[日本語] English
万見
- EMDB-0616: Cryo-electron tomography of marine bacterium Candidatus Thioglobu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0616
タイトルCryo-electron tomography of marine bacterium Candidatus Thioglobus singularis strain PS1
マップデータmarine bacterium Candidatus Thioglobus singularis strain PS1
試料
  • 細胞: Marine bacteria Candidatus Thioglobus singularis strain PS1
    • 複合体: PilQ
生物種Candidatus Thioglobus singularis PS1 (バクテリア)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Nicastro D / Zhao X
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)OCE-1232840 米国
引用ジャーナル: Environ Microbiol / 年: 2019
タイトル: Heterotrophic carbon metabolism and energy acquisition in Candidatus Thioglobus singularis strain PS1, a member of the SUP05 clade of marine Gammaproteobacteria.
著者: Rachel L Spietz / Rachel A Lundeen / Xiaowei Zhao / Daniela Nicastro / Anitra E Ingalls / Robert M Morris /
要旨: A hallmark of the SUP05 clade of marine Gammaproteobacteria is the ability to use energy obtained from reduced inorganic sulfur to fuel autotrophic fixation of carbon using RuBisCo. However, some ...A hallmark of the SUP05 clade of marine Gammaproteobacteria is the ability to use energy obtained from reduced inorganic sulfur to fuel autotrophic fixation of carbon using RuBisCo. However, some SUP05 also have the genetic potential for heterotrophic growth, raising questions about the roles of SUP05 in the marine carbon cycle. We used genomic reconstructions, physiological growth experiments and proteomics to characterize central carbon and energy metabolism in Candidatus Thioglobus singularis strain PS1, a representative from the SUP05 clade that has the genetic potential for autotrophy and heterotrophy. Here, we show that the addition of individual organic compounds and 0.2 μm filtered diatom lysate significantly enhanced the growth of this bacterium. This positive growth response to organic substrates, combined with expression of a complete TCA cycle, heterotrophic pathways for carbon assimilation, and methylotrophic pathways for energy conversion demonstrate strain PS1's capacity for heterotrophic growth. Further, our inability to verify the expression of RuBisCO suggests that carbon fixation was not critical for growth. These results highlight the metabolic diversity of the SUP05 clade that harbours both primary producers and consumers of organic carbon in the oceans and expand our understanding of specific pathways of organic matter oxidation by the heterotrophic SUP05.
履歴
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月20日-
登録2019年2月24日-
マップ公開2019年4月17日-
更新2020年8月12日-
現状2020年8月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
添付画像

emd_0616.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0616.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈marine bacterium Candidatus Thioglobus singularis strain PS1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.5 Å
密度
最小 - 最大-128 - 127
平均 (標準偏差)33.395523 (±58.3291)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-666-467172
サイズ27012101381
Spacing21012701381
セルA: 11555.5 Å / B: 14855.5 Å / C: 2095.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z5.55.55.5
M x/y/z21012701381
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z11555.50014855.5002095.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-467-666172
NC/NR/NS21012701381
D min/max/mean-128.000127.00033.396

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Marine bacteria Candidatus Thioglobus singularis strain PS1

全体名称: Marine bacteria Candidatus Thioglobus singularis strain PS1
要素
  • 細胞: Marine bacteria Candidatus Thioglobus singularis strain PS1
    • 複合体: PilQ

-
超分子 #1: Marine bacteria Candidatus Thioglobus singularis strain PS1

超分子名称: Marine bacteria Candidatus Thioglobus singularis strain PS1
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Candidatus Thioglobus singularis PS1 (バクテリア)
株: PS1

-
超分子 #2: PilQ

超分子名称: PilQ / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 詳細: outer membrane pore complex
由来(天然)生物種: Candidatus Thioglobus singularis PS1 (バクテリア)
株: PS1

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

-
試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: artificial sea water
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 5.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
詳細: The grid was washed with ethyl acetate prior to glow discharge.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 75 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3
詳細Cells were harvested by centrifugation at 39,000xg at 4 degrees Celsius for 1 hour.
Cryo protectantNo
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Aldrich / 直径: 10 nm

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 5.6 sec. / 平均電子線量: 1.52 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.3 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 26000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 61

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る