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万見
- SASDFY4: R4-15 human dystrophin fragment (Human dystrophin central domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFY4
試料R4-15 human dystrophin fragment
  • Human dystrophin central domain R4-15 fragment (protein)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of muscle system process / regulation of cellular response to growth factor stimulus / regulation of skeletal muscle contraction / syntrophin complex / negative regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / regulation of voltage-gated calcium channel activity / synaptic signaling / cardiac muscle cell action potential / dystrophin-associated glycoprotein complex / positive regulation of sodium ion transmembrane transporter activity ...regulation of muscle system process / regulation of cellular response to growth factor stimulus / regulation of skeletal muscle contraction / syntrophin complex / negative regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / regulation of voltage-gated calcium channel activity / synaptic signaling / cardiac muscle cell action potential / dystrophin-associated glycoprotein complex / positive regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / cell-substrate junction / motile cilium assembly / peptide biosynthetic process / dystroglycan binding / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / vinculin binding / costamere / muscle cell development / neuron projection terminus / Striated Muscle Contraction / filopodium membrane / structural constituent of muscle / muscle cell cellular homeostasis / nitric-oxide synthase binding / muscle organ development / myosin binding / maintenance of blood-brain barrier / Non-integrin membrane-ECM interactions / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / neuron development / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / skeletal muscle tissue development / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cardiac muscle contraction / response to muscle stretch / positive regulation of neuron differentiation / regulation of heart rate / filopodium / sarcolemma / positive regulation of neuron projection development / structural constituent of cytoskeleton / Z disc / intracellular protein localization / actin binding / protein-containing complex assembly / postsynaptic membrane / cytoskeleton / membrane raft / synapse / cell surface / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dystrophin/utrophin / EF-hand domain, type 1 / EF-hand domain, type 2 / EF hand / EF-hand / : / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats ...Dystrophin/utrophin / EF-hand domain, type 1 / EF-hand domain, type 2 / EF hand / EF-hand / : / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Zinc finger ZZ-type signature. / Calponin homology (CH) domain / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
登録者
  • Raphael Dos Santos Morais (University of Lorraine)

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モデル

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試料

試料名称: R4-15 human dystrophin fragment
バッファ名称: NaP 20 mM, NaCl 300 mM, EDTA 1 mM, Glycérol 2% / pH: 7.5
要素 #1556タイプ: protein / 記述: Human dystrophin central domain R4-15 fragment / 分子量: 150.486 / 分子数: 1 / 参照: UniProt: P11532
配列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFOGAMGRSL VPRGSSEIRK RLDVDITELH SWITRSEAVL QSPEFAIFRK EGNFSDLKEK VNAIEREKAE KFRKLQDASR SAQALVEQMV NEGVNADSIK QASEQLNSRW IEFCQLLSER LNWLEYQNNI IAFYNQLQQL EQMTTTAENW ...配列:
MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFOGAMGRSL VPRGSSEIRK RLDVDITELH SWITRSEAVL QSPEFAIFRK EGNFSDLKEK VNAIEREKAE KFRKLQDASR SAQALVEQMV NEGVNADSIK QASEQLNSRW IEFCQLLSER LNWLEYQNNI IAFYNQLQQL EQMTTTAENW LKIQPTTPSE PTAIKSQLKI CKDEVNRLSG LQPQIERLKI QSIALKEKGQ GPMFLDADFV AFTNHFKQVF SDVQAREKEL QTIFDTLPPM RYQETMSAIR TWVQQSETKL SIPQLSVTDY EIMEQRLGEL QALQSSLQEQ QSGLYYLSTT VKEMSKKAPS EISRKYQSEF EEIEGRWKKL SSQLVEHCQK LEEQMNKLRK IQNHIQTLKK WMAEVDVFLK EEWPALGDSE ILKKQLKQCR LLVSDIQTIQ PSLNSVNEGG QKIKNEAEPE FASRLETELK ELNTQWDHMC QQVYARKEAL KGGLEKTVSL QKDLSEMHEW MTQAEEEYLE RDFEYKTPDE LQKAVEEMKR AKEEAQQKEA KVKLLTESVN SVIAQAPPVA QEALKKELET LTTNYQWLCT RLNGKCKTLE EVWACWHELL SYLEKANKWL NEVEFKLKTT ENIPGGAEEI SEVLDSLENL MRHSEDNPNQ IRILAQTLTD GGVMDELINE ELETFNSRWR ELHEEAVRRQ KLLEQSIQSA QETEKSLHLI QESLTFIDKQ LAAYIADKVD AAQMPQEAQK IQSDLTSHEI SLEEMKKHNQ GKEAAQRVLS QIDVAQKKLQ DVSMKFRLFQ KPANFELRLQ ESKMILDEVK MHLPALETKS VEQEVVQSQL NHCVNLYKSL SEVKSEVEMV IKTGRQIVQK KQTENPKELD ERVTALKLHY NELGAKVTER KQQLEKCLKL SRKMRKEMNV LTEWLAATDM ELTKRSAVEG MPSNLDSEVA WGKATQKEIE KQKVHLKSIT EVGEALKTVL GKKETLVEDK LSLLNSNWIA VTSRAEEWLN LLLEYQKHME TFDQNVDHIT KWIIQADTLL DESEKKKPQQ KEDVLKRLKA ELNDIRPKVD STRDQAANLM ANRGDHCRKL VEPQISELNH RFAAISHRIK TGKASIPLKE LEQFNSDIQK LLEPLEAEIQ QGVNLKEEDF NKDMNEDNEG TVKELLQRGD NLQQRITDER KREEIKIKQQ LLQTKHNALK DLRSQRRKKA LEISHQWYQY KRQADDLLKC LDDIEKKLAS LPEPRDERKI KEIDRELQKK KEELNAVRRQ AEGLSEDGAA MAVEPTQIQL SKRWREIESK FAQFRRLNFA Q

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実験情報

ビーム設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1033 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2 mm
検出器名称: AVIEX PCCD170170 / タイプ: CCD
スキャン
タイトル: R4-15 human dystrophin fragment / 測定日: 2016年5月26日 / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 21 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0051 0.5496
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 444 /
MinMax
Q0.008115 0.2327
P(R) point6 449
R0 475
結果
Experimental MW: 150 kDa / D max: 47.5 / カーブのタイプ: sec
コメント: SEC-SAXS was performed at 20°C using the following parameters: Column: BioSEC5-500Å (4.6 mm id * 300 mm); Flow rate: 0.3 mL/min; Sample injection concentration: 4.4 mg/mL; Injection ...コメント: SEC-SAXS was performed at 20°C using the following parameters: Column: BioSEC5-500Å (4.6 mm id * 300 mm); Flow rate: 0.3 mL/min; Sample injection concentration: 4.4 mg/mL; Injection volume: 50μL. The data were collected through the SEC peak of the protein as a series of 21 x 1 second exposures. The experimental molecular weight was determined from SEC-MALS (150 kDa).
P(R)Guinier
前方散乱 I01.742 1.53
慣性半径, Rg 12.57 nm9.69 nm

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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