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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0841 | |||||||||
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タイトル | CsgFG complex in Curli biogenesis system | |||||||||
マップデータ | CsgFG | |||||||||
試料 |
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キーワード | Biofilm / Curli biogenesis system / CsgFG complex / protein transportation / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 curli secretion complex / curli assembly / protein secretion by the type VIII secretion system / protein transmembrane transport / single-species biofilm formation / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli O69:H11 str. 08-4661 (大腸菌) / Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.38 Å | |||||||||
データ登録者 | Yan ZF / Yin M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Assembly and substrate recognition of curli biogenesis system. 著者: Zhaofeng Yan / Meng Yin / Jianan Chen / Xueming Li / 要旨: A major component of bacterial biofilms is curli amyloid fibrils secreted by the curli biogenesis system. Understanding the curli biogenesis mechanism is critical for developing therapeutic agents ...A major component of bacterial biofilms is curli amyloid fibrils secreted by the curli biogenesis system. Understanding the curli biogenesis mechanism is critical for developing therapeutic agents for biofilm-related infections. Here we report a systematic study of the curli biogenesis system, highlighted by structural, biochemical and functional analysis of the secretion channel complexes (CsgF-CsgG) with and without the curli substrate. The dual-pore architecture of the CsgF-CsgG complex was observed and used to develop an approach to inhibit the curli secretion by physically reducing the size of the CsgF pore. We further elucidated the assembly of the CsgFG complex with curli components (CsgA and CsgB) and curli-cell association through CsgF. Importantly, the recognition of the CsgA substrate by CsgG was uncovered. Nine crevices outside of the CsgG channel provide specific and highly-conserved recognition sites for CsgA N-terminus. Together with analysis of CsgE, our study provides comprehensive insights into curli biogenesis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0841.map.gz | 4.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0841-v30.xml emd-0841.xml | 9.6 KB 9.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0841.png | 277.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0841.cif.gz | 7.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0841 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0841 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0841_validation.pdf.gz | 367 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0841_full_validation.pdf.gz | 366.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0841_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0841_validation.cif.gz | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0841 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0841 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0841.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CsgFG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Curli transport CsgFG complex
全体 | 名称: Curli transport CsgFG complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Curli transport CsgFG complex
超分子 | 名称: Curli transport CsgFG complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
-分子 #1: Curli production assembly/transport protein CsgG
分子 | 名称: Curli production assembly/transport protein CsgG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli O69:H11 str. 08-4661 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 30.584035 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MQRLFLLVAV MLLSGCLTAP PKEAARPTLM PRAQSYKDLT HLPAPTGKIF VSVYNIQDET GQFKPYPASN FSTAVPQSAT AMLVTALKD SRWFIPLERQ GLQNLLNERK IIRAAQENGT VAINNRIPLQ SLTAANIMVE GSIIGYESNV KSGGVGARYF G IGADTQYQ ...文字列: MQRLFLLVAV MLLSGCLTAP PKEAARPTLM PRAQSYKDLT HLPAPTGKIF VSVYNIQDET GQFKPYPASN FSTAVPQSAT AMLVTALKD SRWFIPLERQ GLQNLLNERK IIRAAQENGT VAINNRIPLQ SLTAANIMVE GSIIGYESNV KSGGVGARYF G IGADTQYQ LDQIAVNLRV VNVSTGEILS SVNTSKTILS YEVQAGVFRF IDYQRLLEGE VGYTSNEPVM LCLMSAIETG VI FLINDGI DRGLWDLQNK AERQNDILVK YRHMSVPPES UniProtKB: Curli production assembly/transport component CsgG |
-分子 #2: CsgF
分子 | 名称: CsgF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 15.065705 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MRVKHAVVLL MLISPLSWAG TMTFQFRNPN FGGNPNNGAF LLNSAQAQNS YKDPSYNDDF GIETPSALDN FTQAIQSQIL GGLLSNINT GKPGRMVTND YIVDIANRDG QLQLNVTDRK TGQTSTIQVS GLQNNSTDF UniProtKB: Curli production assembly/transport component CsgF |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM300FEG/HE |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: cylindrical model generated by SPIDER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 372680 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |