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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0009 | |||||||||
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タイトル | The baseplate complex from the type VI secretion system | |||||||||
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![]() | Secretion / baseplate / complex / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Type VI secretion system protein TssE1-like / Type VI secretion system TssF / Type VI secretion system, TssF / Type VI secretion, TssG-like / Type VI secretion, TssG / IraD/Gp25-like / Baseplate wedge protein gp25 類似検索 - ドメイン・相同性 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | |||||||||
![]() | Rapisarda C / Fronzes R | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Biogenesis and structure of a type VI secretion baseplate. 著者: Yassine Cherrak / Chiara Rapisarda / Riccardo Pellarin / Guillaume Bouvier / Benjamin Bardiaux / Fabrice Allain / Christian Malosse / Martial Rey / Julia Chamot-Rooke / Eric Cascales / Rémi ...著者: Yassine Cherrak / Chiara Rapisarda / Riccardo Pellarin / Guillaume Bouvier / Benjamin Bardiaux / Fabrice Allain / Christian Malosse / Martial Rey / Julia Chamot-Rooke / Eric Cascales / Rémi Fronzes / Eric Durand / ![]() 要旨: To support their growth in a competitive environment and cause pathogenesis, bacteria have evolved a broad repertoire of macromolecular machineries to deliver specific effectors and toxins. Among ...To support their growth in a competitive environment and cause pathogenesis, bacteria have evolved a broad repertoire of macromolecular machineries to deliver specific effectors and toxins. Among these multiprotein complexes, the type VI secretion system (T6SS) is a contractile nanomachine that targets both prokaryotic and eukaryotic cells. The T6SS comprises two functional subcomplexes: a bacteriophage-related tail structure anchored to the cell envelope by a membrane complex. As in other contractile injection systems, the tail is composed of an inner tube wrapped by a sheath and built on the baseplate. In the T6SS, the baseplate is not only the tail assembly platform, but also docks the tail to the membrane complex and hence serves as an evolutionary adaptor. Here we define the biogenesis pathway and report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the wedge protein complex of the T6SS from enteroaggregative Escherichia coli (EAEC). Using an integrative approach, we unveil the molecular architecture of the whole T6SS baseplate and its interaction with the tail sheath, offering detailed insights into its biogenesis and function. We discuss architectural and mechanistic similarities but also reveal key differences with the T4 phage and Mu phage baseplates. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 28.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.2 KB 12.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 55.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Type VI secretion system baseplate complex
全体 | 名称: Type VI secretion system baseplate complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Type VI secretion system baseplate complex
超分子 | 名称: Type VI secretion system baseplate complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Putative type VI secretion protein
分子 | 名称: Putative type VI secretion protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 66.557125 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDDLTLRYFD AEMRYLREAG KAFAQAHPDR AAMLDLDKAG TPDPCVERLF EGFAFSMGRL RQKIDDDLPE LTESLVSMLW PHYLRTIPS LSVVALTPRL SVMKMAETVP AGLEVTSRPV GPGNTVCRYR TTRAIPLNPL AVEKVVMTTE PDGRSVLKIG F ACSELADW ...文字列: MDDLTLRYFD AEMRYLREAG KAFAQAHPDR AAMLDLDKAG TPDPCVERLF EGFAFSMGRL RQKIDDDLPE LTESLVSMLW PHYLRTIPS LSVVALTPRL SVMKMAETVP AGLEVTSRPV GPGNTVCRYR TTRAIPLNPL AVEKVVMTTE PDGRSVLKIG F ACSELADW SQVDLHRLSL YLAAEAPVSS TLHLMMTKRL AALYLRLPGN DERIRIDGWF SPGGFAEEDR LWPKGDSAFS GY QLLLEYF TFREKFMFVH LNGLENVSLP AGISGFDLEV VLSQPWPADL PVTDDALCLH CVPVINLFTL EADPLIINGL ESE YLLRPK RLQDGYTEIY SVDAVTGSGR TGSAEYVPFT SFRHRGGMLR HDAPERYYHT RVKRGVTGMY DTWLILGGQR WEAD RMPER ETLSLRITGT NGQLPRRALQ STLLDRCEQV LQAPVSVRNL CKPTLPVYPP TEDRFHWRVM SHLGTGFLNM LSSAE VLRG TLALYNWRDD ELNHRRLDAI LAVQHHRIQR FEKGFLLRGL DVEVTLDGNG FAGEGDIHLF GEMLNRFLAL YADMNQ FNQ LTLIVQPEGK CIRWKENHNP RLPG UniProtKB: Type VI secretion protein |
-分子 #2: TssG
分子 | 名称: TssG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 41.216344 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MHPVERKSQS APARLITRYR KQLPYINFYR FCQLLEQSQP DQPPIGSGWQ ARQEAVRFCP YPGMGFPASE IKDAVIPEES HLPPIVHVT FMGLYGVTSP LPAHYISDIA QQREGHEAAA DFLDIFSHRL ITQYYRIWRK YSYPATFEAG GQDKTSQYLL G LARLGIPG ...文字列: MHPVERKSQS APARLITRYR KQLPYINFYR FCQLLEQSQP DQPPIGSGWQ ARQEAVRFCP YPGMGFPASE IKDAVIPEES HLPPIVHVT FMGLYGVTSP LPAHYISDIA QQREGHEAAA DFLDIFSHRL ITQYYRIWRK YSYPATFEAG GQDKTSQYLL G LARLGIPG CAQNIATPVS RFLALLPLML LPGRTAEGLT SLVTLLAPGT QARVWHHDRR RIPLKTPLTM RVHHPVSLKS RP VMGDHAT DVNGQVLLQL STQTGSEVQG WLPGGHLYSD LLALLHVYLG SRLDVRLQLC VERSLLPDAR LSCRPAAGSP QLG RTAVMR TQAKIATSAA RVMTISLGRY QRVQEHYQRK ETQENGDYRW UniProtKB: Type VI secretion system baseplate subunit TssG |
-分子 #3: TssE
分子 | 名称: TssE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 16.320783 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MPRPSLYEIL YGNFTGGLEL NQVGEEEQVI LSVLDNMQRI LNTRAGSLKH LPDYGLPDIT TILQGMPGTA HQLMRVLSDV LLKYEPRIK RVDVTMQEQT QPGELHYVID AELKDAGLVR YGTTFIPEGR VLLRHLKQQR YVQT UniProtKB: GPW_gp25 domain-containing protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 32504 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |