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万見
- SASDGB7: Toxoplasma gondii Membrane Occupation and Recognition Nexus (MORN... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDGB7
試料Toxoplasma gondii Membrane Occupation and Recognition Nexus (MORN1) repeats 7-15
  • Toxoplasma gondii Membrane Occupation and Recognition Nexus (MORN1) repeats 7-15 (protein), tg MORN1 delta6, Toxoplasma gondii
機能・相同性
機能・相同性情報


ヒストンメチルトランスフェラーゼ / axoneme assembly / 繊毛 / spermatid development / methyltransferase activity / kinase activity / メチル化 / リン酸化 / 細胞核 / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Possible plasma membrane-binding motif in junctophilins, PIP-5-kinases and protein kinases. / MORN motif / MORN repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane occupation and recognition nexus protein MORN1
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
登録者
  • Melissa Graewert (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3815
タイプ: dummy / ソフトウェア: (SUPCOMB 23 (r9988)) / ダミー原子の半径: 4.30 A / カイ2乗値: 1.068 / P-value: 0.002621
モデル #3817
タイプ: atomic / カイ2乗値: 1.321

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試料

試料名称: Toxoplasma gondii Membrane Occupation and Recognition Nexus (MORN1) repeats 7-15
試料濃度: 2.6 mg/ml
バッファ名称: 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl / pH: 7.5
要素 #1924名称: tg MORN1 delta6 / タイプ: protein
記述: Toxoplasma gondii Membrane Occupation and Recognition Nexus (MORN1) repeats 7-15
分子量: 24.358 / 分子数: 2 / 由来: Toxoplasma gondii / 参照: UniProt: A0A0F7VBC6
配列: EKYEGDWVNG KMHGHGKYIY SDGGVYEGDW IDGKMHGKGT YVFPNGNVYE GEWAHDMKDG YGVLTYQNGE KYEGYWKQDK VHGKGTLTYT RGDKYIGDWM DAKKDGEGEL IYANGDRFKG QWADDRANGF GVFTYANGNR YEGEWTDDKR HGRGVFYCAE DGSAYEGEFV ...配列:
EKYEGDWVNG KMHGHGKYIY SDGGVYEGDW IDGKMHGKGT YVFPNGNVYE GEWAHDMKDG YGVLTYQNGE KYEGYWKQDK VHGKGTLTYT RGDKYIGDWM DAKKDGEGEL IYANGDRFKG QWADDRANGF GVFTYANGNR YEGEWTDDKR HGRGVFYCAE DGSAYEGEFV GGRKEGNGIL RLATGHQLEG TWSGGQLVRV TSFVFAQDSP WLNVDL

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.12 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Toxoplasma gondii Membrane Occupation and Recognition Nexus (MORN1) repeats 7-15
測定日: 2016年6月10日 / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 6 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0796 4.3846
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 396 /
MinMax
Q0.08365 4.385
P(R) point1 396
R0 17
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量50 kDa33 kDa
体積-55 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I04844 4757.14 11.08
慣性半径, Rg 4.34 nm4 nm0.03

MinMax
D-17
Guinier point2 90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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