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万見
- SASDG54: Human macrophage mannose receptor 1 protein (Macrophage mannose r... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDG54
試料Human macrophage mannose receptor 1 protein
  • Macrophage mannose receptor 1 (protein), MRC1 or CD206, Mouse myeloma cell line
機能・相同性
機能・相同性情報


cargo receptor activity / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / D-mannose binding / cellular response to interleukin-4 / receptor-mediated endocytosis / cellular response to type II interferon / transmembrane signaling receptor activity / Modulation by Mtb of host immune system / virus receptor activity / signaling receptor activity ...cargo receptor activity / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / D-mannose binding / cellular response to interleukin-4 / receptor-mediated endocytosis / cellular response to type II interferon / transmembrane signaling receptor activity / Modulation by Mtb of host immune system / virus receptor activity / signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / endosome membrane / 細胞膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
フィブロネクチンII型ドメイン / Fibronectin type II domain superfamily / フィブロネクチンII型ドメイン / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Ricin-type beta-trefoil ...フィブロネクチンII型ドメイン / Fibronectin type II domain superfamily / フィブロネクチンII型ドメイン / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Kringle-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrophage mannose receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mouse myeloma cell line
登録者
  • Liz Fan (NIH, National Institutes of Health, Bethesda, MD, Bethesda, Maryland, USA)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3688
タイプ: other
コメント: Giving silicon model is for MRC1/CD206 monomer.
カイ2乗値: 1.94

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試料

試料名称: Human macrophage mannose receptor 1 protein / 試料濃度: 0.88-1.76
バッファ名称: 50mM Hepes, 100mM NaCl, 1mM DTT / pH: 7
要素 #1860名称: MRC1 or CD206 / タイプ: protein / 記述: Macrophage mannose receptor 1 / 分子量: 157.497 / 分子数: 2 / 由来: Mouse myeloma cell line / 参照: UniProt: P22897
配列: LLDTRQFLIY NEDHKRCVDA VSPSAVQTAA CNQDAESQKF RWVSESQIMS VAFKLCLGVP SKTDWVAITL YACDSKSEFQ KWECKNDTLL GIKGEDLFFN YGNRQEKNIM LYKGSGLWSR WKIYGTTDNL CSRGYEAMYT LLGNANGATC AFPFKFENKW YADCTSAGRS ...配列:
LLDTRQFLIY NEDHKRCVDA VSPSAVQTAA CNQDAESQKF RWVSESQIMS VAFKLCLGVP SKTDWVAITL YACDSKSEFQ KWECKNDTLL GIKGEDLFFN YGNRQEKNIM LYKGSGLWSR WKIYGTTDNL CSRGYEAMYT LLGNANGATC AFPFKFENKW YADCTSAGRS DGWLWCGTTT DYDTDKLFGY CPLKFEGSES LWNKDPLTSV SYQINSKSAL TWHQARKSCQ QQNAELLSIT EIHEQTYLTG LTSSLTSGLW IGLNSLSFNS GWQWSDRSPF RYLNWLPGSP SAEPGKSCVS LNPGKNAKWE NLECVQKLGY ICKKGNTTLN SFVIPSESDV PTHCPSQWWP YAGHCYKIHR DEKKIQRDAL TTCRKEGGDL ASIHTIEEYD FIISQLGYEP NDELWIGLND IKIQMYFEWS DGTPVTFTKW LRGEPSHENN RQEDCVVMKG KDGYWADRGC EWPLGYICKM KSRSQGPEIV EVEKGCRKGW KKHHFYCYMI GHTLSTFAEA NQTCNNENAY LTTIEDRYEQ AFLTSFVGLR PEKYFWTGLS DIQTKGTFQW TIEEEVRFTH WNSDMPGRKP GCVAMRTGIA GGLWDVLKCD EKAKFVCKHW AEGVTHPPKP TTTPEPKCPE DWGASSRTSL CFKLYAKGKH EKKTWFESRD FCRALGGDLA SINNKEEQQT IWRLITASGS YHKLFWLGLT YGSPSEGFTW SDGSPVSYEN WAYGEPNNYQ NVEYCGELKG DPTMSWNDIN CEHLNNWICQ IQKGQTPKPE PTPAPQDNPP VTEDGWVIYK DYQYYFSKEK ETMDNARAFC KRNFGDLVSI QSESEKKFLW KYVNRNDAQS AYFIGLLISL DKKFAWMDGS KVDYVSWATG EPNFANEDEN CVTMYSNSGF WNDINCGYPN AFICQRHNSS INATTVMPTM PSVPSGCKEG WNFYSNKCFK IFGFMEEERK NWQEARKACI GFGGNLVSIQ NEKEQAFLTY HMKDSTFSAW TGLNDVNSEH TFLWTDGRGV HYTNWGKGYP GGRRSSLSYE DADCVVIIGG ASNEAGKWMD DTCDSKRGYI CQTRSDPSLT NPPATIQTDG FVKYGKSSYS LMRQKFQWHE AETYCKLHNS LIASILDPYS NAFAWLQMET SNERVWIALN SNLTDNQYTW TDKWRVRYTN WAADEPKLKS ACVYLDLDGY WKTAHCNESF YFLCKRSDEI PATEPPQLPG RCPESDHTAW IPFHGHCYYI ESSYTRNWGQ ASLECLRMGS SLVSIESAAE SSFLSYRVEP LKSKTNFWIG LFRNVEGTWL WINNSPVSFV NWNTGDPSGE RNDCVALHAS SGFWSNIHCS SYKGYICKRP KIIDAKPTHE LLTTKADTRK MDPSKPSSNV HHHHHH

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Photon Source (APS), Argonne National Laboratory 12ID-B SAXS/WAXS
地域: Lemont, IL / 国: USA / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.093 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Human macrophage mannose receptor 1 protein / 測定日: 2016年4月15日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 30 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0045 1.04
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 229 /
MinMax
Q0.007572 0.308
P(R) point1 229
R0 301
結果
カーブのタイプ: extrapolated /
実験値Porod
分子量345 kDa345 kDa
体積-584 nm3

P(R)GuinierGuinier errorP(R) error
前方散乱 I00.5277 0.53 0.01 -
慣性半径, Rg 8.23 nm7.89 nm0.8 0.2

MinMax
D-30.1
Guinier point9 63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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