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万見
- EMDB-0444: Cryo-tomogram subregion, Plastin k.o. mouse utricle stereocilia -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0444
タイトルCryo-tomogram subregion, Plastin k.o. mouse utricle stereocilia
マップデータNAD filtered, tomogram subregion, Plastin K.O., primary map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: mouse utricle hair cell stereocilia
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Barr-Gillespie PG / Auer M
資金援助 米国, 7件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesGM051487 米国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication DisordersDC005983 米国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication DisordersDC011034 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesGM121203 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesGM115972 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorOD012372 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesGM098412-S1 米国
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2020
タイトル: A cryo-tomography-based volumetric model of the actin core of mouse vestibular hair cell stereocilia lacking plastin 1.
著者: Junha Song / Roma Patterson / Zoltan Metlagel / Jocelyn F Krey / Samantha Hao / Linshanshan Wang / Brian Ng / Salim Sazzed / Julio Kovacs / Willy Wriggers / Jing He / Peter G Barr-Gillespie / Manfred Auer /
要旨: Electron cryo-tomography allows for high-resolution imaging of stereocilia in their native state. Because their actin filaments have a higher degree of order, we imaged stereocilia from mice lacking ...Electron cryo-tomography allows for high-resolution imaging of stereocilia in their native state. Because their actin filaments have a higher degree of order, we imaged stereocilia from mice lacking the actin crosslinker plastin 1 (PLS1). We found that while stereocilia actin filaments run 13 nm apart in parallel for long distances, there were gaps of significant size that were stochastically distributed throughout the actin core. Actin crosslinkers were distributed through the stereocilium, but did not occupy all possible binding sites. At stereocilia tips, protein density extended beyond actin filaments, especially on the side of the tip where a tip link is expected to anchor. Along the shaft, repeating density was observed that corresponds to actin-to-membrane connectors. In the taper region, most actin filaments terminated near the plasma membrane. The remaining filaments twisted together to make a tighter bundle than was present in the shaft region; the spacing between them decreased from 13 nm to 9 nm, and the apparent filament diameter decreased from 6.4 to 4.8 nm. Our models illustrate detailed features of distinct structural domains that are present within the stereocilium.
履歴
登録2018年12月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月16日-
マップ公開2019年12月18日-
更新2019年12月18日-
現状2019年12月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_0444.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0444.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 382.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈NAD filtered, tomogram subregion, Plastin K.O., primary map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 9.47 Å
密度
最小 - 最大1161 - 32767
平均 (標準偏差)19960.232 (±2939.1174)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-596-173-241
サイズ1194348483
Spacing3481194483
セルA: 3295.56 Å / B: 11307.181 Å / C: 4574.0103 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z9.479.47000083752099.47
M x/y/z3481194483
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z3295.56011307.1814574.010
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-173-596-241
NC/NR/NS3481194483
D min/max/mean1161.00032767.00019960.232

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : mouse utricle hair cell stereocilia

全体名称: mouse utricle hair cell stereocilia
要素
  • 細胞器官・細胞要素: mouse utricle hair cell stereocilia

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超分子 #1: mouse utricle hair cell stereocilia

超分子名称: mouse utricle hair cell stereocilia / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: utricle / 組織: macula / Organelle: stereocilium / 細胞中の位置: apical surface

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 構成要素 - 濃度: 0.154 mol/l / 構成要素 - 式: saline / 構成要素 - 名称: saline
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE
Cryo protectantnone
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: SIGMA / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 80

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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