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-基本情報
登録情報 | データベース: SASBDB / ID: SASDG57 |
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試料 | 1:2 heterotrimer of pUL7 and pUL51 from herpes simplex virus 1
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機能・相同性 | Herpesvirus UL51 / Herpesvirus UL51 protein / Herpesvirus UL7-like / Herpesvirus UL7 like / viral tegument / host cell Golgi apparatus / cytoplasm / UL7 / UL51 機能・相同性情報 |
生物種 | Human alphaherpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス) Human alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) |
登録者 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-モデル
モデル #3908 | タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: Monomer component fit, 80% volume fraction / カイ2乗値: 1.08 / P-value: 0.131158 |
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モデル #3909 | タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P2 / コメント: Dimer component fit, 20% volume fraction / カイ2乗値: 1.00 / P-value: 0.363345 |
-試料
試料 | 名称: 1:2 heterotrimer of pUL7 and pUL51 from herpes simplex virus 1 試料濃度: 8 mg/ml / Entity id: 1939 / 1940 |
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バッファ | 名称: 20 mM HEPES, 200 mM NaCl, 3% (v/v) glycerol, 1 mM DTT pH: 7.5 |
要素 #1939 | 名称: pUL7 / タイプ: protein / 記述: Tegument protein UL7 / 分子量: 33.907 / 分子数: 1 / 由来: Human alphaherpesvirus 1 strain KOS / 参照: UniProt: A0A110B4Q7 配列: MAAATADDEG SAATILKQAI AGDRSLVEAA EAISQQTLLR LACEVRQVGD RQPRFTATSI ARVDVAPGCR LRFVLDGSPE DAYVTSEDYF KRCCGQSSYR GFAVAVLTAN EDHVHSLAVP PLVLLHRFSL FNPRDLLDFE LACLLMYLEN CPRSHATPST FAKVLAWLGV ...配列: MAAATADDEG SAATILKQAI AGDRSLVEAA EAISQQTLLR LACEVRQVGD RQPRFTATSI ARVDVAPGCR LRFVLDGSPE DAYVTSEDYF KRCCGQSSYR GFAVAVLTAN EDHVHSLAVP PLVLLHRFSL FNPRDLLDFE LACLLMYLEN CPRSHATPST FAKVLAWLGV AGRRTSPFER VRCLFLRSCH WVLNTLMFMV HVKPFDDEFV LPHWYMARYL LANNPPPVLS ALFCATPTSS SFRLPGPPPR SDCVAYNPAG IMGSCWASEE VRAPLVYWWL SETPKRQTSS LFYQFCGSLE VLFQ |
要素 #1940 | 名称: pUL51 / タイプ: protein / 記述: Tegument protein UL51 / 分子量: 25.448 / 分子数: 2 / 由来: Human alphaherpesvirus 1 / 参照: UniProt: D3YPL0 配列: MASLLGAISG WGARPEEQYE MIRAAVPPSE AEPRLQEALV VVNALLPAPI TLDDALGSLD DTRRLVKARA LARTYHACMV NLERLARHHP GLEAPTIDGA VAAHQDKMRR LADTCMATIL QMYMSVGAAD KSADVLVSQA IRSMAESDVV MEDVAIAERA LGLSAFGVAG ...配列: MASLLGAISG WGARPEEQYE MIRAAVPPSE AEPRLQEALV VVNALLPAPI TLDDALGSLD DTRRLVKARA LARTYHACMV NLERLARHHP GLEAPTIDGA VAAHQDKMRR LADTCMATIL QMYMSVGAAD KSADVLVSQA IRSMAESDVV MEDVAIAERA LGLSAFGVAG GTRSGGLGVT EAPSLGHPHT PPPEVTLAPA ARNGDALPDP KPESCPRVSV PRPTASPTAP RPGPSRAAPC VLGQ |
-実験情報
ビーム | 設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm | ||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | 名称: Pilatus 6M | ||||||||||||||||||||||||||||||
スキャン | タイトル: 1:2 heterotrimer of pUL7 and pUL51 from herpes simplex virus 1 測定日: 2019年5月16日 / セル温度: 20.2 °C / 照射時間: 0.995 sec. / フレーム数: 35 / 単位: 1/nm /
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距離分布関数 P(R) | ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1162 /
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結果 | カーブのタイプ: sec コメント: The quoted experimental molecular mass, that corresponds to a 1:2 pUL7:pUL51 heterotrimer, was determined from SEC-MALLS-RI measurements performed in parallel to the SEC-SAXS. The SEC- ...コメント: The quoted experimental molecular mass, that corresponds to a 1:2 pUL7:pUL51 heterotrimer, was determined from SEC-MALLS-RI measurements performed in parallel to the SEC-SAXS. The SEC-SAXS data, Rg correlations through the heterotrimer elution peak as well as the the SEC-MALLS-RI data are made available in the full-entry zip archive. The GASBORMX model displayed in this entry represents an 80 % volume fraction of the heterotrimer (corresponding fit, top) combined with a 20% volume fraction of a 2:4 pUL7:pUL51 heterohexamer (corresponding fit, bottom), due to incomplete SEC-separation between the two forms of the complex (also refer to SASBDB entry SASDG47).
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