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万見
- SASDHB2: Soluble guanylate cyclase (nitric oxide, NO, bound) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDHB2
試料Soluble guanylate cyclase (nitric oxide, NO, bound)
  • Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit (protein), Manduca sexta
  • Soluble guanylyl cyclase beta-1 subunit (protein), Manduca sexta
機能・相同性
機能・相同性情報


guanylate cyclase complex, soluble / guanylate cyclase / guanylate cyclase activity / response to oxygen levels / : / heme binding / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Haem NO binding associated / Haem NO binding associated domain superfamily / Heme NO binding associated / Heme NO-binding / H-NOX domain superfamily / Haem-NO-binding / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain ...Haem NO binding associated / Haem NO binding associated domain superfamily / Heme NO binding associated / Heme NO-binding / H-NOX domain superfamily / Haem-NO-binding / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase
類似検索 - ドメイン・相同性
guanylate cyclase / Guanylate cyclase soluble subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Manduca sexta (蝶・蛾)
登録者
  • Daniel Rosenberg (Lawrence Berkeley National laboratory, Berkeley, CA, USA)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3917
タイプ: atomic / カイ2乗値: 2.28674286997
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Soluble guanylate cyclase (nitric oxide, NO, bound) / 試料濃度: 7 mg/ml / Entity id: 1956 / 1957
バッファ名称: 50 mM KH2PO4,150 mM NaCl, 2% glycerol, 500 µM NO, / pH: 7.4
要素 #1956タイプ: protein / 記述: Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit / 分子量: 78.49 / 分子数: 1 / 由来: Manduca sexta / 参照: UniProt: O77105
配列: MTCPFRRASS QHQFANGGSS APKKPEFRSR TSSVHLTGPE EEDGERNTLT LKHMSEALQL LTAPSNECLH AAVTSLTKNQ SDHYHKYNCL RRLPDDVKTC RNYAYLQEIY DAVRATDSVN TKDFMAKLGE YLILTAFSHN CRLERAFKCL GTNLTEFLTT LDSVHDVLHD ...配列:
MTCPFRRASS QHQFANGGSS APKKPEFRSR TSSVHLTGPE EEDGERNTLT LKHMSEALQL LTAPSNECLH AAVTSLTKNQ SDHYHKYNCL RRLPDDVKTC RNYAYLQEIY DAVRATDSVN TKDFMAKLGE YLILTAFSHN CRLERAFKCL GTNLTEFLTT LDSVHDVLHD QDTPLKDETM EYEANFVCTT SQEGKIQLHL TTESEPVAYL LVGSLKAIAK RLYDTQTDIR LRSYTNDPRR FRYEINAVPL HQKSKEDSCE LVNEAASVAT STKVTDLKIG VASFCKAFPW HFITDKRLEL VQLGAGFMRL FGTHLATHGS SLGTYFRLLR PRGVPLDFRE ILKRVNTPFM FCLKMPGSTA LAEGLEIKGQ MVFCAESDSL LFVGSPFLDG LEGLTGRGLF ISDIPLHDAT RDVILVGEQA RAQDGLRRRM DKLKNSIEEA SKAVDKEREK NVSLLHLIFP PHIAKRLWLG EKIEAKSHDD VTMLFSDIVG FTSICATATP MMVIAMLEDL YSVFDIFCEE LDVYKVETIG DAYCVASGLH RKVETHAPQI AWMALRMVET CAQHLTHEGN PIKMRIGLHT GTVLAGVVGK TMLKYCLFGH NVTLANKFES GSEPLKINVS PTTYEWLIKF PGFDMEPRDR SCLPNSFPKD IHGTCYFLHK YTHPGTDPGE PQVKHIREAL KDYGIGQANS TDVDTEEPT
要素 #1957タイプ: protein / 記述: Soluble guanylyl cyclase beta-1 subunit / 分子量: 68.098 / 分子数: 1 / 由来: Manduca sexta / 参照: UniProt: O77106
配列: MYGFVNYALE LLVMKTFDEE TWETIKKKAD VAMEGSFLVR QIYEDEITYN LITAAVEVLQ IPADAILELF GKTFFEFCQD SGYDKILQVL GATPRDFLQN LDGLHDHLGT LYPGMRSPSF RCTERPEDGA LVLHYYSDRP GLEHIVIGIV KTVASKLHNT EVKVEILKTK ...配列:
MYGFVNYALE LLVMKTFDEE TWETIKKKAD VAMEGSFLVR QIYEDEITYN LITAAVEVLQ IPADAILELF GKTFFEFCQD SGYDKILQVL GATPRDFLQN LDGLHDHLGT LYPGMRSPSF RCTERPEDGA LVLHYYSDRP GLEHIVIGIV KTVASKLHNT EVKVEILKTK EECDHVQFLI TETSTTGRVS APEIAEIETL SLEPKVSPAT FCRVFPFHLM FDRDLNIVQA GRTVSRLLPR VTRPGCKITD VLDTVRPHLE MTFANVLAHI NTVYVLKTKP EEMSVTDPHE EIASLRLKGQ MLYIPETDVV VFQCYPSVTN LDDLTRRGLC IADIPLHDAT RDLVLMSEQF EADYKLTQNL EVLTDKLQQT FRELELEKQK TDRLLYSVLP ISVATELRHR RPVPARRYDT VTLLFSGIVG FANYCARNSD HKGAMKIVRM LNDLYTAFDV LTDPKRNPNV YKVETVGDKY MAVSGLPEYE VAHAKHISLL ALDMMDLSQT VTVDGEPVGI TIGIHSGEVV TGVIGHRMPR YCLFGNTVNL TSRCETTGVP GTINVSEDTY NYLMREDNHD EQFELTYRGH VTMKGKAEPM QTWFLTRKIH

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Light Source (ALS) 12.3.1 (SIBYLS) / 地域: Berkeley, CA / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1127 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.1 mm
検出器名称: Pilatus3 X 2M / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Soluble guanylate cyclase (nitric oxide, NO, bound)
測定日: 2018年12月3日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 3 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0142 0.3804
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 329 /
MinMax
Q0.01505 0.3804
P(R) point1 329
R0 142
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量130.7 kDa136 kDa
体積-218 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I0147.4 145.01 0.7
慣性半径, Rg 4.5 nm4.37 nm0.02

MinMax
D-14.2
Guinier point1 29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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