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万見
- SASDGU5: The C-terminal cell-surface signaling domain of the Pseudomonas c... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDGU5
試料The C-terminal cell-surface signaling domain of the Pseudomonas capeferrum anti-sigma regulator PupR in complex with the outer membrane transporter PupB N-terminal signaling domain
  • PupR protein (protein), PupR, Pseudomonas putida
  • Ferric-pseudobactin BN7/BN8 receptor (protein), PupB, Pseudomonas putida
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能
FecR, N-terminal / Domain of unknown function (DUF4880) / FecR protein / Fe(2+)-dicitrate sensor, transmembrane component / FecR protein / Secretin and TonB N terminus short domain / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor, conserved site ...FecR, N-terminal / Domain of unknown function (DUF4880) / FecR protein / Fe(2+)-dicitrate sensor, transmembrane component / FecR protein / Secretin and TonB N terminus short domain / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferric-pyoverdine BN7/BN8 receptor / PupR protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
登録者
  • Jaime Jensen (Vanderbilt University)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3796
タイプ: dummy / ソフトウェア: (DAMFILT 5.0 (r4547)) / ダミー原子の半径: 2.25 A / カイ2乗値: 1.282 / P-value: 0.525353
モデル #3797
タイプ: atomic / カイ2乗値: 3.60827836327718

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試料

試料名称: The C-terminal cell-surface signaling domain of the Pseudomonas capeferrum anti-sigma regulator PupR in complex with the outer membrane transporter PupB N-terminal signaling domain
試料濃度: 12.8 mg/ml / Entity id: 1893 / 1894
バッファ名称: 25 mM HEPES 400 mM LiCl 10% v/v glycerol / pH: 7.5
要素 #1893名称: PupR / タイプ: protein / 記述: PupR protein / 分子量: 24.124 / 分子数: 1 / 由来: Pseudomonas putida / 参照: UniProt: Q52209
配列: GAMGQDWRAD YHSRIGEQRR LTLADGTQVQ LNTDSALNVA FDQQARRLRL VRGEMLITRP ALADSRPLWV DTEHGRLEST LAQFNVRLHG QHTQATVYQG SVALQPALHA YPPILLGAGE QASFNQQGLL ARQAVAAVAP AWSQGMLVAQ GQPLAAFIED LARYRRGHLA ...配列:
GAMGQDWRAD YHSRIGEQRR LTLADGTQVQ LNTDSALNVA FDQQARRLRL VRGEMLITRP ALADSRPLWV DTEHGRLEST LAQFNVRLHG QHTQATVYQG SVALQPALHA YPPILLGAGE QASFNQQGLL ARQAVAAVAP AWSQGMLVAQ GQPLAAFIED LARYRRGHLA CDPALAGLRV SGTFPLENTD KIIAAVAETL QLEVQHFTRY WVTLKPRMA
要素 #1894名称: PupB / タイプ: protein / 記述: Ferric-pseudobactin BN7/BN8 receptor / 分子量: 8.101 / 分子数: 1 / 由来: Pseudomonas putida / 参照: UniProt: P38047
配列:
gsAQADFDIP AGPLAPALAH FGQSAHILLS YPTALTEGRS TSGLAGRFDI DQGLAILLAG TGLEASRGAN ASYSLQASAS TG

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Photon Source (APS), Argonne National Laboratory BioCAT 18ID
地域: Lemont, IL / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.103 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.5 mm
検出器名称: Pilatus3 X 1M / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: The C-terminal cell-surface signaling domain of the Pseudomonas capeferrum anti-sigma regulator PupR in complex with the outer membrane transporter PupB N-terminal signaling domain
測定日: 2016年3月16日 / セル温度: 25 °C / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0244 0.3896
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 470 /
MinMax
Q0.0233 0.3089
P(R) point23 492
R0 86.72
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量40 kDa32.6 kDa
体積-55.5 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I045.02 44.27 0.28
慣性半径, Rg 2.59 nm2.52 nm0.022

MinMax
D-8.67
Guinier point23 88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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