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- SASDGV5: The nucleotide binding domain of Lipid A export ATP-binding/perme... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDGV5
試料The nucleotide binding domain of Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA - data from stop-and-flow time-resolved SAXS (12 s time course)
  • Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA - Nucleotide binding domain (protein), MsbA, Escherichia coli (strain K12)
機能・相同性
機能・相同性情報


MsbA transporter complex / lipopolysaccharide floppase activity / lipid translocation / ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter / lipopolysaccharide transport / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type xenobiotic transporter activity / lipid transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport ...MsbA transporter complex / lipopolysaccharide floppase activity / lipid translocation / ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter / lipopolysaccharide transport / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type xenobiotic transporter activity / lipid transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / lipid binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA family profile. / ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA family profile. / ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent lipid A-core flippase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
登録者
  • Clement Blanchet (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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ダウンロードとリンク

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モデル

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試料

試料名称: The nucleotide binding domain of Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA - data from stop-and-flow time-resolved SAXS (12 s time course)
バッファ名称: 20 mM Tris, 150 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 0.45 mM Mg2+-ATP
pH: 7.5
要素 #1911名称: MsbA / タイプ: protein
記述: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA - Nucleotide binding domain
分子量: 27.107 / 分子数: 1 / 由来: Escherichia coli (strain K12) / 参照: UniProt: P60752
配列: ATGDVEFRNV TFTYPGRDVP ALRNINLKIP AGKTVALVGR SGSGKSTIAS LITRFYDIDE GEILMDGHDL REYTLASLRN QVALVSQNVH LFNDTVANNI AYARTEQYSR EQIEEAARMA YAMDFINKMD NGLDTVIGEN GVLLSGGQRQ RIAIARALLR DSPILILDEA ...配列:
ATGDVEFRNV TFTYPGRDVP ALRNINLKIP AGKTVALVGR SGSGKSTIAS LITRFYDIDE GEILMDGHDL REYTLASLRN QVALVSQNVH LFNDTVANNI AYARTEQYSR EQIEEAARMA YAMDFINKMD NGLDTVIGEN GVLLSGGQRQ RIAIARALLR DSPILILDEA TSALDTESER AIQAALDELQ KNRTSLVIAH RLSTIEKADE IVVVEDGVIV ERGTHNDLLE HRGVYAQLHK MQFGQ

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: The nucleotide binding domain of Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA - data from stop-and-flow time-resolved SAXS (12 s time course)
測定日: 2017年12月8日 / セル温度: 20 °C / 照射時間: 0.03 sec. / フレーム数: 400 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0273 5.0671
結果カーブのタイプ: other
コメント: The SAXS curve displayed in this entry corresponds to the last time point (12 s) of a stop-and-flow SAXS experiment monitoring the disassociation of NBD dimers into monomers caused by ...コメント: The SAXS curve displayed in this entry corresponds to the last time point (12 s) of a stop-and-flow SAXS experiment monitoring the disassociation of NBD dimers into monomers caused by the introduction and subsequent hydrolysis of ATP. At 12 seconds through the time course the NBD becomes predominantly monomeric, with trace amounts of dimer. Attached to this entry, and made available in the full-entry zip archive, are all of the time-resolved stop-and-flow SAXS data out to the final 12 s time point.
実験値Porod
分子量33 kDa-
体積-50 nm3

GuinierGuinier error
前方散乱 I030582 80
慣性半径, Rg 2.12 nm0.02

MinMax
D-6.79
Guinier point46 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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