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万見
- SASDGM2: R16-24 del44-54 human dystrophin fragment (Human dystrophin centr... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDGM2
試料R16-24 del44-54 human dystrophin fragment
  • Human dystrophin central domain R16-24 del44-54 fragment (protein), Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of muscle system process / regulation of cellular response to growth factor stimulus / regulation of skeletal muscle contraction / syntrophin complex / synaptic signaling / regulation of voltage-gated calcium channel activity / negative regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / cardiac muscle cell action potential / positive regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / dystrophin-associated glycoprotein complex ...regulation of muscle system process / regulation of cellular response to growth factor stimulus / regulation of skeletal muscle contraction / syntrophin complex / synaptic signaling / regulation of voltage-gated calcium channel activity / negative regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / cardiac muscle cell action potential / positive regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / dystrophin-associated glycoprotein complex / cell-substrate junction / peptide biosynthetic process / motile cilium assembly / dystroglycan binding / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / vinculin binding / muscle cell development / costamere / neuron projection terminus / Striated Muscle Contraction / filopodium membrane / muscle organ development / structural constituent of muscle / muscle cell cellular homeostasis / myosin binding / maintenance of blood-brain barrier / nitric-oxide synthase binding / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / Non-integrin membrane-ECM interactions / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / neuron development / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cardiac muscle contraction / skeletal muscle tissue development / response to muscle stretch / positive regulation of neuron differentiation / regulation of heart rate / filopodium / structural constituent of cytoskeleton / sarcolemma / Z disc / positive regulation of neuron projection development / protein localization / actin binding / protein-containing complex assembly / postsynaptic membrane / cytoskeleton / membrane raft / synapse / cell surface / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Dystrophin/utrophin / EF-hand domain, type 1 / EF-hand domain, type 2 / EF hand / EF-hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Actinin-type actin-binding domain signature 1. ...: / Dystrophin/utrophin / EF-hand domain, type 1 / EF-hand domain, type 2 / EF hand / EF-hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Spectrin repeats / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Calponin homology (CH) domain / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
登録者
  • Raphael Dos Santos Morais (University of Lorraine, France)

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ダウンロードとリンク

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モデル

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試料

試料名称: R16-24 del44-54 human dystrophin fragment / 試料濃度: 5 mg/ml
バッファ名称: 20 mM Na-phosphate, 300 mM NaCl, 1 mM EDTA, 2% glycerol,
pH: 7.5
要素 #1795タイプ: protein
記述: Human dystrophin central domain R16-24 del44-54 fragment
分子量: 56.982 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P11532
配列: TENLYFOGAM GRSLVPRGSL EISYVPSTYL TEITHVSQAL LEVEQLLNAP DLCAKDFEDL FKQEESLKNI KDSLQQSSGR IDIIHSKKTA ALQSATPVER VKLQEALSQL DFQWEKVNKM YKDRQGVSER EAALEETHRL LQQFPLDLEK FLAWLTEAET TANVLQDATR ...配列:
TENLYFOGAM GRSLVPRGSL EISYVPSTYL TEITHVSQAL LEVEQLLNAP DLCAKDFEDL FKQEESLKNI KDSLQQSSGR IDIIHSKKTA ALQSATPVER VKLQEALSQL DFQWEKVNKM YKDRQGVSER EAALEETHRL LQQFPLDLEK FLAWLTEAET TANVLQDATR KERLLEDSKG VKELMKQWQD LQGEIEAHTD VYHNLDENSQ KILRSLEGSD DAVLLQRRLD NMNFKWSELR KKSLNIRSHL EASSDQWKRL HLSLQELLVW LQLKDDELSR QAPIGGDFPA VQKQNDVHRA FKRELKTKEP VIMSTLETVR IFLTEQPLEG LEKLYQEPRE LPPEERAQNV TRLLRKQAEE VNTEWEKLNL HSADWQRKID ETLERLQELQ EATDELDLKL RQAEVIKGSW QPVGDLLIDS LQDHLEKVKA LRGEIAPLKE NVSHVNDLAR QLTTLGIQLS PYNLSTLEDL NTRWKLLQVA VEDRVRQLHE

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実験情報

ビーム設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1033 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2 mm
検出器名称: Eiger 4M / Pixsize x: 75 mm
スキャン
タイトル: R16-24 del44-54 human dystrophin fragment / 測定日: 2019年7月8日 / セル温度: 15 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 31 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0032 0.5253
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 481 /
MinMax
Q0.0118586 0.230662
P(R) point1 481
R0 250
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量52 kDa100 kDa
体積-159 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.01822 0.01877 -
慣性半径, Rg 6.39 nm6.41 nm0.1

MinMax
D-25
Guinier point20 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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