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万見
- SASDG95: Phosphorylated resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homol... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDG95
試料Phosphorylated resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (Ric-8A, 1-491) and G protein complex
  • Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (protein), Ric-8A, Rattus norvegicus
  • Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 (protein), Gia, Rattus norvegicus
機能・相同性
機能・相同性情報


cell-cell adhesion involved in gastrulation / cell migration involved in gastrulation / Extra-nuclear estrogen signaling / Adenylate cyclase inhibitory pathway / basement membrane organization / negative regulation of synaptic transmission / vasculature development / GTPase activating protein binding / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 ...cell-cell adhesion involved in gastrulation / cell migration involved in gastrulation / Extra-nuclear estrogen signaling / Adenylate cyclase inhibitory pathway / basement membrane organization / negative regulation of synaptic transmission / vasculature development / GTPase activating protein binding / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (i) signalling events / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / response to light stimulus / G-protein alpha-subunit binding / positive regulation of protein localization to cell cortex / T cell migration / D2 dopamine receptor binding / response to prostaglandin E / G protein-coupled serotonin receptor binding / adenylate cyclase regulator activity / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / gastrulation / cellular response to forskolin / protein folding chaperone / GTPase activator activity / regulation of mitotic spindle organization / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / visual learning / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / GDP binding / heterotrimeric G-protein complex / G protein activity / midbody / cell cortex / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / in utero embryonic development / postsynapse / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell division / GTPase activity / centrosome / GTP binding / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / protein-containing complex / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Synembryn / Guanine nucleotide exchange factor, Ric8 / Guanine nucleotide exchange factor synembryn / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / Armadillo-like helical ...Synembryn / Guanine nucleotide exchange factor, Ric8 / Guanine nucleotide exchange factor synembryn / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chaperone Ric-8A / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
登録者
  • Tung-Chung Mou (University of Montana, Montana, USA)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3779
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 3.25 A / カイ2乗値: 0.910 / P-value: 0.257845

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試料

試料名称: Phosphorylated resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (Ric-8A, 1-491) and G protein complex
試料濃度: 5 mg/ml / Entity id: 1891 / 1892
バッファ名称: 25 mM HEPES, 150 mM NaCl / pH: 8
要素 #1891名称: Ric-8A / タイプ: protein
記述: Resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A
分子量: 55.559 / 分子数: 1 / 由来: Rattus norvegicus / 参照: UniProt: B1H241
配列: MEPRAVADAL ETGEEDAVTE ALRSFNREHS QSFTFDDAQQ EDRKRLAKLL VSVLEQGLSP KHRVTWLQTI RILSRDRSCL DSFASRQSLH ALACYADIAI SEEPIPQPPD MDVLLESLKC LCNLVLSSPT AQMLAAEARL VVRLAERVGL YRKRSYPHEV QFFDLRLLFL ...配列:
MEPRAVADAL ETGEEDAVTE ALRSFNREHS QSFTFDDAQQ EDRKRLAKLL VSVLEQGLSP KHRVTWLQTI RILSRDRSCL DSFASRQSLH ALACYADIAI SEEPIPQPPD MDVLLESLKC LCNLVLSSPT AQMLAAEARL VVRLAERVGL YRKRSYPHEV QFFDLRLLFL LTALRTDVRQ QLFQELHGVR LLTDALELTL GVAPKENPLV ILPAQETERA MEILKVLFNI TYDSVKREVD EEDAALYRYL GTLLRHCVMA DAAGDRTEEF HGHTVNLLGN LPLKCLDVLL ALELHEGSLE FMGVNMDVIN ALLAFLEKRL HQTHRLKECV APVLSVLTEC ARMHRPARKF LKAQVLPPLR DVRTRPEVGD LLRNKLVRLM THLDTDVKRV AAEFLFVLCS ESVPRFIKYT GYGNAAGLLA ARGLMAGGRP EGQYSEDEDT DTEEYREAKA SINPVTGRVE EKPPNPMEGM TEEQKEHEAM KLVNMFDKLS R
要素 #1892名称: Gia / タイプ: protein
記述: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
分子量: 37.824 / 分子数: 1 / 由来: Rattus norvegicus / 参照: UniProt: P10824
配列: REDGEKAARE VKLLLLGAGE SGKSTIVKQM KIIHEAGYSE EECKQYKAVV YSNTIQSIIA IIRAMGRLKI DFGDAARADD ARQLFVLAGA AEEGFMTAEL AGVIKRLWKD SGVQACFNRS REYQLNDSAA YYLNDLDRIA QPNYIPTQQD VLRTRVKTTG IVETHFTFKD ...配列:
REDGEKAARE VKLLLLGAGE SGKSTIVKQM KIIHEAGYSE EECKQYKAVV YSNTIQSIIA IIRAMGRLKI DFGDAARADD ARQLFVLAGA AEEGFMTAEL AGVIKRLWKD SGVQACFNRS REYQLNDSAA YYLNDLDRIA QPNYIPTQQD VLRTRVKTTG IVETHFTFKD LHFKMFDVGG QRSERKKWIH CFEGVTAIIF CVALSDYDLV LAEDEEMNRM HESMKLFDSI CNNKWFTDTS IILFLNKKDL FEEKIKKSPL TICYPEYAGS NTYEEAAAYI QCQFEDLNKR KDTKEIYTHF TCATDTKNVQ FVFDAVTDVI IKNNLKDCGL F

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Photon Source (APS), Argonne National Laboratory BioCAT 18ID
地域: Lemont, IL / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1033 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.67 mm
検出器名称: Pilatus3 X 1M / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: Phosphorylated resistance to inhibitors of cholinesterase 8 homolog A (Ric-8A, 1-491) and G protein complex
測定日: 2019年7月30日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 0.5 sec. / フレーム数: 1500 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0043 0.3522
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1228 /
MinMax
Q0.00425604 0.351957
P(R) point1 1228
R0 115
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量92 kDa-
体積-120 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.149 0.1485 0.0001028
慣性半径, Rg 3.53 nm3.48 nm0.01

MinMax
D-11.5
Guinier point9 114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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