ChemComp-U3J: xanthosine diphosphate

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB化学物質要素 / ID: U3J
• 名称: 名称: xanthosine diphosphate

Chemical information

組成

組成式: C₁₀H₁₄N₄O₁₂P₂ / 原子数: 42 / 化学式量: 444.185 / 形式電荷: 0

その他

6wj3

タイプ: non-polymer / PDB分類: HETAIN / 3文字コード: U3J / 理論座標の詳細: Corina / モデル座標のPDB-ID: 6WJ3

履歴

作成	2020年4月13日
公開	2020年9月2日

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詳細

SMILES

• ACDLabs 12.01: N1C(=O)c2ncn(c2NC1=O)C3C(O)C(C(COP(O)(=O)OP(=O)(O)O)O3)O
• CACTVS 3.385: O[CH]1[CH](O)[CH](O[CH]1CO[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O)n2cnc3C(=O)NC(=O)Nc23
• OpenEye OEToolkits 2.0.7: c1nc2c(n1C3C(C(C(O3)COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)O)O)NC(=O)NC2=O

SMILES CANONICAL

• CACTVS 3.385: O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O[C@@H]1CO[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O)n2cnc3C(=O)NC(=O)Nc23
• OpenEye OEToolkits 2.0.7: c1nc2c(n1[C@H]3[C@H]([C@H]([C@H](O3)COP(=O)(O)OP(=O)(O)O)O)O)NC(=O)NC2=O

InChI

• InChI 1.03: InChI=1S/C10H14N4O12P2/c15-5-3(1-24-28(22,23)26-27(19,20)21)25-9(6(5)16)14-2-11-4-7(14)12-10(18)13-8(4)17/h2-3,5-6,9,15-16H,1H2,(H,22,23)(H2,19,20,21)(H2,12,13,17,18)/t3-,5+,6+,9-/m1/s1

InChIKey

• InChI 1.03: YMOPVQQBWLGDOD-GFRUICAKSA-N

SYSTEMATIC NAME

• ACDLabs 12.01: 9-{5-O-[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]-beta-D-lyxofuranosyl}-3,9-dihydro-1H-purine-2,6-dione
• OpenEye OEToolkits 2.0.7: [(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-5-[2,6-bis(oxidanylidene)-3~{H}-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate

PDBエントリ

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PDB-6wj3:
CryoEM structure of the SLC38A9-RagA-RagC-Ragulator complex in the post-GAP state