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万見
- EMDB-0466: HIV-1 Env State 2A -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0466
タイトルHIV-1 Env State 2A
マップデータEnvelope
試料
  • 複合体: HIV-1 Env in complex with BNM-III-170, A32 and 17b antibodies
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.08 Å
データ登録者Alsahafi N / Bakouche N / Kazemi M / Richard J / Ding S / Bhattacharyya S / Das D / Anand SP / Prevost J / Tolbert WD ...Alsahafi N / Bakouche N / Kazemi M / Richard J / Ding S / Bhattacharyya S / Das D / Anand SP / Prevost J / Tolbert WD / Lu H / Medjahed H / Delgado GGO / Kirk S / Melillo B / Mothes W / Sodroski J / Smith III AB / Kaufmann DE / Wu X / Pazgier M / Rouiller I / Finzi A / Munro JB
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2019
タイトル: An Asymmetric Opening of HIV-1 Envelope Mediates Antibody-Dependent Cellular Cytotoxicity.
著者: Nirmin Alsahafi / Nordine Bakouche / Mohsen Kazemi / Jonathan Richard / Shilei Ding / Sudipta Bhattacharyya / Durba Das / Sai Priya Anand / Jérémie Prévost / William D Tolbert / Hong Lu / ...著者: Nirmin Alsahafi / Nordine Bakouche / Mohsen Kazemi / Jonathan Richard / Shilei Ding / Sudipta Bhattacharyya / Durba Das / Sai Priya Anand / Jérémie Prévost / William D Tolbert / Hong Lu / Halima Medjahed / Gabrielle Gendron-Lepage / Gloria Gabrielle Ortega Delgado / Sharon Kirk / Bruno Melillo / Walther Mothes / Joseph Sodroski / Amos B Smith / Daniel E Kaufmann / Xueling Wu / Marzena Pazgier / Isabelle Rouiller / Andrés Finzi / James B Munro /
要旨: The HIV-1 envelope glycoprotein (Env) (gp120-gp41) is the target for neutralizing antibodies and antibody-dependent cellular cytotoxicity (ADCC). HIV-1 Env is flexible, sampling different ...The HIV-1 envelope glycoprotein (Env) (gp120-gp41) is the target for neutralizing antibodies and antibody-dependent cellular cytotoxicity (ADCC). HIV-1 Env is flexible, sampling different conformational states. Before engaging CD4, Env adopts a closed conformation (State 1) that is largely antibody resistant. CD4 binding induces an intermediate state (State 2), followed by an open conformation (State 3) that is susceptible to engagement by antibodies that recognize otherwise occluded epitopes. We investigate conformational changes in Env that induce ADCC in the presence of a small-molecule CD4-mimetic compound (CD4mc). We uncover an asymmetric Env conformation (State 2A) recognized by antibodies targeting the conserved gp120 inner domain and mediating ADCC. Sera from HIV+ individuals contain these antibodies, which can stabilize Env State 2A in combination with CD4mc. Additionally, triggering State 2A on HIV-infected primary CD4 T cells exposes epitopes that induce ADCC. Strategies that induce this Env conformation may represent approaches to fight HIV-1 infection.
履歴
登録2019年1月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月30日-
マップ公開2019年5月1日-
更新2019年5月1日-
現状2019年5月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0246
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0246
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0466.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0466.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Envelope
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.7 Å/pix.
x 200 pix.
= 340. Å		1.7 Å/pix.
x 200 pix.
= 340. Å		1.7 Å/pix.
x 200 pix.
= 340. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0246 / ムービー #1: 0.0246
最小 - 最大-0.6560266 - 0.623866
平均 (標準偏差)-0.00458397 (±0.022168187)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 340.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.71.71.7
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z340.000340.000340.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.6560.624-0.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 Env in complex with BNM-III-170, A32 and 17b antibodies

全体名称: HIV-1 Env in complex with BNM-III-170, A32 and 17b antibodies
要素
  • 複合体: HIV-1 Env in complex with BNM-III-170, A32 and 17b antibodies

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超分子 #1: HIV-1 Env in complex with BNM-III-170, A32 and 17b antibodies

超分子名称: HIV-1 Env in complex with BNM-III-170, A32 and 17b antibodies
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: HIV-1 Env present on the surface of Aldrithiol-2 (AT-2)-inactivated HIV-1 particles incubated with BNM-III-170, A32 and 17b antibodies.
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: HIV-1 BAL/SuPT1-CCR5 CL.30
組換発現生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換株: HIV-1 BAL/SuPT1-CCR5 CL.30

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.335 mg/mL
緩衝液pH: 7.2 / 構成要素:
濃度名称
0.01 MTris-HCl
0.1 MNaCl
1.0 mMEDTA
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2000.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Lot#P4311

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 実像数: 1033 / 平均電子線量: 1.4 e/Å2
詳細: 1033 was the number of initial images (movies) that 1032 were selected for particle picking
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.2076 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.1559 µm / 倍率（補正後）: 79000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Collected movies aligned using motioncorr protocol
粒子像選択選択した数: 14076 / 詳細: The initial number of extracted particles (200*200)
CTF補正ソフトウェア: (名称: CTFFIND (ver. 4), RELION (ver. 2))
詳細: Using CTFFind4 to estimate the CTF and corrected for CTF in refinement with Relion-auto-refine
初期モデルモデルのタイプ: NONE
詳細: The initial model obtained firstly by Relion-initial-map protocol and 3000 particles. Then using 4000 particles a more accurate map achieved by "highres protocol" (Scipion).
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
詳細: The resolution obtained using gold-standard method by Relion-auto-refine
使用した粒子像数: 10597
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
詳細: Initial angular assignment achieved by Relion 2D classification and alignment protocol.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 詳細: After processing the data by Relion-auto-refine

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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