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万見
- SASDGY9: Nucleolar RNA helicase 2 (DDX21) fragment 186-783 monomeric mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDGY9
試料Nucleolar RNA helicase 2 (DDX21) fragment 186-783 monomeric mutant
  • Nucleolar RNA helicase 2 (protein), DDX21, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase inhibitor activity / 7SK snRNA binding / R-loop processing / central nervous system projection neuron axonogenesis / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / B-WICH complex / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / miRNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / snoRNA binding ...RNA polymerase inhibitor activity / 7SK snRNA binding / R-loop processing / central nervous system projection neuron axonogenesis / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / B-WICH complex / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / miRNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / snoRNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / response to exogenous dsRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / neuron projection maintenance / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / microtubule cytoskeleton organization / osteoblast differentiation / rRNA processing / double-stranded RNA binding / chromosome / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to virus / transcription by RNA polymerase II / RNA helicase activity / rRNA binding / RNA helicase / chromatin remodeling / innate immune response / mRNA binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
GUCT / GUCT (NUC152) domain / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / RNA-binding domain superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. ...GUCT / GUCT (NUC152) domain / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / RNA-binding domain superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleolar RNA helicase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
登録者
  • Maria Josefina Marcaida (École polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL), Switzerland)

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ダウンロードとリンク

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モデル

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試料

試料名称: Nucleolar RNA helicase 2 (DDX21) fragment 186-783 monomeric mutant
試料濃度: 10 mg/ml
バッファ名称: 20 mM HEPES, 500 mM NaCl, 10 % Glycerol, 2 mM TCEP / pH: 7.5
要素 #1961名称: DDX21 / タイプ: protein / 記述: Nucleolar RNA helicase 2 / 分子量: 69.181 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9NR30
配列: MGSSHHHHHH SQDPENLYFQ GAFSNFPISE ETIKLLKGRG VTFLFPIQAK TFHHVYSGKD LIAQARTGTG KTFSFAIPLI EKLHGELQDR KRGRAPQVLV LAPTRELANQ VSKDFSDITK KLSVACFYGG TPYGGQFERM RNGIDILVGT PGRIKDHIQN GKLDLTKLKH ...配列:
MGSSHHHHHH SQDPENLYFQ GAFSNFPISE ETIKLLKGRG VTFLFPIQAK TFHHVYSGKD LIAQARTGTG KTFSFAIPLI EKLHGELQDR KRGRAPQVLV LAPTRELANQ VSKDFSDITK KLSVACFYGG TPYGGQFERM RNGIDILVGT PGRIKDHIQN GKLDLTKLKH VVLDEVDQML DMGFADQVEE ILSVAYKKDS EDNPQTLLFS ATCPHWVFNV AKKYMKSTYE QVDLIGKKTQ KTAITVEHLA IKCHWTQRAA VIGDVIRVYS GHQGRTIIFC ETKKEAQELS QNSAIKQDAQ SLHGDIPQKQ REITLKGFRN GSFGVLVATN VAARGLDIPE VDLVIQSSPP KDVESYIHRS GRTGRAGRTG VCICFYQHKE EYQLVQVEQK AGIKFKRIGV PSATEIIKAS SKDAIRLLDS VPPTAISHFK QSAEKLIEEK GAVEARRRRR RHISGATSVD QRSLINSNVG FVTMILQCSI EMPNISYAWK ELKEQLGEEI DSKVKGMVFL KGKLGVCFDV PTASVTEIQE KWHDSRRWQL SVATEQPELE GPREGYGGFR GQREGSRGFR GQRDGNRRFR GQREGSRGPR GQRSGGGNKS NRSQNKGQKR SFSKAFGQ

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BioSAXS beamline BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.099 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.867 mm
検出器名称: d / タイプ: PILATUS 1 M, DECTRIS / Pixsize x: 0.99 mm
スキャン
タイトル: Nucleolar RNA helicase 2 (DDX21) fragment 186-783 monomeric mutant
測定日: 2018年11月3日 / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 2160 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0134 0.3801
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 779 /
MinMax
Q0.0134336 0.380099
P(R) point1 779
R0 177
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量68 kDa65 kDa
体積-111 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I045.74 44.65 0.2
慣性半径, Rg 4.4 nm4.07 nm0.03

MinMax
D-17.7
Guinier point1 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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