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万見
- EMDB-0775: Cryo-EM structure of the human concentrative nucleoside transport... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0775
タイトルCryo-EM structure of the human concentrative nucleoside transporter CNT3
マップデータ
試料
  • 複合体: Trimer of a membrane protein
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 28 member 3
キーワードnucleoside / trimer / sodium symporter / SLC / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside:sodium symporter activity / pyrimidine-containing compound transmembrane transport / purine nucleobase transmembrane transport / uridine transmembrane transport / Transport of nucleosides and free purine and pyrimidine bases across the plasma membrane / purine nucleobase transmembrane transporter activity / nucleoside transmembrane transport / purine-specific nucleoside:sodium symporter activity / pyrimidine nucleoside transport / pyrimidine- and adenosine-specific:sodium symporter activity ...nucleoside:sodium symporter activity / pyrimidine-containing compound transmembrane transport / purine nucleobase transmembrane transport / uridine transmembrane transport / Transport of nucleosides and free purine and pyrimidine bases across the plasma membrane / purine nucleobase transmembrane transporter activity / nucleoside transmembrane transport / purine-specific nucleoside:sodium symporter activity / pyrimidine nucleoside transport / pyrimidine- and adenosine-specific:sodium symporter activity / uridine transmembrane transporter activity / purine nucleoside transmembrane transport / Ribavirin ADME / xenobiotic transmembrane transport / Azathioprine ADME / xenobiotic metabolic process / brush border membrane / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Concentrative nucleoside transporter N-terminal domain / Concentrative nucleoside transporter / Concentrative nucleoside transporter C-terminal domain / Concentrative nucleoside transporter, metazoan/bacterial / Na+ dependent nucleoside transporter N-terminus / Na+ dependent nucleoside transporter C-terminus / Nucleoside transporter/FeoB GTPase, Gate domain / Nucleoside recognition
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 28 member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Zhou YX / Liao LH
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0502700 中国
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of the human concentrative nucleoside transporter CNT3.
著者: Yanxia Zhou / Lianghuan Liao / Chen Wang / Jialu Li / Pengliang Chi / Qingjie Xiao / Qingting Liu / Li Guo / Linfeng Sun / Dong Deng /
要旨: Concentrative nucleoside transporters (CNTs), members of the solute carrier (SLC) 28 transporter family, facilitate the salvage of nucleosides and therapeutic nucleoside derivatives across the plasma ...Concentrative nucleoside transporters (CNTs), members of the solute carrier (SLC) 28 transporter family, facilitate the salvage of nucleosides and therapeutic nucleoside derivatives across the plasma membrane. Despite decades of investigation, the structures of human CNTs remain unknown. We determined the cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structure of human CNT (hCNT) 3 at an overall resolution of 3.6 Å. As with its bacterial homologs, hCNT3 presents a trimeric architecture with additional N-terminal transmembrane helices to stabilize the conserved central domains. The conserved binding sites for the substrate and sodium ions unravel the selective nucleoside transport and distinct coupling mechanism. Structural comparison of hCNT3 with bacterial homologs indicates that hCNT3 is stabilized in an inward-facing conformation. This study provides the molecular determinants for the transport mechanism of hCNTs and potentially facilitates the design of nucleoside drugs.
履歴
登録2019年8月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月26日-
マップ公開2020年8月26日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ksw
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0775.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0775.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 240 pix.
= 249.6 Å		1.04 Å/pix.
x 240 pix.
= 249.6 Å		1.04 Å/pix.
x 240 pix.
= 249.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.13439864 - 0.24454413
平均 (標準偏差)0.00051492744 (±0.008860232)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 249.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z249.600249.600249.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.1340.2450.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Trimer of a membrane protein

全体名称: Trimer of a membrane protein
要素
  • 複合体: Trimer of a membrane protein
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 28 member 3

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超分子 #1: Trimer of a membrane protein

超分子名称: Trimer of a membrane protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Solute carrier family 28 member 3

分子名称: Solute carrier family 28 member 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 70.370109 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEDDDEEMQQ KGCLERRYDT VCGFCRKHKT TLRHIIWGIL LAGYLVMVIS ACVLNFHRAL PLFVITVAAI FFVVWDHLMA KYEHRIDEM LSPGRRLLNS HWFWLKWVIW SSLVLAVIFW LAFDTAKLGQ QQLVSFGGLI MYIVLLFLFS KYPTRVYWRP V LWGIGLQF ...文字列:
MEDDDEEMQQ KGCLERRYDT VCGFCRKHKT TLRHIIWGIL LAGYLVMVIS ACVLNFHRAL PLFVITVAAI FFVVWDHLMA KYEHRIDEM LSPGRRLLNS HWFWLKWVIW SSLVLAVIFW LAFDTAKLGQ QQLVSFGGLI MYIVLLFLFS KYPTRVYWRP V LWGIGLQF LLGLLILRTD PGFIAFDWLG RQVQTFLEYT DAGASFVFGE KYKDHFFAFK VLPIVVFFST VMSMLYYLGL MQ WIIRKVG WIMLVTTGSS PIESVVASGN IFVGQTESPL LVRPYLPYIT KSELHAIMTA GFSTIAGSVL GAYISFGVPS SHL LTASVM SAPASLAAAK LFWPETEKPK ITLKNAMKME SGDSGNLLEA ATQGASSSIS LVANIAVNLI AFLALLSFMN SALS WFGNM FDYPQLSFEL ICSYIFMPFS FMMGVEWQDS FMVARLIGYK TFFNEFVAYE HLSKWIHLRK EGGPKFVNGV QQYIS IRSE IIATYALCGF ANIGSLGIVI GGLTSMAPSR KRDIASGAVR ALIAGTVACF MTACIAGILS STPVDINCHH VLENAF NST FPGNTTKVIA CCQSLLSSTV AKGPGEVIPG GNHSLYSLKG CCTLLNPSTF NCNGISNTFL EWSHPQFEK

UniProtKB: Solute carrier family 28 member 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 99489
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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