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万見
- SASDG45: Mothers against decapentaplegic homolog 2, S2MH1noE3 -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDG45
試料Mothers against decapentaplegic homolog 2, S2MH1noE3
  • Mothers against decapentaplegic homolog 2 (protein), Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / zygotic specification of dorsal/ventral axis / DNA-binding transcription factor binding => GO:0140297 / regulation of binding / paraxial mesoderm morphogenesis / activin responsive factor complex / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer / SMAD2/3 MH2 Domain Mutants in Cancer ...: / : / : / zygotic specification of dorsal/ventral axis / DNA-binding transcription factor binding => GO:0140297 / regulation of binding / paraxial mesoderm morphogenesis / activin responsive factor complex / SMAD4 MH2 Domain Mutants in Cancer / SMAD2/3 MH2 Domain Mutants in Cancer / nodal signaling pathway / SMAD protein complex / endoderm formation / heteromeric SMAD protein complex / co-SMAD binding / secondary palate development / pericardium development / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / embryonic foregut morphogenesis / primary miRNA processing / transforming growth factor beta receptor binding / type I transforming growth factor beta receptor binding / signal transduction involved in regulation of gene expression / activin receptor signaling pathway / SMAD protein signal transduction / Signaling by Activin / positive regulation of BMP signaling pathway / Signaling by NODAL / response to cholesterol / embryonic cranial skeleton morphogenesis / I-SMAD binding / pancreas development / insulin secretion / protein deubiquitination / anterior/posterior pattern specification / ureteric bud development / organ growth / adrenal gland development / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / SMAD binding / R-SMAD binding / somatic stem cell population maintenance / transcription factor binding / mesoderm formation / anatomical structure morphogenesis / phosphatase binding / cell fate commitment / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / BMP signaling pathway / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / response to glucose / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / gastrulation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / post-embryonic development / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / lung development / wound healing / tau protein binding / disordered domain specific binding / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / in utero embryonic development / transcription regulator complex / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / Ub-specific processing proteases / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / positive regulation of gene expression / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain ...MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins / SMAD-like domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mothers against decapentaplegic homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
登録者
  • Tiago Lopes (IRB, Institute for Research in Biomedicine in Barcelona (IRB), Barcelona, Spain)

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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モデル

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試料

試料名称: Mothers against decapentaplegic homolog 2, S2MH1noE3
試料濃度: 1.30-6.80
バッファ名称: 20 mM Tris 150 mM NaCl / pH: 7.2
要素 #1877タイプ: protein / 記述: Mothers against decapentaplegic homolog 2 / 分子量: 15.666 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q15796-2
配列:
GSSPVVKRLL GWKKSAGGSG GAGGGEQNGQ EEKWSEKAVK SLVKKLKKTG RLDELEKAIT TQNMNTKCVT IPRSLDGRLQ VSHRKGLPHV IYCRLWRWPD LHSHHELKAI ENCEYAFNLK KDEVCVNPYH YQRVETPSS

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.099 Å
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Mothers against decapentaplegic homolog 2, S2MH1noE3
測定日: 2015年7月2日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0562 4.9336
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 977 /
MinMax
Q0.131457 4.72194
P(R) point1 977
R0 6.6
結果
カーブのタイプ: merged /
実験値Porod
分子量18.08 kDa19 kDa
体積-30.74 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I017.04 16.9 0.017
慣性半径, Rg 1.76 nm1.69 nm0.01

MinMax
D-6.6
Guinier point17 151

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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