[日本語] English
万見
- SASDGW5: Suppressor of Fused from Drosophila (Suppressor of fused homolog,... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDGW5
試料Suppressor of Fused from Drosophila
  • Suppressor of fused homolog (protein), dSuFu, Drosophila melanogaster
機能・相同性
機能・相同性情報


: / negative regulation of nucleocytoplasmic transport / Hedgehog 'off' state / Degradation of GLI1 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Hedgehog 'on' state / nuclear localization sequence binding / molecular sequestering activity / negative regulation of smoothened signaling pathway / DNA-binding transcription factor binding ...: / negative regulation of nucleocytoplasmic transport / Hedgehog 'off' state / Degradation of GLI1 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Hedgehog 'on' state / nuclear localization sequence binding / molecular sequestering activity / negative regulation of smoothened signaling pathway / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / protein-containing complex / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Suppressor of fused / Suppressor of fused, eukaryotic / Suppressor of fused C-terminal / Suppressor of fused, N-terminal / Suppressor of fused, C-terminal domain superfamily / Suppressor of Fused Gli/Ci N terminal binding domain / Suppressor of fused-like domain / Suppressor of fused protein (SUFU)
類似検索 - ドメイン・相同性
Suppressor of fused homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
登録者
  • Valerie Biou (IBPC-CNRS)

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
モデル

モデル #3798
タイプ: atomic / 対称性: P1
コメント: Model built with Dadimodo using 2 domains as rigid bodies and a 5-residue flexible linker.
カイ2乗値: 3.415104
モデル #3799
タイプ: atomic / 対称性: P1
コメント: Model built with Dadimodo using 2 domains as rigid bodies and a 5-residue flexible linker.
カイ2乗値: 3.090564

-
試料

試料名称: Suppressor of Fused from Drosophila / 試料濃度: 10 mg/ml
バッファ名称: 50 mM bis-TRIS pH 5.5, 200 mM NaCl, 10% glycerol / pH: 5.5
要素 #1903名称: dSuFu / タイプ: protein / 記述: Suppressor of fused homolog / 分子量: 52.787 / 分子数: 1 / 由来: Drosophila melanogaster / 参照: UniProt: q9vg38
配列: MAEANLDKKP EVKPPPGLKA IIDHLGQVYP NQPNPLQVTT LLKYWLGGQD PLDYISMYNY PGDVDRNVPP HWHYISFGLS DLHGDERVHL REEGVTRSGM GFELTFRLAK TEIELKQQIE NPEKPQRPPT WPANLLQAIG RYCFQTGNGL CFGDNIPWRK SLDGSTTSKL ...配列:
MAEANLDKKP EVKPPPGLKA IIDHLGQVYP NQPNPLQVTT LLKYWLGGQD PLDYISMYNY PGDVDRNVPP HWHYISFGLS DLHGDERVHL REEGVTRSGM GFELTFRLAK TEIELKQQIE NPEKPQRPPT WPANLLQAIG RYCFQTGNGL CFGDNIPWRK SLDGSTTSKL QNLLVAQDPQ LGCIDTPTGT VDFCQIVGVF DDELEQASRW NGRGVLNFLR QDMQTGGDWL VTNMDRQMSV FELFPETLLN LQDDLEKQGS DLAGVNADFT FRELKPTKEV KEEVDFQALS EKCANDENNR QLTDTQMKRE EPSFPQSMSM SSNSLHKSCP LDFQAQAPNC ISLDGIEITL APGVAKYLLL AIKDRIRHGR HFTFKAQHLA LTLVAESVTG SAVTVNEPYG VLGYWIQVLI PDELVPRLME DFRSAGLDEK CEPKERLELE WPDKNLKLII DQPEPVLPMS LDAAPLKM

-
実験情報

ビーム設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.804 mm
検出器名称: AVIEX PCCD170170 / タイプ: CCD
スキャン
タイトル: Suppressor of Fused from Drosophila / 測定日: 2012年5月7日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 160 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0057 0.621
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1091 /
MinMax
Q0.00566257 0.620449
P(R) point1 1091
R0 88
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量51 kDa-
体積-11.7 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I01.745 0.000546 1.74 0.0008437
慣性半径, Rg 2.73 nm0.012 2.72 nm0.002

MinMaxError
D-8.8 0.2
Guinier point23 76 -

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る