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万見
- SASDGK6: Ubiquitin activating enzyme 5 (UBA5_4) (Ubiquitin-like modifier-a... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDGK6
試料Ubiquitin activating enzyme 5 (UBA5_4)
  • Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5 (protein), UBA5, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


UFM1 activating enzyme activity / protein ufmylation / protein K69-linked ufmylation / megakaryocyte differentiation / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / reticulophagy / neuromuscular process / localization / response to endoplasmic reticulum stress / 赤血球形成 ...UFM1 activating enzyme activity / protein ufmylation / protein K69-linked ufmylation / megakaryocyte differentiation / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / reticulophagy / neuromuscular process / localization / response to endoplasmic reticulum stress / 赤血球形成 / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / ゴルジ体 / protein homodimerization activity / zinc ion binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / ThiF/MoeB/HesA family / ユビキチン活性化酵素 / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
登録者
  • Sebastian Fuchs (University of Hamburg, Hamburg, Germany)

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モデル

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試料

試料名称: Ubiquitin activating enzyme 5 (UBA5_4) / 試料濃度: 3.92 mg/ml
バッファ名称: 20 mM Tris, 150 mM NaCl, 2 mM DTT / pH: 7.5
要素 #1904名称: UBA5 / タイプ: protein / 記述: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5 / 分子量: 34.194 / 分子数: 2 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9GZZ9
配列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSM ALKRMGIVSD YEKIRTFAVA IVGVGGVGSV TAEMLTRCGI GKLLLFDYDK VELANMNRLF FQPHQAGLSK VQAAEHTLRN INPDVLFEVH NYNITTVENF QHFMDRISNG GLEEGKPVDL VLSCVDNFEA RMTINTACNE LGQTWMESGV ...配列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSM ALKRMGIVSD YEKIRTFAVA IVGVGGVGSV TAEMLTRCGI GKLLLFDYDK VELANMNRLF FQPHQAGLSK VQAAEHTLRN INPDVLFEVH NYNITTVENF QHFMDRISNG GLEEGKPVDL VLSCVDNFEA RMTINTACNE LGQTWMESGV SENAVSGHIQ LIIPGESACF ACAPPLVVAA NIDEKTLKRE GVCAASLPTT MGVVAGILVQ NVLKFLLNFG TVSFYLGYNA MQDFFPTMSM KPNPQCDDRN CRKQQEEYKK KVAALPKQEV IQEEEEIIHE DNEWGIELV

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.123982 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
検出器名称: Pilatus 6M
スキャン
タイトル: Ubiquitin activating enzyme 5 (UBA5_4) / 測定日: 2019年6月13日 / 保管温度: 15 °C / セル温度: 15 °C / 照射時間: 0.045 sec. / フレーム数: 50 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1278 7.3176
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 883 /
MinMax
Q0.202614 2.64726
P(R) point1 883
R0 9.6
結果
カーブのタイプ: single_conc
実験値StandardPorod
分子量65 kDa73.2 kDa61.83 kDa
体積--102.65 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.06093 0.061 8.9E-5
慣性半径, Rg 3.014 nm3.02 nm0.13

MinMax
D-9.6
Guinier point57 139

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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