IERWQVGGWQ PCVDVADAMS AAEAAHIARR LSRW DSNPG YIRSTSTGSA TFTTLLGIPD ASALDVHLGG IKAFHHHHHH HHHH

UniProtKB: ESX-3 secretion system protein EccC3

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分子 #4: ESX-3 secretion system protein EccE3

分子名称: ESX-3 secretion system protein EccE3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2 155
分子量理論値: 33.226992 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTARIALASL FVVAAVLAQP WQTTTQRWVL GVSIAAVIVL LAWWKGMFLT TRIGRALAMV RRNRAEDTVE TDAHRATVVL RVDPAAPAQ LPVVVGYLDR YGITCDKVRI THRDAGGTRR SWISLTVDAV DNLAALQARS ARIPLQDTTE VVGRRLADHL R EQGWTVTV ...文字列:
MTARIALASL FVVAAVLAQP WQTTTQRWVL GVSIAAVIVL LAWWKGMFLT TRIGRALAMV RRNRAEDTVE TDAHRATVVL RVDPAAPAQ LPVVVGYLDR YGITCDKVRI THRDAGGTRR SWISLTVDAV DNLAALQARS ARIPLQDTTE VVGRRLADHL R EQGWTVTV VEGVDTPLPV SGKETWRGVA DDAGVVAAYR VKVDDRLDEV LAEIGHLPAE ETWTALEFTG SPAEPLLTVC AA VRTSDRP AAKAPLAGLT PARGRHRPAL AALNPLSTER LDGTAVPLPA VVRTSVKGSV EHEAAQEAGH PA

UniProtKB: ESX-3 secretion system protein EccE3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素:
濃度式
20.0 mMHEPES
100.0 mMNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 25 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 4823 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 215839
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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