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万見
- SASDGQ5: Vibrio cholerae hexameric DnaB helicase with bound ATP (VcDnaB.ATP) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDGQ5
試料Vibrio cholerae hexameric DnaB helicase with bound ATP (VcDnaB.ATP)
  • Replicative DNA helicase (DnaB) (protein), DnaB.ATP, Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961)
機能・相同性
機能・相同性情報


primosome complex / DNA 5'-3' helicase / DNA replication, synthesis of primer / DNA helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicative DNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌)
登録者
  • Dominique DURAND (I2BC-CNRS, Paris, France)

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モデル

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試料

試料名称: Vibrio cholerae hexameric DnaB helicase with bound ATP (VcDnaB.ATP)
試料濃度: 28 mg/ml
バッファ名称: 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 1 mM ATP / pH: 8.8
要素 #1898名称: DnaB.ATP / タイプ: protein / 記述: Replicative DNA helicase (DnaB) / 分子量: 52.781 / 分子数: 6
由来: Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961)
参照: UniProt: A0A0H3AIB6
配列: MADPRTDNRN RKTSDAQVDA IKVPPHSLEA EQSVIGGLLL DNERWDTVSE HVVTQDFYSR PHRLIFDGVK SILEAGKPLD LITLSEYLEQ REQLEDVGGF AYLADLAKNT PSAANINAYA EIVAQRALVR NLIGVANEIA DAGYDPQGRN AEDLLDLAES KVFAIAEART ...配列:
MADPRTDNRN RKTSDAQVDA IKVPPHSLEA EQSVIGGLLL DNERWDTVSE HVVTQDFYSR PHRLIFDGVK SILEAGKPLD LITLSEYLEQ REQLEDVGGF AYLADLAKNT PSAANINAYA EIVAQRALVR NLIGVANEIA DAGYDPQGRN AEDLLDLAES KVFAIAEART SENEGPKNVD SILERTLERI ELLYKTPQDG VTGVNTGFTD LNKKTAGLQG SDLIIVAARP SMGKTTFAMN LCENAAMEQD KPVLIFSLEM PAEQIMMRML ASLSRVDQTK IRTGQLDDED WARISSTMGI LMEKKNMYID DSSGLTPTEV RSRARRIARE HGGLSLIMVD YLQLMRVPAL TDNRTLEIAE ISRSLKALAK ELNVPVVALS QLNRSLEQRA DKRPVNSDLR ESGSIEQDAD LIMFIYRDEV YHPDSALKGT AEIIIGKQRN GPIGSVRLTF QGQYSRFDNY AGPAFDDEHH HHHH

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実験情報

ビーム設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1033 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.8 mm
検出器名称: Eiger 4M / Pixsize x: 75 mm
スキャン
タイトル: Vibrio cholerae hexameric DnaB helicase with bound ATP (VcDnaB.ATP)
測定日: 2018年10月4日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 15 °C / 照射時間: 2.99 sec. / フレーム数: 700 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0061 0.4002
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 329 /
MinMax
Q0.00608132 0.172252
P(R) point1 329
R0 130
結果
カーブのタイプ: sec
コメント: The scattered intensities were displayed on an absolute scale (cm-1) using the scattering of water. Frames were examined individually using the US-SOMO HPLC module and 10 identical ...コメント: The scattered intensities were displayed on an absolute scale (cm-1) using the scattering of water. Frames were examined individually using the US-SOMO HPLC module and 10 identical frames obtained around the maximum of the elution peak were averaged and further processed.
実験値Porod
分子量328 kDa365 kDa
体積-585 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.2801 0.001 0.278 0.001
慣性半径, Rg 4.67 nm0.02 4.64 nm0.05

MinMaxError
D-13 1
Guinier point1 32 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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