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万見
- SASDH52: Ribonuclease A (Type III-A) in a solution environment at pH 7.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDH52
試料Ribonuclease A (Type III-A) in a solution environment at pH 7.5
  • Ribonuclease pancreatic (protein), RNase-A, Bos taurus
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
登録者
  • Chandra Sekar (Pondicherry University)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3898
タイプ: dummy / ソフトウェア: (dammif (r9988)) / ダミー原子の半径: 1.80 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.265 / P-value: 0.073676
モデル #3899
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 1.80 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.265 / P-value: 0.073676
モデル #3900
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 1.80 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.262 / P-value: 0.142303
モデル #3901
タイプ: dummy / ソフトウェア: (dammif (r9988)) / ダミー原子の半径: 1.80 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.262 / P-value: 0.142303
モデル #3902
タイプ: dummy / ソフトウェア: (DAMFILT 5.0 (r9988)) / ダミー原子の半径: 2.00 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.268 / P-value: 0.073676

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試料

試料名称: Ribonuclease A (Type III-A) in a solution environment at pH 7.5
試料濃度: 2.50-10.00
バッファ名称: 50 mM Tris-HCL, 150 mM NaCl / pH: 7.5
コメント: PDI was incubated with 0.5mM TCEP to reduce the Active sites one hour before SAXS data collection
要素 #1950名称: RNase-A / タイプ: protein / 記述: Ribonuclease pancreatic / 分子量: 13.69 / 分子数: 1 / 由来: Bos taurus / 参照: UniProt: P61823
配列:
KETAAAKFER QHMDSSTSAA SSSNYCNQMM KSRNLTKDRC KPVNTFVHES LADVQAVCSQ KNVACKNGQT NCYQSYSTMS ITDCRETGSS KYPNCAYKTT QANKHIIVAC EGNPYVPVHF DASV

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Photon Source (APS), Argonne National Laboratory BioCAT 18ID
地域: Lemont, IL / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1033 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.485 mm
検出器名称: Pilatus3 X 1M / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: Ribonuclease A (Type III-A) in a solution environment at pH 7.5
測定日: 2015年11月4日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 8 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0219 0.212
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 637 /
MinMax
Q0.0218908 0.212003
P(R) point1 637
R0 72.17
結果
カーブのタイプ: merged
コメント: Ribonuclease A (Type III-A) was purchased from SIGMA-ALDRICH in the form of lyophilized powder, dissolved with suspension medium and used directly without any further purification.
実験値StandardPorod
分子量27.38 kDa16.926 kDa12.5 kDa
体積--20 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I07.684 7.61 0.035
慣性半径, Rg 1.94 nm1.86 nm0.02

MinMax
D-7.22
Guinier point1 162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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