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万見
- SASDG37: 1:2 heterotrimer of pUL7 and pUL51(8-142) from herpes simplex virus 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDG37
試料1:2 heterotrimer of pUL7 and pUL51(8-142) from herpes simplex virus 1
  • Tegument protein UL7 (protein), pUL7, Human alphaherpesvirus 1 strain KOS
  • Tegument protein UL51 (protein), pUL51, Human alphaherpesvirus 1 strain KOS
機能・相同性Herpesvirus UL51 / Herpesvirus UL51 protein / Herpesvirus UL7-like / Herpesvirus UL7 like / viral tegument / host cell Golgi apparatus / UL7 / UL51
機能・相同性情報
生物種Human alphaherpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)
登録者
  • Benjamin Butt (University of Cambridge)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3905
タイプ: dummy / ソフトウェア: (SUPCOMB 23 (r9988)) / ダミー原子の半径: 2.50 A / 対称性: P1
コメント: Refined DAMMIN model of the HSV-1 pUL7:pUL51(8-142) 1:2 heterotrimer
カイ2乗値: 1.040 / P-value: 0.100571
モデル #3906
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P1
コメント: Representative GASBOR model of the HSV-1 pUL7:pUL51(8-142) 1:2 heterotrimer
カイ2乗値: 1.03 / P-value: 0.161218
モデル #3918
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.034

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試料

試料名称: 1:2 heterotrimer of pUL7 and pUL51(8-142) from herpes simplex virus 1
試料濃度: 4.5 mg/ml / Entity id: 1939 / 1945
バッファ名称: 20 mM tris, 200 mM NaCl, 3% (v/v) glycerol, 0.25 mM TCEP
pH: 7.5
要素 #1939名称: pUL7 / タイプ: protein / 記述: Tegument protein UL7 / 分子量: 33.907 / 分子数: 1 / 由来: Human alphaherpesvirus 1 strain KOS / 参照: UniProt: A0A110B4Q7
配列: MAAATADDEG SAATILKQAI AGDRSLVEAA EAISQQTLLR LACEVRQVGD RQPRFTATSI ARVDVAPGCR LRFVLDGSPE DAYVTSEDYF KRCCGQSSYR GFAVAVLTAN EDHVHSLAVP PLVLLHRFSL FNPRDLLDFE LACLLMYLEN CPRSHATPST FAKVLAWLGV ...配列:
MAAATADDEG SAATILKQAI AGDRSLVEAA EAISQQTLLR LACEVRQVGD RQPRFTATSI ARVDVAPGCR LRFVLDGSPE DAYVTSEDYF KRCCGQSSYR GFAVAVLTAN EDHVHSLAVP PLVLLHRFSL FNPRDLLDFE LACLLMYLEN CPRSHATPST FAKVLAWLGV AGRRTSPFER VRCLFLRSCH WVLNTLMFMV HVKPFDDEFV LPHWYMARYL LANNPPPVLS ALFCATPTSS SFRLPGPPPR SDCVAYNPAG IMGSCWASEE VRAPLVYWWL SETPKRQTSS LFYQFCGSLE VLFQ
要素 #1945名称: pUL51 / タイプ: protein / 記述: Tegument protein UL51 / 分子量: 14.814 / 分子数: 2 / 由来: Human alphaherpesvirus 1 strain KOS / 参照: UniProt: D3YPL0
配列:
MISGWGARPE EQYEMIRAAV PPSEAEPRLQ EALVVVNALL PAPITLDDAL GSLDDTRRLV KARALARTYH ACMVNLERLA RHHPGLEAPT IDGAVAAHQD KMRRLADTCM ATILQMYMSV GAADKSADVL VSQAIR

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
検出器名称: Pilatus 6M
スキャン
タイトル: 1:2 heterotrimer of pUL7 and pUL51(8-142) from herpes simplex virus 1
測定日: 2019年5月16日 / セル温度: 20.2 °C / 照射時間: 0.995 sec. / フレーム数: 3600 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0785 7.2987
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1450 /
MinMax
Q0.0785094 4.08388
P(R) point1 1450
R0 11.5
結果
カーブのタイプ: single_conc
コメント: The quoted experimental molecular mass, that corresponds to a 1:2 pUL7:pUL51(8-142) heterotrimer, was determined from SEC-MALLS-RI measurements performed on identical samples, eluted in ...コメント: The quoted experimental molecular mass, that corresponds to a 1:2 pUL7:pUL51(8-142) heterotrimer, was determined from SEC-MALLS-RI measurements performed on identical samples, eluted in parallel to the SEC-SAXS. The SEC-SAXS data for each individual run, Rg correlations through the main elution peak as well as the the SEC-MALLS-RI data and hydrodynamic estimates obtained from QELS are made available in the full-entry zip archive. The CORAL rigid-body refined (atomistic) model displayed in this entry is one example of several alternatives whereby a second copy of pUL51 samples different spatial positions bound within the complex. Additional representations of the 1:2 pUL7:pUL51(8-142) heterotrimeric complex, including those incorporating mass spectrometry cross-linking distance constraints, are also made available in the full entry zip-archive.
実験値Porod
分子量67 kDa66.99 kDa
体積-115.57 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I03346 3331.04 2.09
慣性半径, Rg 3.023 nm2.96 nm0.01

MinMax
D-11.5
Guinier point9 131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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