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万見
- EMDB-0013: Helical reconstruction of BCL10 CARD and MALT1 DEATH DOMAIN complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0013
タイトルHelical reconstruction of BCL10 CARD and MALT1 DEATH DOMAIN complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of BCL10 CARD and MALT1 DEATH DOMAIN
    • タンパク質・ペプチド: B-cell lymphoma/leukemia 10
    • タンパク質・ペプチド: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
キーワードBCL10 / MALT1 / CBM complex / helical reconstruction / cancer / autoimmune disease / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lymphotoxin A production / polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / protein kinase B binding / antifungal innate immune response / response to fungus / positive regulation of mast cell cytokine production ...positive regulation of lymphotoxin A production / polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / protein kinase B binding / antifungal innate immune response / response to fungus / positive regulation of mast cell cytokine production / CARD domain binding / T cell apoptotic process / negative regulation of mature B cell apoptotic process / B cell apoptotic process / CLEC7A/inflammasome pathway / programmed cell death / nuclear export / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-canonical NF-kappaB signal transduction / response to food / toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / small molecule binding / B cell activation / immunoglobulin mediated immune response / immunological synapse / general transcription initiation factor binding / endopeptidase activator activity / NF-kappaB binding / cellular defense response / positive regulation of phosphorylation / T cell proliferation / cytoplasmic microtubule / signaling adaptor activity / positive regulation of interleukin-2 production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of interleukin-8 production / neural tube closure / apoptotic signaling pathway / Activation of NF-kappaB in B cells / defense response / positive regulation of T cell cytokine production / protein homooligomerization / positive regulation of interleukin-6 production / CLEC7A (Dectin-1) signaling / positive regulation of T cell activation / FCERI mediated NF-kB activation / fibrillar center / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / ubiquitin-protein transferase activity / Downstream TCR signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / peptidase activity / T cell receptor signaling pathway / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / protein-macromolecule adaptor activity / regulation of apoptotic process / endopeptidase activity / adaptive immune response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / transcription coactivator activity / lysosome / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / innate immune response / cysteine-type endopeptidase activity / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / proteolysis / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
B-cell lymphoma/leukemia 10/E10 / BCL10, CARD domain / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / : / MALT1 Ig-like domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain ...B-cell lymphoma/leukemia 10/E10 / BCL10, CARD domain / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / : / MALT1 Ig-like domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Immunoglobulin domain / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Immunoglobulin domain / Death-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
B-cell lymphoma/leukemia 10 / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Schlauderer F / Desfosses A
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Molecular architecture and regulation of BCL10-MALT1 filaments.
著者: Florian Schlauderer / Thomas Seeholzer / Ambroise Desfosses / Torben Gehring / Mike Strauss / Karl-Peter Hopfner / Irina Gutsche / Daniel Krappmann / Katja Lammens /
要旨: The CARD11-BCL10-MALT1 (CBM) complex triggers the adaptive immune response in lymphocytes and lymphoma cells. CARD11/CARMA1 acts as a molecular seed inducing BCL10 filaments, but the integration of ...The CARD11-BCL10-MALT1 (CBM) complex triggers the adaptive immune response in lymphocytes and lymphoma cells. CARD11/CARMA1 acts as a molecular seed inducing BCL10 filaments, but the integration of MALT1 and the assembly of a functional CBM complex has remained elusive. Using cryo-EM we solved the helical structure of the BCL10-MALT1 filament. The structural model of the filament core solved at 4.9 Å resolution identified the interface between the N-terminal MALT1 DD and the BCL10 caspase recruitment domain. The C-terminal MALT1 Ig and paracaspase domains protrude from this core to orchestrate binding of mediators and substrates at the filament periphery. Mutagenesis studies support the importance of the identified BCL10-MALT1 interface for CBM complex assembly, MALT1 protease activation and NF-κB signaling in Jurkat and primary CD4 T-cells. Collectively, we present a model for the assembly and architecture of the CBM signaling complex and how it functions as a signaling hub in T-lymphocytes.
履歴
登録2018年5月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月31日-
マップ公開2018年10月31日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0013.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0013.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 250 pix.
= 250.5 Å		1 Å/pix.
x 310 pix.
= 310.62 Å		1 Å/pix.
x 310 pix.
= 310.62 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.002 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 0
最小 - 最大-3.856203 - 7.497551
平均 (標準偏差)0.019812632 (±0.63959557)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-155-155-125
サイズ310310250
Spacing310310250
セルA: 310.62 Å / B: 310.62 Å / C: 250.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Unmasked, unfiltered, helically symmetrized half map 2

ファイルemd_0013_half_map_1.map
注釈Unmasked, unfiltered, helically symmetrized half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unmasked, unfiltered, helically symmetrized half map 1

ファイルemd_0013_half_map_2.map
注釈Unmasked, unfiltered, helically symmetrized half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of BCL10 CARD and MALT1 DEATH DOMAIN

全体名称: Complex of BCL10 CARD and MALT1 DEATH DOMAIN
要素
  • 複合体: Complex of BCL10 CARD and MALT1 DEATH DOMAIN
    • タンパク質・ペプチド: B-cell lymphoma/leukemia 10
    • タンパク質・ペプチド: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1

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超分子 #1: Complex of BCL10 CARD and MALT1 DEATH DOMAIN

超分子名称: Complex of BCL10 CARD and MALT1 DEATH DOMAIN / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 104 kDa/nm

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分子 #1: B-cell lymphoma/leukemia 10

分子名称: B-cell lymphoma/leukemia 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.614566 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
EEDLTEVKKD ALENLRVYLC EKIIAERHFD HLRAKKILSR EDTEEISCRT SSRKRAGKLL DYLQENPKGL DTLVESIRRE KTQNFLIQK ITDEVLKLRN IKLEHLK

UniProtKB: B-cell lymphoma/leukemia 10

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分子 #2: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1

分子名称: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.401128 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
LNRLREPLLR RLSELLDQAP EGRGWRRLAE LAGSRGRLRL SCLDLEQCSL KVLEPEGSPS LCLLKLMGEK GCTVTELSDF LQAMEHTEV LQL

UniProtKB: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 99.6 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 5.082 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -100.8 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPRING (ver. 0.86) / 使用した粒子像数: 9600
Segment selection選択した数: 25776 / ソフトウェア - 名称: SPRING (ver. 0.86)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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