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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0838 | |||||||||
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タイトル | Neutralization mechanism of a monoclonal antibody targeting a porcine circovirus type 2 Cap protein conformational epitope | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Circovirus capsid protein / Circovirus capsid superfamily / Circovirus capsid protein / viral capsid assembly / T=1 icosahedral viral capsid / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / Capsid protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) / mus muscu (ウイルス) / PCV2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Sun Z / Huang L / Xia D / Wei Y / Sun E / Zhu H / Bian H / Wu H / Feng L / Wang J / Liu C | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2020 タイトル: Neutralization Mechanism of a Monoclonal Antibody Targeting a Porcine Circovirus Type 2 Cap Protein Conformational Epitope. 著者: Liping Huang / Zhenzhao Sun / Deli Xia / Yanwu Wei / Encheng Sun / Chunguo Liu / Hongzhen Zhu / Haiqiao Bian / Hongli Wu / Li Feng / Jingfei Wang / Changming Liu / 要旨: Porcine circovirus type 2 (PCV2) is an important pathogen in swine herds, and its infection of pigs has caused severe economic losses to the pig industry worldwide. The capsid protein of PCV2 is the ...Porcine circovirus type 2 (PCV2) is an important pathogen in swine herds, and its infection of pigs has caused severe economic losses to the pig industry worldwide. The capsid protein of PCV2 is the only structural protein that is associated with PCV2 infection and immunity. Here, we report a neutralizing monoclonal antibody (MAb), MAb 3A5, that binds to intact PCV2 virions of the PCV2a, PCV2b, and PCV2d genotypes. MAb 3A5 neutralized PCV2 by blocking viral attachment to PK15 cells. To further explore the neutralization mechanism, we resolved the structure of the PCV2 virion in complex with MAb 3A5 Fab fragments by using cryo-electron microscopy single-particle analysis. The binding sites were located at the topmost edges around 5-fold icosahedral symmetry axes, with each footprint covering amino acids from two adjacent capsid proteins. Most of the epitope residues (15/18 residues) were conserved among 2,273 PCV2 strains. Mutations of some amino acids within the epitope had significant effects on the neutralizing activity of MAb 3A5. This study reveals the molecular and structural bases of this PCV2-neutralizing antibody and provides new and important information for vaccine design and therapeutic antibody development against PCV2 infections. PCV2 is associated with several clinical manifestations collectively known as PCV2-associated diseases (PCVADs). Neutralizing antibodies play a crucial role in the prevention of PCVADs. We demonstrated previously that a MAb, MAb 3A5, neutralizes the PCV2a, PCV2b, and PCV2d genotypes with different degrees of efficiency, but the underlying mechanism remains elusive. Here, we report the neutralization mechanism of this MAb and the structure of the PCV2 virion in complex with MAb 3A5 Fabs, showing a binding mode in which one Fab interacted with more than two loops from two adjacent capsid proteins. This binding mode has not been observed previously for PCV2-neutralizing antibodies. Our work provides new and important information for vaccine design and therapeutic antibody development against PCV2 infections. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0838.map.gz | 316.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0838-v30.xml emd-0838.xml | 13.4 KB 13.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0838.png | 241.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0838 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0838 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0838_validation.pdf.gz | 523.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0838_full_validation.pdf.gz | 522.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0838_validation.xml.gz | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0838_validation.cif.gz | 8.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0838 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0838 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0838.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.14 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : PCV2 virion in complex with Fab fragments of the mAb 3A5
全体 | 名称: PCV2 virion in complex with Fab fragments of the mAb 3A5 |
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要素 |
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-超分子 #1: PCV2 virion in complex with Fab fragments of the mAb 3A5
超分子 | 名称: PCV2 virion in complex with Fab fragments of the mAb 3A5 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-超分子 #2: Light chain of Fab fragment of the mAb 3A5
超分子 | 名称: Light chain of Fab fragment of the mAb 3A5 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-超分子 #3: Heavy chain of Fab fragment Fab of the mAb 3A5
超分子 | 名称: Heavy chain of Fab fragment Fab of the mAb 3A5 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: mus muscu (ウイルス) |
-超分子 #4: PCV2 virion
超分子 | 名称: PCV2 virion / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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-分子 #1: Light chain of Fab fragment
分子 | 名称: Light chain of Fab fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 23.564074 KDa |
配列 | 文字列: NIVMTQSPKS MSMSVGERVT LSCKASENVG TFVFWYQQKP EQSPQLLIYG ASNRYTGVPD RFTGSGSATD FTLTINNVQA EDFVDYYCG QSYRYPLTFA AGTKLGLKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS ...文字列: NIVMTQSPKS MSMSVGERVT LSCKASENVG TFVFWYQQKP EQSPQLLIYG ASNRYTGVPD RFTGSGSATD FTLTINNVQA EDFVDYYCG QSYRYPLTFA AGTKLGLKRA DAAPTVSIFP PSSEQLTSGG ASVVCFLNNF YPKDINVKWK IDGSERQNGV L NSWTDQDS KDSTYSMSST LTLTKDEYER HNSYTCEATH KTSTSPIVKS FNRN |
-分子 #2: Heavy chain of Fab fragment
分子 | 名称: Heavy chain of Fab fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 23.728473 KDa |
配列 | 文字列: QVQLQQSGAE LVRPGVSVKI SCKGSGYTFT DYAIHWVKQS HAKSLEWIGL ISTYYGDATY NQNFKGEATM TVDKSSSTAY MELARLTSE DSAIYYCARG PFSRYDYFAM DNWGQGTSVT VSSAKTTPPS VYPLAPGSAA QTNSMVTLGC LVKGYFPEPV T VTWNSGSL ...文字列: QVQLQQSGAE LVRPGVSVKI SCKGSGYTFT DYAIHWVKQS HAKSLEWIGL ISTYYGDATY NQNFKGEATM TVDKSSSTAY MELARLTSE DSAIYYCARG PFSRYDYFAM DNWGQGTSVT VSSAKTTPPS VYPLAPGSAA QTNSMVTLGC LVKGYFPEPV T VTWNSGSL SSGVHTFPAV LQSDLYTLSS SVTVPSSTWP SETVTCNVAH PASSTKVDKK IV |
-分子 #3: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: PCV2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 27.55952 KDa |
配列 | 文字列: MTYPRRRFRR RRHRPRSHLG LILRRRPWLV HPRHRYRWRR KNGIFNTRLS CTFGYTVKAT TVRTPSWAVD MMRFNINDFV PPGGGTNKI SIPFEYYRIR KVKVEFWPCS PITQGDRGVG STAVILDDNF VTKATALTYD PYVNYSSRHT IPQPFSYHSR Y FTPKPVLD ...文字列: MTYPRRRFRR RRHRPRSHLG LILRRRPWLV HPRHRYRWRR KNGIFNTRLS CTFGYTVKAT TVRTPSWAVD MMRFNINDFV PPGGGTNKI SIPFEYYRIR KVKVEFWPCS PITQGDRGVG STAVILDDNF VTKATALTYD PYVNYSSRHT IPQPFSYHSR Y FTPKPVLD STIDYFQPNN KRNQLWLRLQ TSANVDHVGL GIAFENSTYD QDYNIRVTMY VQFREFNLKD PPL |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | #0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) #0 - 平均電子線量: 35.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) #1 - 平均電子線量: 35.0 e/Å2 / #2 - Image recording ID: 3 #2 - フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) #2 - 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
Image recording ID | 1 |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 3500 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |