ChemComp-VT7: 5'-O-[(R)-{[(R)-[difluoro(phosphono)methyl](hydroxy)phosphoryl]ox...

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB化学物質要素 / ID: VT7
• 名称: 名称: 5'-O-[(R)-{[(R)-[difluoro(phosphono)methyl](hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]thymidine; 日化辞名称: 5′-O-[[(ホスホノジフルオロメチル)ホスホニルオキシ]ホスホニル]チミジン

Chemical information

組成

組成式: C₁₁H₁₇F₂N₂O₁₃P₃ / 原子数: 48 / 化学式量: 516.176 / 形式電荷: 0

その他

6cto

タイプ: NON-POLYMER / PDB分類: HETAIN / 3文字コード: VT7 / 理論座標の詳細: Corina / モデル座標のPDB-ID: 6CTO

履歴

作成	2018年3月26日
公開	2018年6月20日

• 外部リンク: UniChem / ChemSpider / 日化辞 / PubChem / Wikipedia search / Google search

詳細

SMILES

• ACDLabs 12.01: O=C1C(C)=CN(C(N1)=O)C2OC(C(C2)O)COP(=O)(O)OP(O)(C(F)(P(O)(O)=O)F)=O
• CACTVS 3.385: CC1=CN([CH]2C[CH](O)[CH](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)C(F)(F)[P](O)(O)=O)O2)C(=O)NC1=O
• OpenEye OEToolkits 2.0.6: CC1=CN(C(=O)NC1=O)C2CC(C(O2)COP(=O)(O)OP(=O)(C(F)(F)P(=O)(O)O)O)O

SMILES CANONICAL

• CACTVS 3.385: CC1=CN([C@H]2C[C@H](O)[C@@H](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)C(F)(F)[P](O)(O)=O)O2)C(=O)NC1=O
• OpenEye OEToolkits 2.0.6: CC1=CN(C(=O)NC1=O)[C@H]2C[C@@H]([C@H](O2)COP(=O)(O)OP(=O)(C(F)(F)P(=O)(O)O)O)O

InChI

• InChI 1.03: InChI=1S/C11H17F2N2O13P3/c1-5-3-15(10(18)14-9(5)17)8-2-6(16)7(27-8)4-26-31(24,25)28-30(22,23)11(12,13)29(19,20)21/h3,6-8,16H,2,4H2,1H3,(H,22,23)(H,24,25)(H,14,17,18)(H2,19,20,21)/t6-,7+,8+/m0/s1

InChIKey

• InChI 1.03: PZJVGXNXDJKXPK-XLPZGREQSA-N

SYSTEMATIC NAME

• ACDLabs 12.01: 5'-O-[(R)-{[(R)-[difluoro(phosphono)methyl](hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]thymidine
• OpenEye OEToolkits 2.0.6: [bis(fluoranyl)-[[[(2~{R},3~{S},5~{R})-5-[5-methyl-2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]methyl]phosphonic acid

PDBエントリ

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PDB-6cto:
Ternary complex crystal structure of DNA polymerase Beta with a dideoxy terminated primer with CF2, beta, gamma dTTP analogue