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万見
- SASDFZ7: Full-length myotilin with N-terminally fused thioredoxin tag -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFZ7
試料Full-length myotilin with N-terminally fused thioredoxin tag
  • his-trx-myotilin (protein), trx-MYOT, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


axon guidance receptor activity / structural constituent of muscle / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / alpha-actinin binding / muscle contraction / synapse organization / sarcolemma / Z disc / actin cytoskeleton / actin binding ...axon guidance receptor activity / structural constituent of muscle / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / alpha-actinin binding / muscle contraction / synapse organization / sarcolemma / Z disc / actin cytoskeleton / actin binding / axon / neuronal cell body / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
登録者
  • Melissa Graewert (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3206
タイプ: dummy / ソフトウェア: (dammif (r10552)) / ダミー原子の半径: 2.90 A
コメント: The Ensemble Resolution is calculated to be 56 +- 4 Angstrom from 20 independent runs.
カイ2乗値: 0.980 / P-value: 0.405151
モデル #3200
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.012 / P-value: 0.901331
モデル #3201
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.012 / P-value: 0.901331
モデル #3202
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.012 / P-value: 0.901331
モデル #3203
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.012 / P-value: 0.901331
モデル #3204
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.012 / P-value: 0.901331
モデル #3205
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.012 / P-value: 0.901331

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試料

試料名称: Full-length myotilin with N-terminally fused thioredoxin tag
試料濃度: 7.3 mg/ml
バッファ名称: 20 mM Tris, 400 mM NaCl, 250 mM arginine, 5% v/v glycerol
pH: 7.5
要素 #1747名称: trx-MYOT / タイプ: protein / 記述: his-trx-myotilin / 分子量: 69.732 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9UBF9
配列: MKSDKIIHLT DDSFDTDVLK ADGAILVDFW AEWCGPCKMI APILDEIADE YQGKLTVAKL NIDQNPGTAP KYGIRGIPTL LLFKNGEVAA TKVGALSKGQ LKEFLDANLA GSGSGHMHHH HHHSSGLEVL FQGPFNYERP KHFIQSQNPC GSRLQPPGPE TSSFSSQTKQ ...配列:
MKSDKIIHLT DDSFDTDVLK ADGAILVDFW AEWCGPCKMI APILDEIADE YQGKLTVAKL NIDQNPGTAP KYGIRGIPTL LLFKNGEVAA TKVGALSKGQ LKEFLDANLA GSGSGHMHHH HHHSSGLEVL FQGPFNYERP KHFIQSQNPC GSRLQPPGPE TSSFSSQTKQ SSIIIQPRQC TEQRFSASST LSSHITMSSS AFPASPQQHA GSNPGQRVTT TYNQSPASFL SSILPSQPDY NSSKIPSAMD SNYQQSSAGQ PINAKPSQTA NAKPIPRTPD HEIQGSKEAL IQDLERKLKC KDTLLHNGNQ RLTYEEKMAR RLLGPQNAAA VFQAQDDSGA QDSQQHNSEH ARLQVPTSQV RSRSTSRGDV NDQDAIQEKF YPPRFIQVPE NMSIDEGRFC RMDFKVSGLP APDVSWYLNG RTVQSDDLHK MIVSEKGLHS LIFEVVRASD AGAYACVAKN RAGEATFTVQ LDVLAKEHKR APMFIYKPQS KKVLEGDSVK LECQISAIPP PKLFWKRNNE MVQFNTDRIS LYQDNTGRVT LLIKDVNKKD AGWYTVSAVN EAGVTTCNTR LDVTARPNQT LPAPKQLRVR PTFSKYLALN GKGLNVKQAF NPEGEFQRLA AQSGLYESEE L

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Full-length myotilin with N-terminally fused thioredoxin tag
測定日: 2016年6月11日 / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 3000 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0101 0.3295
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 535 /
MinMax
Q0.112259 1.56725
P(R) point1 535
R0 16.71
結果
カーブのタイプ: sec
コメント: To better account for the flexibility of Trx-MYOT, the ensemble optimization method (EOM) was employed. For this a large pool of 10 000 independent models with random conformations was ...コメント: To better account for the flexibility of Trx-MYOT, the ensemble optimization method (EOM) was employed. For this a large pool of 10 000 independent models with random conformations was generated by connecting the available high resolution structures of individual domains with randomized linkers represented by chains of dummy residues. The pdb codes used are 2KDG.pdb for myotilin Ig1, 2KKQ.pdb for myotillin Ig2 and 1T7P.pdb for the Trx tag. With a genetic algorithm-based selection, representative models were picked resulting in the best fit to the data with χ2 = 1.0. Overall, the EOM-selected models tend to be more compact than those in the random pool, whereby the most extended models are not selected. The volume fractions of the selected and deposited models (starting from top to bottom) were 10%, 10%, 40%, 20%, 10% and 10% respectively.
実験値Porod
分子量70 kDa82 kDa
体積-131 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I01850 1833.64 9.78
慣性半径, Rg 5.335 nm5.1 nm0.06

MinMax
D-16.71
Guinier point5 55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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