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- EMDB-0321: cryotomogram of septins bound to vesicles -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0321
タイトルcryotomogram of septins bound to vesicles
マップデータ
試料
  • 複合体: septins bound to vesicles
    • Other: septin
生物種Saccharomycetales (菌類)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Bertin A / Taveneau C
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
French National Research AgencyANR-13-JSV8-0002-01 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Membrane reshaping by micrometric curvature sensitive septin filaments.
著者: Alexandre Beber / Cyntia Taveneau / Manuela Nania / Feng-Ching Tsai / Aurelie Di Cicco / Patricia Bassereau / Daniel Lévy / João T Cabral / Hervé Isambert / Stéphanie Mangenot / Aurélie Bertin /
要旨: Septins are cytoskeletal filaments that assemble at the inner face of the plasma membrane. They are localized at constriction sites and impact membrane remodeling. We report in vitro tools to examine ...Septins are cytoskeletal filaments that assemble at the inner face of the plasma membrane. They are localized at constriction sites and impact membrane remodeling. We report in vitro tools to examine how yeast septins behave on curved and deformable membranes. Septins reshape the membranes of Giant Unilamellar Vesicles with the formation of periodic spikes, while flattening smaller vesicles. We show that membrane deformations are associated to preferential arrangement of septin filaments on specific curvatures. When binding to bilayers supported on custom-designed periodic wavy patterns displaying positive and negative micrometric radii of curvatures, septin filaments remain straight and perpendicular to the curvature of the convex parts, while bending negatively to follow concave geometries. Based on these results, we propose a theoretical model that describes the deformations and micrometric curvature sensitivity observed in vitro. The model captures the reorganizations of septin filaments throughout cytokinesis in vivo, providing mechanistic insights into cell division.
履歴
登録2018年10月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月20日-
マップ公開2019年11月20日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
添付画像

emd_0321.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0321.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.52 Å/pix.
x 2048 pix.
= 17448.961 Å		8.52 Å/pix.
x 338 pix.
= 2879.76 Å		8.52 Å/pix.
x 1024 pix.
= 8724.48 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.52 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-6327 - 5542
平均 (標準偏差)219.24393 (±426.00385)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin16900
サイズ33810242048
Spacing10243382048
セルA: 8724.48 Å / B: 2879.7603 Å / C: 17448.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z8.528.528.5200004882812
M x/y/z10243382048
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z8724.4802879.76017448.961
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS01690
NC/NR/NS10243382048
D min/max/mean-6327.0005542.000219.244

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : septins bound to vesicles

全体名称: septins bound to vesicles
要素
  • 複合体: septins bound to vesicles
    • Other: septin

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超分子 #1: septins bound to vesicles

超分子名称: septins bound to vesicles / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomycetales (菌類)
組換発現生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)

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分子 #1: septin

分子名称: septin / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Saccharomycetales (菌類)
配列文字列: ATGTCCGGAA TAATTGACGC ATCTTCTGCA TTAAGAAAAA GAAAGCATTT GAAAAGAGGT ATAACCTTCA CTGTGATGAT CGTGGGCCAG TCCGGATCTG GTAGATCGAC TTTTATAAAT ACTTTGTGCG GTCAGCAAGT TGTAGACACT TCGACGACAA TCTTGTTACC ...文字列:
ATGTCCGGAA TAATTGACGC ATCTTCTGCA TTAAGAAAAA GAAAGCATTT GAAAAGAGGT ATAACCTTCA CTGTGATGAT CGTGGGCCAG TCCGGATCTG GTAGATCGAC TTTTATAAAT ACTTTGTGCG GTCAGCAAGT TGTAGACACT TCGACGACAA TCTTGTTACC CACAGATACG TCCACAGAAA TAGACTTACA ATTGAGAGAG GAGACGGTCG AATTAGAAGA TGATGAAGGT GTCAAGATTC AACTTAATAT CATCGATACT CCGGGATTCG GTGATTCTCT CGACAATTCT CCATCTTTCG AAATCATTTC CGACTACATT CGCCACCAAT ATGATGAAAT CTTATTGGAA GAAAGTCGTG TGAGAAGAAA CCCAAGATTT AAGGACGGCA GAGTTCATTG TTGTCTTTAC TTAATCAACC CAACTGGCCA CGGTTTAAAA GAGATTGATG TGGAATTCAT CAGACAGTTG GGATCCTTAG TTAACATCAT CCCTGTGATC AGCAAATCAG ATTCCTTGAC AAGAGATGAA CTGAAACTGA ATAAAAAATT GATCATGGAG GATATCGACA GATGGAACTT GCCAATTTAT AATTTCCCTT TCGATGAAGA TGAAATATCA GACGAAGATT ACGAAACCAA TATGTACCTA CGTACACTTC TACCTTTTGC TATTATTGGA TCCAATGAAG TTTACGAAAT GGGCGGCGAT GTTGGGACAA TTCGTGGCAG AAAGTATCCA TGGGGCATAC TGGACGTGGA AGATTCATCG ATCTCTGATT TTGTTATCTT AAGGAATGCG TTATTGATCT CTCATTTACA TGACTTGAAA AACTACACAC ATGAGATATT ATATGAAAGA TATAGAACCG AGGCATTATC AGGTGAATCT GTCGCGGCAG AATCCATACG TCCAAATCTG ACAAAATTGA ATGGTTCGTC GTCATCGTCC ACCACAACAA GGAGAAACAC AAATCCCTTC AAGCAAAGTA ATAATATTAA TAACGATGTT CTCAACCCAG CATCCGATAT GCACGGGCAA AGCACTGGCG AAAATAACGA AACCTACATG ACACGTGAGG AGCAAATACG GTTAGAAGAA GAGCGACTAA AGGCATTTGA GGAGAGAGTT CAGCAAGAAC TGCTGTTGAA AAGACAAGAA CTGTTGCAAA GAGAAAAGGA ATTAAGAGAA ATTGAAGCCA GGTTGGAAAA AGAGGCGAAA ATCAAACAGG AAGAATGA
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / 詳細: EMGP (Leica).
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: nanoprobes / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 0.8 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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