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- EMDB-0019: Four protofilament beta-2-microglobulin amyloid fibril -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0019
タイトルFour protofilament beta-2-microglobulin amyloid fibril
マップデータFour protofilament beta-2-microglobulin amyloid fibril
試料
  • 複合体: four protofilament beta-2-microglobulin amyloid fibril
    • タンパク質・ペプチド: Human beta-2-microglobulin
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.42 Å
データ登録者Iadanza MG / Ranson NA
資金援助 英国, 米国, 5件
OrganizationGrant number国
European Research Council322408 英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesAG-058504 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesEB-002026 米国
Wellcome Trust204963 英国
Wellcome Trust092896MA 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: The structure of a β-microglobulin fibril suggests a molecular basis for its amyloid polymorphism.
著者: Matthew G Iadanza / Robert Silvers / Joshua Boardman / Hugh I Smith / Theodoros K Karamanos / Galia T Debelouchina / Yongchao Su / Robert G Griffin / Neil A Ranson / Sheena E Radford /
要旨: All amyloid fibrils contain a cross-β fold. How this structure differs in fibrils formed from proteins associated with different diseases remains unclear. Here, we combine cryo-EM and MAS-NMR to ...All amyloid fibrils contain a cross-β fold. How this structure differs in fibrils formed from proteins associated with different diseases remains unclear. Here, we combine cryo-EM and MAS-NMR to determine the structure of an amyloid fibril formed in vitro from β-microglobulin (βm), the culprit protein of dialysis-related amyloidosis. The fibril is composed of two identical protofilaments assembled from subunits that do not share βm's native tertiary fold, but are formed from similar β-strands. The fibrils share motifs with other amyloid fibrils, but also contain unique features including π-stacking interactions perpendicular to the fibril axis and an intramolecular disulfide that stabilises the subunit fold. We also describe a structural model for a second fibril morphology and show that it is built from the same subunit fold. The results provide insights into the mechanisms of fibril formation and the commonalities and differences within the amyloid fold in different protein sequences.
履歴
登録2018年5月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年6月20日-
マップ公開2019年6月19日-
更新2020年1月15日-
現状2020年1月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0019.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0019.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Four protofilament beta-2-microglobulin amyloid fibril
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 600 pix.
= 636. Å		1.06 Å/pix.
x 600 pix.
= 636. Å		1.06 Å/pix.
x 600 pix.
= 636. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0089
最小 - 最大-0.005038559 - 0.019340014
平均 (標準偏差)0.00028363764 (±0.0018114602)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 635.99994 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : four protofilament beta-2-microglobulin amyloid fibril

全体名称: four protofilament beta-2-microglobulin amyloid fibril
要素
  • 複合体: four protofilament beta-2-microglobulin amyloid fibril
    • タンパク質・ペプチド: Human beta-2-microglobulin

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超分子 #1: four protofilament beta-2-microglobulin amyloid fibril

超分子名称: four protofilament beta-2-microglobulin amyloid fibril
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 11.7 KDa

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分子 #1: Human beta-2-microglobulin

分子名称: Human beta-2-microglobulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
IQRTPKIQVY SRHPAENGKS NFLNCYVSGF HPSDIEVDLL KNGERIEKVE HSDLSFSKDW SFYLLYYTE FTPTEKDEYA CRVNHVTLSQ PKIVKWDRDM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.025 mg/mL
緩衝液pH: 2.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMCH3COONaSodium Acetate
20.0 mMNa3PO4Sodium phosphate
0.01 %NaN3Sodium Azide
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II
詳細Quiescent growth at 0.25 mg/ml for 5 weeks, diluted 10x with buffer

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5549 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 38.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.00325 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.00175 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 2.3 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -0.161 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: Resolution estimated using rmeasure software / 使用した粒子像数: 8891
CTF補正ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 2.1), Gctf)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Double protofilament map from same study Filtered to 60 Angstrom resolution
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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