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万見
- SASDGT5: MvaT (high salt data set) (MvaT(mutant)) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDGT5
試料MvaT (high salt data set)
  • MvaT(mutant) (protein), Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)
機能・相同性MvaT, DNA-binding domain / Bacterial xenogeneic silencer MvaT, C-terminal domain / negative regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / negative regulation of secondary metabolite biosynthetic process / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of DNA-templated transcription / MvaT
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
登録者
  • Yann Sterckx (University of Antwerp)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3792
タイプ: atomic / P-value: 0.000012
モデル #3793
タイプ: atomic / P-value: 0.000012

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試料

試料名称: MvaT (high salt data set) / 試料濃度: 9.5 mg/ml
バッファ名称: 20 mM Bis-Tris 300 mM KCl / pH: 6
要素 #1888タイプ: protein / 記述: MvaT(mutant) / 分子量: 14.107 / 分子数: 2
由来: Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)
参照: UniProt: Q9HW86
配列:
MSLINEYRAT EEAIKELQER LKSLEQDDKL CKELEDEEKL RTLDGTYQKS LRDVISLLDP DAKIGKSTRT AKAPAGKRAR KVKQYKNPHT GEVIETKGGN HKTLKEWKAK WGPEAVESWA TLLG

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BioSAXS beamline BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.099 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.81 mm
検出器名称: d / タイプ: PILATUS 1 M, DECTRIS / Pixsize x: 0.99 mm
スキャン
タイトル: MvaT (high salt data set) / 測定日: 2018年5月11日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 3000 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0082 0.4003
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 428 /
MinMax
Q0.00816413 0.208675
P(R) point1 428
R0 158.4
結果
カーブのタイプ: sec
コメント: The protein employed in the SAS experiment contains three point mutations: K31C, F36D, and M44D. K31C was introduced to introduce a paramagnetic label, while F36D and M44D were ...コメント: The protein employed in the SAS experiment contains three point mutations: K31C, F36D, and M44D. K31C was introduced to introduce a paramagnetic label, while F36D and M44D were introduced to abolish higher-order oligomerisation of the protein.
実験値Porod
分子量26.45 kDa29.35 kDa
体積-49.91 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I074.89 0.08 74.46 0.09
慣性半径, Rg 3.99 nm0.01 3.83 nm0.1

MinMax
D-15.84
Guinier point1 43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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