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- SASDGN5: apo-RD domain of B. Pertussis Adenylate Cyclase Toxin (CyaA) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDGN5
試料apo-RD domain of B. Pertussis Adenylate Cyclase Toxin (CyaA)
  • RD domain of B. Pertussis Adenylate Cyclase Toxin (CyaA) (protein), RD domain of CyaA, Bordetella pertussis (strain Tohama I / ATCC BAA-589 / NCTC 13251)
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / hemolysis in another organism / adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / channel activity / toxin activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / calmodulin binding / calcium ion binding ...calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / hemolysis in another organism / adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / channel activity / toxin activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / calmodulin binding / calcium ion binding / host cell plasma membrane / extracellular region / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RTX, pore-forming domain / N-terminal domain in RTX protein / RTX toxin determinant A / Haemolysin-type calcium binding-related / Haemolysin-type calcium binding protein related domain / : / Anthrax toxin, edema factor, central / Anthrax toxin, edema factor, C-terminal / Anthrax toxin, edema factor, central domain superfamily / Anthrax toxin LF subunit ...RTX, pore-forming domain / N-terminal domain in RTX protein / RTX toxin determinant A / Haemolysin-type calcium binding-related / Haemolysin-type calcium binding protein related domain / : / Anthrax toxin, edema factor, central / Anthrax toxin, edema factor, C-terminal / Anthrax toxin, edema factor, central domain superfamily / Anthrax toxin LF subunit / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional hemolysin/adenylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella pertussis (strain Tohama I / ATCC BAA-589 / NCTC 13251) (百日咳菌)
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Structural models of intrinsically disordered and calcium-bound folded states of a protein adapted for secretion.
著者: Darragh P O'Brien / Belen Hernandez / Dominique Durand / Véronique Hourdel / Ana-Cristina Sotomayor-Pérez / Patrice Vachette / Mahmoud Ghomi / Julia Chamot-Rooke / Daniel Ladant / ...著者: Darragh P O'Brien / Belen Hernandez / Dominique Durand / Véronique Hourdel / Ana-Cristina Sotomayor-Pérez / Patrice Vachette / Mahmoud Ghomi / Julia Chamot-Rooke / Daniel Ladant / Sébastien Brier / Alexandre Chenal /
要旨: Many Gram-negative bacteria use Type I secretion systems, T1SS, to secrete virulence factors that contain calcium-binding Repeat-in-ToXin (RTX) motifs. Here, we present structural models of an RTX ...Many Gram-negative bacteria use Type I secretion systems, T1SS, to secrete virulence factors that contain calcium-binding Repeat-in-ToXin (RTX) motifs. Here, we present structural models of an RTX protein, RD, in both its intrinsically disordered calcium-free Apo-state and its folded calcium-bound Holo-state. Apo-RD behaves as a disordered polymer chain comprising several statistical elements that exhibit local rigidity with residual secondary structure. Holo-RD is a folded multi-domain protein with an anisometric shape. RTX motifs thus appear remarkably adapted to the structural and mechanistic constraints of the secretion process. In the low calcium environment of the bacterial cytosol, Apo-RD is an elongated disordered coil appropriately sized for transport through the narrow secretion machinery. The progressive folding of Holo-RD in the extracellular calcium-rich environment as it emerges form the T1SS may then favor its unidirectional export through the secretory channel. This process is relevant for hundreds of bacterial species producing virulent RTX proteins.
登録者
  • Dominique DURAND (I2BC-CNRS, Paris, France)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3789
タイプ: atomic / カイ2乗値: 1.959
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試料

試料名称: apo-RD domain of B. Pertussis Adenylate Cyclase Toxin (CyaA)
試料濃度: 8 mg/ml
バッファ名称: 20 mM Hepes, 150 mM NaCl, 2 mM DTT / pH: 7.5
要素 #1895名称: RD domain of CyaA / タイプ: protein
記述: RD domain of B. Pertussis Adenylate Cyclase Toxin (CyaA)
分子量: 72.62 / 分子数: 1
由来: Bordetella pertussis (strain Tohama I / ATCC BAA-589 / NCTC 13251)
参照: UniProt: P0DKX7
配列: MLEHVQHIIG GAGNDSITGN AHDNFLAGGS GDDRLDGGAG NDTLVGGEGQ NTVIGGAGDD VFLQDLGVWS NQLDGGAGVD TVKYNVHQPS EERLERMGDT GIHADLQKGT VEKWPALNLF SVDHVKNIEN LHGSRLNDRI AGDDQDNELW GHDGNDTIRG RGGDDILRGG ...配列:
MLEHVQHIIG GAGNDSITGN AHDNFLAGGS GDDRLDGGAG NDTLVGGEGQ NTVIGGAGDD VFLQDLGVWS NQLDGGAGVD TVKYNVHQPS EERLERMGDT GIHADLQKGT VEKWPALNLF SVDHVKNIEN LHGSRLNDRI AGDDQDNELW GHDGNDTIRG RGGDDILRGG LGLDTLYGED GNDIFLQDDE TVSDDIDGGA GLDTVDYSAM IHPGRIVAPH EYGFGIEADL SREWVRKASA LGVDYYDNVR NVENVIGTSM KDVLIGDAQA NTLMGQGGDD TVRGGDGDDL LFGGDGNDML YGDAGNDTLY GGLGDDTLEG GAGNDWFGQT QAREHDVLRG GDGVDTVDYS QTGAHAGIAA GRIGLGILAD LGAGRVDKLG EAGSSAYDTV SGIENVVGTE LADRITGDAQ ANVLRGAGGA DVLAGGEGDD VLLGGDGDDQ LSGDAGRDRL YGEAGDDWFF QDAANAGNLL DGGDGRDTVD FSGPGRGLDA GAKGVFLSLG KGFASLMDEP ETSNVLRNIE NAVGSARDDV LIGDAGANVL NGLAGNDVLS GGAGDDVLLG DEGSDLLSGD AGNDDLFGGQ GDDTYLFGVG YGHDTIYESG GGHDTIRINA GADQLWFARQ GNDLEIRILG TDDALTVHDW YRDADHRVEI IHAANQAVDQ AGIEKLVEAM AQYPDPGAAA AAPPAARVPD TLMQSLAVNW R

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実験情報

ビーム設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1033 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.81 mm
検出器名称: AVIEX PCCD170170 / タイプ: CCD
スキャン
タイトル: apo-RD domain of B. Pertussis Adenylate Cyclase Toxin (CyaA)
測定日: 2012年5月31日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 15 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 250 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0056 0.4001
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 522 /
MinMax
Q0.00620922 0.300026
P(R) point1 522
R0 330
結果
カーブのタイプ: sec
コメント: The scattered intensities were displayed on an absolute scale (cm-1) using the scattering of water. Frames were examined individually and 61 identical frames obtained around the maximum ...コメント: The scattered intensities were displayed on an absolute scale (cm-1) using the scattering of water. Frames were examined individually and 61 identical frames obtained around the maximum of the elution peak were averaged and further processed. The corresponding concentration was 0.95g/L. The model ensemble of the apo-RD and the final fit to the SAXS pattern (blue dots) was performed using GAJOE analysis. The fit (red line) is the average scattering pattern of the seven conformations shown in the right panel.
実験値StandardStandard error
分子量70.5 kDa70.5 kDa7

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.059 0.0002 0.0588 0.0002
慣性半径, Rg 8.53 nm1 8.27 nm0.1

MinMaxError
D-33 1.5
Guinier point2 12 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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