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万見
- SASDGZ5: Suppressor of Fused from Human D30 (Suppressor of fused homolog, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDGZ5
試料Suppressor of Fused from Human D30
  • Suppressor of fused homolog (protein), hSuFuD30, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


smoothened signaling pathway involved in ventral spinal cord interneuron specification / smoothened signaling pathway involved in spinal cord motor neuron cell fate specification / positive regulation of cellular response to drug / GLI-SUFU complex / ciliary tip / coronary vasculature development / aorta development / ventricular septum development / negative regulation of protein import into nucleus / skin development ...smoothened signaling pathway involved in ventral spinal cord interneuron specification / smoothened signaling pathway involved in spinal cord motor neuron cell fate specification / positive regulation of cellular response to drug / GLI-SUFU complex / ciliary tip / coronary vasculature development / aorta development / ventricular septum development / negative regulation of protein import into nucleus / skin development / ciliary base / heart looping / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / spermatid development / negative regulation of osteoblast differentiation / Hedgehog 'off' state / negative regulation of smoothened signaling pathway / neural tube closure / Degradation of GLI1 by the proteasome / Hedgehog 'on' state / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / beta-catenin binding / transcription corepressor activity / cilium / regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Suppressor of fused / Suppressor of fused, eukaryotic / Suppressor of fused C-terminal / Suppressor of fused, N-terminal / Suppressor of fused, C-terminal domain superfamily / Suppressor of Fused Gli/Ci N terminal binding domain / Suppressor of fused-like domain / Suppressor of fused protein (SUFU)
類似検索 - ドメイン・相同性
Suppressor of fused homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
登録者
  • Valerie Biou (IBPC-CNRS)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3802
タイプ: atomic / 対称性: P1
コメント: human SuFu truncated from 30aa. body1 = A: 30 - 255 body2 = A: 259 - 268, A: 356 - 472
カイ2乗値: 3.087049 / P-value: 0.000025

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試料

試料名称: Suppressor of Fused from Human D30 / 試料濃度: 14 mg/ml
バッファ名称: 50 mM bis-TRIS pH 5.5, 200 mM NaCl, 10% glycerol / pH: 5.5
要素 #1907名称: hSuFuD30 / タイプ: protein / 記述: Suppressor of fused homolog / 分子量: 51.09 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9UMX1
配列: PPGLHAIYGE CRRLYPDQPN PLQVTAIVKY WLGGPDPLDY VSMYRNVGSP SANIPEHWHY ISFGLSDLYG DNRVHEFTGT DGPSGFGFEL TFRLKRETGE SAPPTWPAEL MQGLARYVFQ SENTFCSGDH VSWHSPLDNS ESRIQHMLLT EDPQMQPVQT PFGVVTFLQI ...配列:
PPGLHAIYGE CRRLYPDQPN PLQVTAIVKY WLGGPDPLDY VSMYRNVGSP SANIPEHWHY ISFGLSDLYG DNRVHEFTGT DGPSGFGFEL TFRLKRETGE SAPPTWPAEL MQGLARYVFQ SENTFCSGDH VSWHSPLDNS ESRIQHMLLT EDPQMQPVQT PFGVVTFLQI VGVCTEELHS AQQWNGQGIL ELLRTVPIAG GPWLITDMRR GETIFEIDPH LQERVDKGIE TDGSNLSGVS AKCAWDDLSR PPEDDEDSRS ICIGTQPRRL SGKDTEQIRE TLRRGLEINS KPVLPPINPQ RQNGLAHDRA PSRKDSLESD SSTAIIPHEL IRTRQLESVH LKFNQESGAL IPLCLRGRLL HGRHFTYKSI TGDMAITFVS TGVEGAFATE EHPYAAHGPW LQILLTEEFV EKMLEDLEDL TSPEEFKLPK EYSWPEKKLK VSILPDVVFD SPLH

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実験情報

ビーム設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.09 mm
検出器名称: Eiger 4M / Pixsize x: 75 mm
スキャン
タイトル: Suppressor of Fused from Human D30 / 測定日: 2018年6月30日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.99 sec. / フレーム数: 200 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0036 0.5592
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 506 /
MinMax
Q0.0164195 0.246598
P(R) point1 506
R0 140
結果
Experimental MW: 51 kDa / カーブのタイプ: sec
P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I02.307 2.25 0.005
慣性半径, Rg 3.46 nm3.18 nm0.01

MinMax
D-14
Guinier point32 82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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