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- SASDG25: DNA repair protein Rad5 (with 6xhis and twin-strep tags) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDG25
試料DNA repair protein Rad5 (with 6xhis and twin-strep tags)DNA修復
  • DNA repair protein RAD5DNA修復 (protein), Rad5, Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
機能・相同性
機能・相同性情報


error-free postreplication DNA repair / free ubiquitin chain polymerization / Y-form DNA binding / four-way junction helicase activity / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / postreplication repair / ATP-dependent chromatin remodeler activity / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / ATP-dependent activity, acting on DNA ...error-free postreplication DNA repair / free ubiquitin chain polymerization / Y-form DNA binding / four-way junction helicase activity / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / postreplication repair / ATP-dependent chromatin remodeler activity / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / ATP-dependent activity, acting on DNA / four-way junction DNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein polyubiquitination / double-strand break repair / chromosome, telomeric region / DNA修復 / クロマチン / zinc ion binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
HIRAN domain / HIRAN domain / HIRAN / Ring finger domain / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / 薬指 ...HIRAN domain / HIRAN domain / HIRAN / Ring finger domain / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / 薬指 / Helicase conserved C-terminal domain / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair protein RAD5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
登録者
  • Melissa Gildenberg (University of Iowa Carver College of Medicine, Iowa, USA)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3701
タイプ: dummy / P-value: 0.409692
モデル #3702
タイプ: dummy

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試料

試料名称: DNA repair protein Rad5 (with 6xhis and twin-strep tags)DNA修復
試料濃度: 7.75 mg/ml
バッファ名称: 40 mM Tris, 150 mM KCl, 5 mM DTT, 5% glycerol / pH: 8
要素 #1818名称: Rad5 / タイプ: protein / 記述: DNA repair protein RAD5DNA修復 / 分子量: 137.693 / 分子数: 1
由来: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
参照: UniProt: P32849
配列: MHHHHHHSHI EQEERKRFFN DDLDTSETSL NFKSENKESF LFANSHNDDD DDVVVSVSDT TEGEGDRSIV PVRREIEEEG QNQFITELLR IIPEMPKDLV MELNEKFGSQ EEGLSLALSH YFDHNSGTSI SKIPSSPNQL NTLSDTSNST LSPSSFHPKR RRIYGFRNQT ...配列:
MHHHHHHSHI EQEERKRFFN DDLDTSETSL NFKSENKESF LFANSHNDDD DDVVVSVSDT TEGEGDRSIV PVRREIEEEG QNQFITELLR IIPEMPKDLV MELNEKFGSQ EEGLSLALSH YFDHNSGTSI SKIPSSPNQL NTLSDTSNST LSPSSFHPKR RRIYGFRNQT RLEDKVTWKR FIGALQVTGM ATRPTVRPLK YGSQMKLKRS SEEISATKVY DSRGRKKASM ASLVRIFDIQ YDREIGRVSE DIAQILYPLL SSHEISFEVT LIFCDNKRLS IGDSFILQLD CFLTSLIFEE RNDGESLMKR RRTEGGNKRE KDNGNFGRTL TETDEELESR SKRLALLKLF DKLRLKPILD EQKALEKHKI ELNSDPEIID LDNDEICSNQ VTEVHNNLRD TQHEEETMNL NQLKTFYKAA QSSESLKSLP ETEPSRDVFK LELRNYQKQG LTWMLRREQE FAKAASDGEA SETGANMINP LWKQFKWPND MSWAAQNLQQ DHVNVEDGIF FYANLHSGEF SLAKPILKTM IKGGILSDEM GLGKTVAAYS LVLSCPHDSD VVDKKLFDIE NTAVSDNLPS TWQDNKKPYA SKTTLIVVPM SLLTQWSNEF TKANNSPDMY HEVYYGGNVS SLKTLLTKTK TPPTVVLTTY GIVQNEWTKH SKGRMTDEDV NISSGLFSVN FYRIIIDEGH NIRNRTTVTS KAVMALQGKC KWVLTGTPII NRLDDLYSLV KFLELDPWRQ INYWKTFVST PFESKNYKQA FDVVNAILEP VLLRRTKQMK DKDGKPLVEL PPKEVVIKRL PFSKSQDLLY KFLLDKAEVS VKSGIARGDL LKKYSTILVH ILRLRQVCCH PGLIGSQDEN DEDLSKNNKL VTEQTVELDS LMRVVSERFD NSFSKEELDA MIQRLKVKYP DNKSFQSLEC SICTTEPMDL DKALFTECGH SFCEKCLFEY IEFQNSKNLG LKCPNCRNQI DACRLLALVQ TNSNSKNLEF KPYSPASKSS KITALLKELQ LLQDSSAGEQ VVIFSQFSTY LDILEKELTH TFSKDVAKIY KFDGRLSLKE RTSVLADFAV KDYSRQKILL LSLKAGGVGL NLTCASHAYM MDPWWSPSME DQAIDRLHRI GQTNSVKVMR FIIQDSIEEK MLRIQEKKRT IGEAMDTDED ERRKRRIEEI QMLFEWSHPQ FEKGGGSGGG SGGSAWSHPQ FEK

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Photon Source (APS), Argonne National Laboratory BioCAT 18ID
地域: Lemont, IL / 国: USA / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.1033 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.5 mm
検出器名称: Pilatus3 X 1M / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: DNA repair protein Rad5 (with 6xhis and twin-strep tags)
測定日: 2019年3月6日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 0.5 sec. / フレーム数: 19 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0046 0.3627
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1243 /
MinMax
Q0.00575145 0.362433
P(R) point1 1243
R0 178
結果
カーブのタイプ: sec
コメント: The simulation code uiowa_BD was used to carry out Langevin dynamics (LD) simulations of Rad5. Two different sets of simulations were carried out in triplicate, with each set using a ...コメント: The simulation code uiowa_BD was used to carry out Langevin dynamics (LD) simulations of Rad5. Two different sets of simulations were carried out in triplicate, with each set using a different starting model of Rad5. The different starting models were generated based on docking results from two different docking servers, ClusPro and ZDOCK. Docking was used to position the HIRAN domain on the helicase domain in an acceptable orientation. For each simulation, a time-step of 125 fs was used, and a snapshot (PDB file) was recorded every ns of simulation time for a total of 5 µs of simulation time. As such, each simulation generated a total of 5000 individual structures. The first set of models displayed in this entry (top) are representatives from the ZDOCK LD simulation while the second set of models (bottom) are representatives derived from ClusPro. A zip file containing the three replicates of each ClusPro and ZDOCK simulation are attached to this entry and made available in the full entry zip archive (5000 PDB files per simulation; ca. 2.2 GB total).
実験値Porod
分子量140 kDa-
体積-254 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I06.103E-5 2.32E-7 6.043E-5 2.302E-7
慣性半径, Rg 4.92 nm0.031 4.7 nm0.03

MinMax
D-17.8
Guinier point7 81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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