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万見
- SASDGC6: Glucuronoyl esterase, deglycolsylated full length (4-O-methyl-glu... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDGC6
試料Glucuronoyl esterase, deglycolsylated full length
  • 4-O-methyl-glucuronoyl methylesterase (Glucuronoyl esterase) (protein), CuGE, Cerrena unicolor
機能・相同性
機能・相同性情報


(4-O-methyl)-D-glucuronate-lignin esterase / lignin catabolic process / carboxylic ester hydrolase activity / cellulose binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
4-O-methyl-glucuronoyl methylesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Cerrena unicolor (ミダレアミタケ)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3809
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.25 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.109 / P-value: 0.774734
モデル #3810
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.17 / P-value: 0.002150

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試料

試料名称: Glucuronoyl esterase, deglycolsylated full length / 試料濃度: 3.7 mg/ml
バッファ名称: 20 mM sodium acetate / pH: 5
要素 #1913名称: CuGE / タイプ: protein
記述: 4-O-methyl-glucuronoyl methylesterase (Glucuronoyl esterase)
分子量: 50.907 / 分子数: 1 / 由来: Cerrena unicolor / 参照: UniProt: A0A0A7EQR3
配列: MQASAPQWGQ CGGIGWTGPT ACPSGWACQQ LNAYYSQCLQ GAAPAPARTT AAPPPPPATT AAPPPPTTSA PTGSSPVAGA CGAIASTVPN YNNAKLPDPF TFANGTALRT KADWSCRRAE ISALIQNYEA GTLPPKPPVV TASFSKSGNT GTLAITAGLS NSQTIKFSPT ...配列:
MQASAPQWGQ CGGIGWTGPT ACPSGWACQQ LNAYYSQCLQ GAAPAPARTT AAPPPPPATT AAPPPPTTSA PTGSSPVAGA CGAIASTVPN YNNAKLPDPF TFANGTALRT KADWSCRRAE ISALIQNYEA GTLPPKPPVV TASFSKSGNT GTLAITAGLS NSQTIKFSPT ISYPSGTPPA NGWPLIIAYE GGSIPIPAGV ATLTYSNSDM AQQNSASSRG QGLFYQLYGS THSASAMTAW VWGVSRIIDA LEMTPTAQIN TQRIGVTGCS RDGKGALMAG AFEERIALTI PQESGSGGDA CWRLSKYEID NGNQVQDAVE IVGENVWFST NFNNYVQKLP TVPEDHHLLA AMVAPRAMIS FENTDYLWLS PMSSFGCMTA AHTVWQGLGI ADSHGFAQVG GHAHCAWPSS LTPQLNAFIN RFLLDQSATT NVFTTNNQFG KVQWNAANWI TWTTPTLTGL EQKLISEEDL NSAVDHHHHH H

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実験情報

ビーム設備名称: University of Copenhagen, Department of Drug Design and Pharmacology Xenocs BioXolver L with GeniX3D
地域: Copenhagen / 国: Denmark / 線源: X-ray in houseX線 / 波長: 0.154 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 0.571 mm
検出器名称: Pilatus3 R 300K / タイプ: pixel counting / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Glucuronoyl esterase, deglycolsylated full length
測定日: 2018年10月10日 / 保管温度: 21 °C / セル温度: 21 °C / 照射時間: 60 sec. / フレーム数: 10 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0197 0.4805
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 186 /
MinMax
Q0.0233507 0.250362
P(R) point1 186
R0 110
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量45 kDa44 kDa
体積-71 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.05964 0.062 0.00093
慣性半径, Rg 3.19 nm3.19 nm0.29

MinMax
D-11
Guinier point2 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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