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万見
- SASDFU5: DNA-binding protein HU-alpha bound to 80 base-pair DNA at pH 6.5 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFU5
試料DNA-binding protein HU-alpha bound to 80 base-pair DNA at pH 6.5 with 100 mM NaCl
  • 80bp_DNA Forward (DNA), Escherichia coli
  • 80bp_DNA Reverse (DNA), Escherichia coli K-12
  • DNA-binding protein HU-alpha (protein), Escherichia coli (strain K12)
機能・相同性
機能・相同性情報


HU-DNA complex / DnaA-HU complex / bacterial nucleoid DNA packaging / chromosome condensation / DNA replication initiation / structural constituent of chromatin / DNA repair / DNA-templated transcription / DNA damage response / DNA binding ...HU-DNA complex / DnaA-HU complex / bacterial nucleoid DNA packaging / chromosome condensation / DNA replication initiation / structural constituent of chromatin / DNA repair / DNA-templated transcription / DNA damage response / DNA binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein HU-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
登録者
  • Soumya G Remesh (Lawrence Berkeley National laboratory)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2970
タイプ: atomic / カイ2乗値: 4.97089628982119 / P-value: 0.035693

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試料

試料名称: DNA-binding protein HU-alpha bound to 80 base-pair DNA at pH 6.5 with 100 mM NaCl
Entity id: 1622 / 1623 / 1626
バッファ名称: 10 mM Bis-Tris, 100 mM NaCl / pH: 6.5
要素 #1622タイプ: DNA / 記述: 80bp_DNA Forward / 分子量: 24.849 / 分子数: 1 / 由来: Escherichia coli
配列:
AATGAGGTAA CAACGAAAGC AGATGATAGC TGCTTATCAA TTTGTTGCAA ACAAGTAGCC GCGCCCAATG AGGTAACAAT
要素 #1623タイプ: DNA / 記述: 80bp_DNA Reverse / 分子量: 24.612 / 分子数: 1 / 由来: Escherichia coli K-12
配列:
TTACTCCATT GTTGCTTTCG TCTACTATCG ACGAATAGTT AAACAACGTT TGTTCATCGG CGCGGGTTAC TCCATTGTTA
要素 #1626タイプ: protein / 記述: DNA-binding protein HU-alpha / 分子量: 9.535 / 分子数: 14 / 由来: Escherichia coli (strain K12) / 参照: UniProt: P0ACF0
配列:
MNKTQLIDVI AEKAELSKTQ AKAALESTLA AITESLKEGD AVQLVGFGTF KVNHRAERTG RNPQTGKEIK IAAANVPAFV SGKALKDAVK

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Light Source (ALS) 12.3.1 (SIBYLS) / 地域: Berkeley, CA / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.103 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.5 mm
検出器名称: Pilatus3 X 2M / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: DNA-binding protein HU-alpha bound to 80 base-pair DNA at pH 6.5 with 100 mM NaCl
測定日: 2018年6月1日 / セル温度: 10 °C / 照射時間: 3 sec. / フレーム数: 300 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.012 0.3503
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 449 /
MinMax
Q0.012543 0.262256
P(R) point1 449
R0 244
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量220 kDa-
体積-274 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I091.04 86.56 3.22
慣性半径, Rg 7.03 nm6.22 nm0.866

MinMax
D-24.4
Guinier point5 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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