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万見
- SASDH32: Protein Disulfide Isomerase (PDI) in Complex with Ribonuclease-A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDH32
試料Protein Disulfide Isomerase (PDI) in Complex with Ribonuclease-A (RNase)
  • Protein disulfide-isomerase (protein), PDI, Bos taurus
  • Ribonuclease pancreatic (protein), RNase-A, Bos taurus
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline / procollagen-proline 4-dioxygenase activity / protein disulfide-isomerase / pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / protein disulfide isomerase activity / RNA nuclease activity / response to endoplasmic reticulum stress / melanosome / protein folding ...peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline / procollagen-proline 4-dioxygenase activity / protein disulfide-isomerase / pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / protein disulfide isomerase activity / RNA nuclease activity / response to endoplasmic reticulum stress / melanosome / protein folding / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / endoplasmic reticulum lumen / protein heterodimerization activity / external side of plasma membrane / endoplasmic reticulum / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Protein disulphide isomerase / Thioredoxin-like domain / Disulphide isomerase / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Thioredoxin / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease ...Protein disulphide isomerase / Thioredoxin-like domain / Disulphide isomerase / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Thioredoxin / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein disulfide-isomerase / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
登録者
  • Chandra Sekar (Pondicherry University)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3887
タイプ: dummy / ソフトウェア: (dammif (r9988)) / ダミー原子の半径: 2.70 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.200 / P-value: 0.094060
モデル #3888
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.70 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.200 / P-value: 0.094060
モデル #3890
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.70 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.203 / P-value: 0.094060
モデル #3891
タイプ: dummy / ソフトウェア: (dammif (r9988)) / ダミー原子の半径: 2.70 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.203 / P-value: 0.094060
モデル #3892
タイプ: dummy / ソフトウェア: (DAMFILT 5.0 (r9988)) / ダミー原子の半径: 2.75 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.206 / P-value: 0.094060

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試料

試料名称: Protein Disulfide Isomerase (PDI) in Complex with Ribonuclease-A (RNase)
試料濃度: 2.50-10.00 / Entity id: 1946 / 1947
バッファ名称: 50 mM Tris-HCL, 150 mM NaCl / pH: 7.5
コメント: PDI was incubated with 0.5mM TCEP to reduce the Active sites one hour before SAXS data collection
要素 #1946名称: PDI / タイプ: protein / 記述: Protein disulfide-isomerase / 分子量: 57.265 / 分子数: 1 / 由来: Bos taurus / 参照: UniProt: P05307
配列: MLRRALLCLA LTALFRAGAG APDEEDHVLV LHKGNFDEAL AAHKYLLVEF YAPWCGHCKA LAPEYAKAAG KLKAEGSEIR LAKVDATEES DLAQQYGVRG YPTIKFFKNG DTASPKEYTA GREADDIVNW LKKRTGPAAS TLSDGAAAEA LVESSEVAVI GFFKDMESDS ...配列:
MLRRALLCLA LTALFRAGAG APDEEDHVLV LHKGNFDEAL AAHKYLLVEF YAPWCGHCKA LAPEYAKAAG KLKAEGSEIR LAKVDATEES DLAQQYGVRG YPTIKFFKNG DTASPKEYTA GREADDIVNW LKKRTGPAAS TLSDGAAAEA LVESSEVAVI GFFKDMESDS AKQFFLAAEV IDDIPFGITS NSDVFSKYQL DKDGVVLFKK FDEGRNNFEG EVTKEKLLDF IKHNQLPLVI EFTEQTAPKI FGGEIKTHIL LFLPKSVSDY EGKLSNFKKA AESFKGKILF IFIDSDHTDN QRILEFFGLK KEECPAVRLI TLEEEMTKYK PESDELTAEK ITEFCHRFLE GKIKPHLMSQ ELPDDWDKQP VKVLVGKNFE EVAFDEKKNV FVEFYAPWCG HCKQLAPIWD KLGETYKDHE NIVIAKMDST ANEVEAVKVH SFPTLKFFPA SADRTVIDYN GERTLDGFKK FLESGGQDGA GDDDDLEDLE EAEEPDLEED DDQKAVKDEL
要素 #1947名称: RNase-A / タイプ: protein / 記述: Ribonuclease pancreatic / 分子量: 13.69 / 分子数: 1 / 由来: Bos taurus / 参照: UniProt: P61823
配列:
KETAAAKFER QHMDSSTSAA SSSNYCNQMM KSRNLTKDRC KPVNTFVHES LADVQAVCSQ KNVACKNGQT NCYQSYSTMS ITDCRETGSS KYPNCAYKTT QANKHIIVAC EGNPYVPVHF DASV

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Photon Source (APS), Argonne National Laboratory BioCAT 18ID
地域: Lemont, IL / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1033 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.485 mm
検出器名称: Pilatus3 X 1M / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: Protein Disulfide Isomerase (PDI) in Complex with Ribonuclease-A (RNase)
測定日: 2015年11月4日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 8 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0243 0.392
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 819 /
MinMax
Q0.0242822 0.268798
P(R) point1 819
R0 90.78
結果
カーブのタイプ: merged
コメント: PDI was purified from bovine liver. Ribonuclease A (Type III-A) was purchased from SIGMA-ALDRICH in the form of lyophilized powder, dissolved with suspension medium and used directly ...コメント: PDI was purified from bovine liver. Ribonuclease A (Type III-A) was purchased from SIGMA-ALDRICH in the form of lyophilized powder, dissolved with suspension medium and used directly without any further purification. RNase was mixed with PDI just before to SAXS data collection. CAUTION! The quoted experimental MW from I(0) = 56 kDa; From Bayesian inference = 44 kDa; From Porod volume = 53 kDa. The expected MW of a fully-formed 1:1 complex is 71 kDa, calculated from the amino acid sequence. Therefore, the data likely represent a mixture of components and not a complex.
実験値StandardPorod
分子量70.956 kDa56.826 kDa53 kDa
体積--85 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I029.2 29.83 0.15
慣性半径, Rg 2.9 nm2.97 nm0.04

MinMax
D-9.08
Guinier point1 65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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