SASDG74: Active dimer of truncated 6xHis Cytohesin-3 (Grp1, amino acids 14...

基本情報

• 登録情報: データベース: SASBDB / ID: SASDG74

試料

Active dimer of truncated 6xHis Cytohesin-3 (Grp1, amino acids 14-390) with Inositol 1,3,4,5-tetrakis phosphate (DAMMIF and GASBOR models)

• Cytohesin-3 (protein), Cyth3, Grp1, Mus musculus

機能・相同性

分子機能:

Intra-Golgi traffic / Golgi vesicle transport / establishment of epithelial cell polarity / regulation of ARF protein signal transduction / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / bicellular tight junction / ruffle / positive regulation of cell adhesion / guanyl-nucleotide exchange factor activity / adherens junction / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol / cytoplasm

ドメイン・相同性:

Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily

構成要素:

Cytohesin-3

• 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

登録者

• David Lambright (UMASS, UMASS Medical School, Worcester, MA, USA)

モデル

• モデル #3642: ; タイプ: dummy / ソフトウェア: (dammif (r7885)) / ダミー原子の半径: 5.30 A / 対称性: P1 / コメント: Most representative of 100 DAMMIF models / カイ2乗値: 1.269 / P-value: 0.007914; Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
• モデル #3686: ; タイプ: dummy / ソフトウェア: (DAMFILT 5.0 (r7885)) / ダミー原子の半径: 4.25 A / 対称性: P1; コメント: Filtered average of 10 filtered averages of 10 DAMMIF models; カイ2乗値: 1.269 / P-value: 0.007914; Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
• モデル #3680: ; タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P1 / コメント: Most representative of 100 GASBOR models / カイ2乗値: 1.66 / P-value: 0.000013; Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
• モデル #3687: ; タイプ: dummy / ソフトウェア: (DAMFILT 5.0 (r7885)) / ダミー原子の半径: 3.00 A / 対称性: P1; コメント: Filtered average of 10 filtered averages of 10 GASBOR models; カイ2乗値: 1.66 / P-value: 0.000013; Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

試料

• 試料: 名称: Active dimer of truncated 6xHis Cytohesin-3 (Grp1, amino acids 14-390) with Inositol 1,3,4,5-tetrakis phosphate (DAMMIF and GASBOR models); 試料濃度: 10 mg/ml
• バッファ: 名称: 20 mM Tris, 150 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 0.1% 2-mercaptoethanol, 5% glycerol, 0.001 mM insitol 1,3,4,5-tetrakis phosphate; pH: 8

要素 #1856

名称: Cyth3, Grp1 / タイプ: protein / 記述: Cytohesin-3 / 分子量: 45.153 / 分子数: 2 / 由来: Mus musculus / 参照: UniProt: O08967
配列:

MGHHHHHHGS EDLSLEEREE LLDIRRRKKE LIDDIERLKY EIAEVMTEID NLTSVEESKT TQRNKQIAMG RKKFNMDPKK GIQFLIENDL LQSSPEDVAQ FLYKGEGLNK TVIGDYLGER DDFNIKVLQA FVELHEFADL NLVQALRQFL WSFRLPGEAQ KIDRMMEAFA SRYCLCNPGV FQSTDTCYVL SFAIIMLNTS LHNHNVRDKP TAERFITMNR GINEGGDLPE ELLRNLYESI KNEPFKIPED DGNDLTHTFF NPDREGWLLK LGGRVKTWKR RWFILTDNCL YYFEYTTDKE PRGIIPLENL SIREVEDPRK PNCFELYNPS HKGQVIKACK TEADGRVVEG NHVVYRISAP SPEEKEEWMK SIKASISRDP FYDMLAT

実験情報

• ビーム: 設備名称: Advanced Photon Source (APS), Argonne National Laboratory BioCAT 18ID; 地域: Lemont, IL / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.10332 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.5 mm
• 検出器: 名称: MAR 165 CCD

スキャン

タイトル: Active dimer of truncated 6xHis Cytohesin-3 (Grp1, amino acids 14-390) with Inositol 1,3,4,5-tetrakis phosphate (DAMMIF and GASBOR models)
測定日: 2013年11月15日 / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 126 / 単位: 1/A /

	Min	Max
Q	0.0069	0.3162

距離分布関数 P(R)

ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 76 /

	Min	Max
Q	0.00688375	0.316224
P(R) point	1	76
R	0	257

結果

カーブのタイプ: sec
コメント: The protein was equilibrated with a 1.2 molar excess of inositol 1,3,4,5-tetrakis phosphate (IP4) and concentrated to 10 mg/ml prior to injection.

	実験値	Porod
分子量	86 kDa	-
体積	-	168 nm3

	P(R)	P(R) error	Guinier	Guinier error
前方散乱 I0	1.03	0.005	1.03	0.002
慣性半径, Rg	5.43 nm	0.14	5.3 nm	0.04

	Min	Max	Error
D	-	25.7	0.1
Guinier point	1	20	-