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- SASDG85: Wild-type full-length Liver Receptor Homolog-1/Peroxisome Prolife... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDG85
試料Wild-type full-length Liver Receptor Homolog-1/Peroxisome Proliferator-Activated Receptor Gamma Coactivator-1 Alpha peptide complex bound to the CYP7A1 promoter oligonucleotide duplex.
  • Liver Receptor Homolog-1 (protein), LRH-1, Homo sapiens
  • Peroxisome Proliferator-Activated Receptor Gamma Coactivator-1 Alpha (protein), PGC1 alpha, Homo sapiens
  • CYP7A1 Promoter Forward (DNA), Homo sapiens
  • CYP7A1 Promoter Reverse (DNA), Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


primary ovarian follicle growth / positive regulation of glucocorticoid biosynthetic process / zygotic genome activation / positive regulation of tendon cell differentiation / morula formation / Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / pancreas morphogenesis / inner cell mass cell differentiation / tissue development / acinar cell differentiation ...primary ovarian follicle growth / positive regulation of glucocorticoid biosynthetic process / zygotic genome activation / positive regulation of tendon cell differentiation / morula formation / Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / pancreas morphogenesis / inner cell mass cell differentiation / tissue development / acinar cell differentiation / Sertoli cell development / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of stem cell differentiation / embryonic cleavage / bile acid metabolic process / exocrine pancreas development / negative regulation of chondrocyte differentiation / embryo development ending in birth or egg hatching / cartilage development / homeostatic process / calcineurin-mediated signaling / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of T cell proliferation / neurogenesis / hormone-mediated signaling pathway / cellular response to leukemia inhibitory factor / cholesterol homeostasis / transcription coregulator binding / SUMOylation of intracellular receptors / phospholipid binding / Nuclear Receptor transcription pathway / positive regulation of T cell activation / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear hormone receptor family 5 / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor ...Nuclear hormone receptor family 5 / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
登録者
  • Corey Seacrist (Vanderbilt University)

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モデル

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試料

試料名称: Wild-type full-length Liver Receptor Homolog-1/Peroxisome Proliferator-Activated Receptor Gamma Coactivator-1 Alpha peptide complex bound to the CYP7A1 promoter oligonucleotide duplex.
試料濃度: 7.5 mg/ml / Entity id: 1884 / 1885 / 1886 / 1887
バッファ名称: 20 mM TRIS, 150 mM NaCl, 2% v/v glycerol, 0.5 mM CHAPS, 5 mM DTT
pH: 7.5
要素 #1884名称: LRH-1 / タイプ: protein / 記述: Liver Receptor Homolog-1 / 分子量: 64.144 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: O00482
配列: MAHHHHHHVD DDDKMSENLY FQSMSSNSDT GDLQESLKHG LTPIGAGLPD RHGSPIPARG RLVMLPKVET EALGLARSHG EQGQMPENMQ VSQFKMVNYS YDEDLEELCP VCGDKVSGYH YGLLTCESCK GFFKRTVQNN KRYTCIENQN CQIDKTQRKR CPYCRFQKCL ...配列:
MAHHHHHHVD DDDKMSENLY FQSMSSNSDT GDLQESLKHG LTPIGAGLPD RHGSPIPARG RLVMLPKVET EALGLARSHG EQGQMPENMQ VSQFKMVNYS YDEDLEELCP VCGDKVSGYH YGLLTCESCK GFFKRTVQNN KRYTCIENQN CQIDKTQRKR CPYCRFQKCL SVGMKLEAVR ADRMRGGRNK FGPMYKRDRA LKQQKKALIR ANGLKLEAMS QVIQAMPSDL TISSAIQNIH SASKGLPLNH AALPPTDYDR SPFVTSPISM TMPPHGSLQG YQTYGHFPSR AIKSEYPDPY TSSPESIMGY SYMDSYQTSS PASIPHLILE LLKCEPDEPQ VQAKIMAYLQ QEQANRSKHE KLSTFGLMCK MADQTLFSIV EWARSSIFFR ELKVDDQMKL LQNCWSELLI LDHIYRQVVH GKEGSIFLVT GQQVDYSIIA SQAGATLNNL MSHAQELVAK LRSLQFDQRE FVCLKFLVLF SLDVKNLENF QLVEGVQEQV NAALLDYTMC NYPQQTEKFG QLLLRLPEIR AISMQAEEYL YYKHLNGDVP YNNLLIEMLH AKRA
要素 #1885名称: PGC1 alpha / タイプ: protein
記述: Peroxisome Proliferator-Activated Receptor Gamma Coactivator-1 Alpha
分子量: 1.522 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens
配列:
EEPSLLKKLL LAPA
要素 #1886タイプ: DNA / 記述: CYP7A1 Promoter Forward / 分子量: 3.75 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens
配列:
GTTCAAGGCC AG
要素 #1887タイプ: DNA / 記述: CYP7A1 Promoter Reverse / 分子量: 3.701 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens
配列:
CTGGCCTTGA AC

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Light Source (ALS) 12.3.1 (SIBYLS) / 地域: Berkeley, CA / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1127 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.105 mm
検出器名称: Pilatus3 X 2M / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Wild-type full-length Liver Receptor Homolog-1/Peroxisome Proliferator-Activated Receptor Gamma Coactivator-1 Alpha peptide complex bound to the CYP7A1 promoter oligonucleotide duplex.
測定日: 2019年5月26日 / セル温度: 20 °C / 照射時間: 3 sec. / フレーム数: 500 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0153 0.3704
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 318 /
MinMax
Q0.01561 0.3704
P(R) point1 318
R0 130
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量67 kDa-
体積-76 nm3

P(R)GuinierGuinier errorP(R) error
前方散乱 I023.72 23.89 0.22 -
慣性半径, Rg 3.907 nm3.819 nm0.046 0.02

MinMax
D-13
Guinier point1 34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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